Společnost Dante Omics AI ve spolupráci s Rockefellerovou univerzitou, laboratoří Giunta Lab a sítí globálních partnerů sestavila nejúplnější a nejpřesnější diploidní referenční genom pro buněčnou linii RPE-1 – jeden z nejčastěji používaných standardů pro komplexní experimenty v oblasti buněčného inženýrství.
Tento milník představuje pro vědce z celého světa skutečný „zdrojový kód“, který otevírá cestu k hlubšímu porozumění strukturální složitosti, genomové stabilitě a inženýrství založenému na systému CRISPR.
Proč je to důležité
Řada RPE-1 je celosvětovým standardem v buněčné biologii, výzkumu rakoviny a úpravě genomu. Dosud však byl její genom neúplný, což znamenalo, že klíčové oblasti byly nejasné nebo zcela chyběly.
Naše nová sestava to mění:
► Diploidní úplnost – rozlišení mateřských i otcovských haplotypů napříč chromozomy.► Mimořádně vysoká přesnost – > 99,9999 % u více chromozomů.► Úplné pokrytí komplexních oblastí – nyní zmapovány centromery, repetice a strukturálně náročná DNA.► Integrace napříč platformami – data z krátkých sekvencí Illumina, PacBio HiFi, dlouhých sekvencí Oxford Nanopore a doplňkových zdrojů.► Otevřený přístup – sestava RPE1v1.1 je nyní k dispozici prostřednictvím NCBI a UCSC Genome Browser.
Společný úspěch
Tento projekt se podařilo realizovat pouze díky společnému úsilí globálního konsorcia, jehož členy jsou mimo jiné:
Rockefellerova univerzitaLaboratoř GiuntaUniverzita La Sapienza v ŘíměUniverzita v TennesseeVědecký park v TerstuUniverzita v L’AquileDante Omics AI
Jak vysvětlil Andrea Riposati, generální ředitel společnosti Dante Omics AI: „Představte si ladění softwaru bez části zdrojového kódu. Díky této sekvenční analýze mají vědci konečně k dispozici kompletní a přesný ‚zdrojový kód‘ buněk RPE-1 – a to až po ty nejsložitější oblasti, které byly dříve skryté.“
Důsledky pro vědu a medicínu
Nový standard v oblasti buněčného inženýrství: Technologie CRISPR a další techniky úpravy genomu se nyní mohou opírat o spolehlivější referenční materiál.Hlubší zkoumání složitosti DNA: Centromery a repetice, které byly dříve nepřístupné, jsou nyní k dispozici pro výzkum.Širší dopad napříč výzkumnými obory: Od onkologie po syntetickou biologii – tento genom zvyšuje přesnost experimentů po celém světě.Vzor pro budoucí sestavení: Tento přístup lze rozšířit i na jiné buněčné linie a druhy.
Závěr
Od rozmazaného obrazu k rozlišení 4K: DNA je víc než jen titulek – představuje zlomový bod v genomovém výzkumu. Díky kombinaci multiomiky urychlené umělou inteligencí a nejmodernějších sekvenačních technologií vytvořila společnost Dante Omics AI společně se svými partnery dosud nejjasnější genomový plán pro jeden z nejdůležitějších buněčných modelů v biologii.
➡ Přečtěte si tiskovou zprávu na BusinessWire
Sledujte nové příspěvky od Dante Labs
Informace z oblasti genomiky, novinky o produktech a klinické pohledy – přímo do vaší e-mailové schránky.
