Firma Dante Omics AI, we współpracy z Uniwersytetem Rockefellera, laboratorium Giunta Lab oraz siecią partnerów z całego świata, stworzyła najbardziej kompletny i dokładny diploidalny genom referencyjny dla linii komórkowej RPE-1 – jednego z najczęściej stosowanych standardów w złożonych eksperymentach z zakresu inżynierii komórkowej.
To przełomowe osiągnięcie stanowi prawdziwy „kod źródłowy” dla naukowców na całym świecie, umożliwiając im uzyskanie głębszego wglądu w złożoność strukturalną, stabilność genomową oraz inżynierię opartą na systemie CRISPR.
Dlaczego to ma znaczenie
Linia RPE-1 stanowi światowy punkt odniesienia w dziedzinie biologii komórkowej, badań nad rakiem oraz edycji genomu. Jednak do tej pory jej genom był niekompletny, przez co kluczowe regiony pozostawały niejasne lub w ogóle nie były uwzględnione.
Nasza nowa konfiguracja to zmienia:
► Kompletność diploidalna – rozróżnienie haplotypów zarówno matczynych, jak i ojcowskich na wszystkich chromosomach.► Bardzo wysoka dokładność – > 99,9999% w przypadku wielu chromosomów.► Pełne pokrycie złożonych regionów – zmapowano już centromery, powtórzenia i strukturalnie trudne fragmenty DNA.► Integracja wieloplatformowa – dane pochodzące z krótkich odczytów Illumina, PacBio HiFi, długich odczytów Oxford Nanopore oraz zasobów uzupełniających.► Otwarty dostęp – zestaw RPE1v1.1 jest teraz dostępny za pośrednictwem NCBI i przeglądarki genomowej UCSC.
Wspólne osiągnięcie
Projekt ten mógł powstać wyłącznie dzięki wspólnej wiedzy specjalistycznej międzynarodowego konsorcjum, w skład którego wchodzą:
Uniwersytet RockefelleraLaboratorium GiuntaUniwersytet La Sapienza w RzymieUniwersytet TennesseePark Naukowy w TrieścieUniwersytet w L’AquiliDante Omics AI
Jak wyjaśnił Andrea Riposati, dyrektor generalny Dante Omics AI: „Wyobraź sobie debugowanie oprogramowania bez części kodu źródłowego. Dzięki temu montażowi naukowcy dysponują wreszcie kompletnym i dokładnym »kodem źródłowym« komórek RPE-1 – aż po najbardziej złożone regiony, które wcześniej pozostawały niewidoczne”.
Konsekwencje dla nauki i medycyny
Nowy standard w inżynierii komórkowej: techniki edycji genomu, takie jak CRISPR, mogą teraz opierać się na bardziej wiarygodnym materiale referencyjnym.Głębsze badanie złożoności DNA: centromery i powtórzenia, niegdyś niedostępne, są teraz przedmiotem badań.Szerszy wpływ na różne dziedziny nauki: od onkologii po biologię syntetyczną – ten genom zwiększa precyzję eksperymentów na całym świecie.Model dla przyszłych projektów: podejście to można rozszerzyć na inne linie komórkowe i gatunki.
Wnioski
Od niewyraźnego obrazu do rozdzielczości 4K – to coś więcej niż tylko nagłówek; stanowi to punkt zwrotny w badaniach genomowych. Łącząc multiomikę wspomaganą sztuczną inteligencją z najnowocześniejszymi technologiami sekwencjonowania, firma Dante Omics AI wraz ze swoimi partnerami stworzyła najdokładniejszy jak dotąd genomowy plan jednego z najważniejszych modeli komórkowych w biologii.
➡ Przeczytaj komunikat prasowy na stronie BusinessWire
Otrzymuj powiadomienia o nowych wpisach od Dante Labs
Najnowsze informacje z dziedziny genomiki, aktualności dotyczące produktów i spostrzeżenia kliniczne — prosto do Twojej skrzynki odbiorczej.
