Gen
PRR20E
proline rich 20E
- HGNC 37223↗(åpnes i ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000234278↗(åpnes i ny fane)
- NCBI Gene 729250↗(åpnes i ny fane)
Sammendrag
- Cytogenetisk plassering
- 13q21.1
- Koordinater
- Kromosom 13: 57 167 197–57 170 218 (GRCh38)
- Eksoner
- 3 eksoner over 3 kb
- Protein
- 221 aminosyrer
- MANE Select-transkripsjon
- ENST00000434815.1NM_001130407.1
- Lokustype
- Proteinkodende
- Svært høy
- Sikker
- Lav
- Svært lav
Share this page
Denne siden som data
Legg til .json etter adressen til siden, eller be om application/json, for å lese den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/prr20e.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLes PRR20E og resten av genomet ditt med én test.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker
Få mitt Genome TestKuraterte rapporter som er relevante for dette genet
Ingen Genome Test-rapport leser PRR20E ennå. Testen sekvenserer hele genomet ditt, så dataene dine inkluderer det likevel.
Slik er PRR20E bygget opp
- Kodende sekvens
- Utranslatert region
- Intron
- Transkripsjonsretning
- Områder som korte avlesninger sliter med
Eksoner i genets MANE Select-transkripsjon (utgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referansegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSCs GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheten fra Ensembl-utgave 116, på GRCh38.
Eksonene utgjør 1,8 kb av genets 3 kb, og 666 av disse basene koder for proteinet.
Sekvensering av PRR20E
100Vanskelig
Hvor vanskelig PRR20E er å sekvensere med korte leser, av 100
0 · Lett100 · Vanskelig
Mye av PRR20E ligger der korte leser kan overse eller feilplassere en endring.
Det som kommer i tillegg: andelen av eksonene til PRR20E i hver type vanskelig område
- KartleggbarhetStrekninger der 100 eller 250 bp lange leser ikke kan plasseres entydig, slik at en variant der kan mangle eller være feil. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 100.100 %
- HomologiSegmentelle duplikasjoner: kopier andre steder i genomet, som paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 60.100 %
- Delt med chrYDe pseudoautosomale områdene og det X-transponerte området, der chrX og chrY har samme eller nesten samme sekvens, slik at en lesing fra den ene kan plasseres på den andre. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 60.0 %
- ReferansedekningHull i referanseassemblyen i nærheten, der det ikke finnes sekvens for leser å justere mot. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 50.0 %
- RepetisjonerTandemrepetisjoner og serier av én base, som leser glir på og kanskje ikke spenner over. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 30.4,7 %
- GC-innholdVinduer med under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksforberedelsen dekker tynt. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 20.21 %
En Dante Labs-poengsum basert på egen forskning, bygget på NISTs Genome in a Bottle-kart over vanskelig sekvenserbare områder.Slik beregnes poengsummenHver søyle er andelen av eksonbasene til PRR20E i den typen vanskelig område. Hver enkelt type kan gjøre et gen vanskelig alene, og hver ekstra type legger til mindre: 0 når ingen base er i noen, 100 når alle baser er der leser ikke kan plasseres entydig.
Eksterne lenker
Genposter
Transkripsjon
Protein
Klinisk
Her kommer dette fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og plassering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, eksonene og den kodende sekvensen.
- Genome in a Bottle-stratifiseringene for genom, fra NIST: poengsummen for sekvenseringsvanskelighet.
Siter denne siden
Dante Labs. (u.d.). PRR20E-genet: proline rich 20E. Hentet 20. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/no/genes/prr20e
Dante Labs. PRR20E-genet: proline rich 20E [Internett]. [sitert 20. oktober 2026]. Tilgjengelig fra: https://dantelabs.com/no/genes/prr20e
Én test. En livstid med svar.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker