Gen
TMEM38A
transmembrane protein 38A
- HGNC 28462↗(opent in een nieuw tabblad)
- Ensembl-gen ENSG00000072954↗(opent in een nieuw tabblad)
- NCBI Gene 79041↗(opent in een nieuw tabblad)
Samenvatting
- Cytogenetische locatie
- 19p13.11
- Coördinaten
- Chromosoom 19: 16.661.139–16.690.023 (GRCh38)
- Exons
- 6 exons over 28,9 kb
- Eiwit
- 299 aminozuren
- Ook bekend als
- MGC3169, TRIC-A
- MANE Select-transcript
- ENST00000187762.7NM_024074.4
- Type locus
- Eiwitcoderend
- Zeer hoog
- Betrouwbaar
- Laag
- Zeer laag
Deze pagina als gegevens
Voeg .json toe aan het adres van de pagina, of vraag application/json aan, om haar als JSON te lezen.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/tmem38a.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLees TMEM38A en de rest van uw genoom met één test.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken
Mijn Genome Test bestellenGecureerde rapporten over dit gen
Geen enkel Genome Test-rapport leest TMEM38A nog. De test leest uw volledige genoom uit, dus uw gegevens bevatten het toch.
Opbouw van TMEM38A
- Coderende sequentie
- Niet-vertaald gebied
- Intron
- Richting van transcriptie
- Gebieden die korte reads moeilijk vinden
Exonen van het MANE Select-transcript van het gen (release v1.5), afkomstig van NCBI en EMBL-EBI, op het GRCh38-referentiegenoom.
Chromosoombanden uit het ideogram van UCSC's GRCh38 (2022-10-29).
Genen in de buurt uit Ensembl-release 116, op GRCh38.
Exonen vormen 2,6 kb van de 28,9 kb van het gen; 900 van die basen coderen voor het eiwit.
Sequencing van TMEM38A
1Laag
Hoe moeilijk TMEM38A met korte reads te sequencen is, op een schaal van 100Elke balk is het aandeel van de exonbasen van TMEM38A in dat type moeilijke regio. De score weegt deze naar hoeveel elk een short-read-call kost: 0 wanneer geen enkele base in een van deze regio's valt, 100 wanneer elke base in alle regio's valt.
- MappabilityStukken waar reads van 100 of 250 bp niet uniek geplaatst kunnen worden, waardoor een call daar kan ontbreken of onjuist kan zijn. Gewicht 35%.0%
- HomologieSegmentale duplicaties: kopieën elders in het genoom, zoals paralogen en pseudogenen, met 90% identiteit of meer. Gewicht 30%.0%
- HerhalingenTandemherhalingen en reeksen van één base, waarop reads kunnen schuiven en die ze mogelijk niet overbruggen. Gewicht 15%.1,1%
- GC-gehalteVensters onder 25% of boven 65% G en C, die de bibliotheekvoorbereiding slechts dun dekt. Gewicht 10%.7,7%
- ReferentiedekkingGaten in de nabijgelegen referentieassemblage, waar geen sequentie is waarop reads kunnen worden uitgelijnd. Gewicht 10%.0%
Externe links
Genrecords
Transcript
Eiwit
Waar dit vandaan komt
- HGNC: het symbool, de naam, andere symbolen en de locatie van het gen.
- MANE Select v1.5, van NCBI en EMBL-EBI: het transcript, de exonen en de coderende sequentie.
- De genoomstratificaties van Genome in a Bottle, van NIST: de score voor de moeilijkheid van sequencing.
Deze pagina citeren
Dante Labs. (z.d.). TMEM38A-gen: transmembrane protein 38A. Geraadpleegd op 18 oktober 2026, van https://dantelabs.com/nl/genes/tmem38a
Dante Labs. TMEM38A-gen: transmembrane protein 38A [Internet]. [geraadpleegd 18 oktober 2026]. Beschikbaar op: https://dantelabs.com/nl/genes/tmem38a
Eén test. Een leven lang antwoorden.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken