Gen
PPP1R18
protein phosphatase 1 regulatory subunit 18
- HGNC 29413↗(opent in een nieuw tabblad)
- Ensembl-gen ENSG00000146112↗(opent in een nieuw tabblad)
- NCBI Gene 170954↗(opent in een nieuw tabblad)
Samenvatting
- Cytogenetische locatie
- 6p21.33
- Coördinaten
- Chromosoom 6: 30.676.389–30.686.645 (GRCh38)
- Exons
- 3 exons over 10,3 kb
- Eiwit
- 613 aminozuren
- Ook bekend als
- phostensin
- Eerdere symbolen
- KIAA1949
- MANE Select-transcript
- ENST00000274853.8NM_133471.4
- Type locus
- Eiwitcoderend
- Zeer hoog
- Betrouwbaar
- Laag
- Zeer laag
Deze pagina als gegevens
Voeg .json toe aan het adres van de pagina, of vraag application/json aan, om haar als JSON te lezen.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/ppp1r18.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLees PPP1R18 en de rest van uw genoom met één test.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken
Mijn Genome Test bestellenGecureerde rapporten over dit gen
Geen enkel Genome Test-rapport leest PPP1R18 nog. De test leest uw volledige genoom uit, dus uw gegevens bevatten het toch.
Opbouw van PPP1R18
- Coderende sequentie
- Niet-vertaald gebied
- Intron
- Richting van transcriptie
- Gebieden die korte reads moeilijk vinden
Exonen van het MANE Select-transcript van het gen (release v1.5), afkomstig van NCBI en EMBL-EBI, op het GRCh38-referentiegenoom.
Chromosoombanden uit het ideogram van UCSC's GRCh38 (2022-10-29).
Genen in de buurt uit Ensembl-release 116, op GRCh38.
Exonen vormen 3,3 kb van de 10,3 kb van het gen; 1.842 van die basen coderen voor het eiwit.
Sequencing van PPP1R18
4Laag
Hoe moeilijk PPP1R18 met korte reads te sequencen is, op een schaal van 100Elke balk is het aandeel van de exonbasen van PPP1R18 in dat type moeilijke regio. De score weegt deze naar hoeveel elk een short-read-call kost: 0 wanneer geen enkele base in een van deze regio's valt, 100 wanneer elke base in alle regio's valt.
- MappabilityStukken waar reads van 100 of 250 bp niet uniek geplaatst kunnen worden, waardoor een call daar kan ontbreken of onjuist kan zijn. Gewicht 35%.0%
- HomologieSegmentale duplicaties: kopieën elders in het genoom, zoals paralogen en pseudogenen, met 90% identiteit of meer. Gewicht 30%.0%
- HerhalingenTandemherhalingen en reeksen van één base, waarop reads kunnen schuiven en die ze mogelijk niet overbruggen. Gewicht 15%.7,4%
- GC-gehalteVensters onder 25% of boven 65% G en C, die de bibliotheekvoorbereiding slechts dun dekt. Gewicht 10%.31%
- ReferentiedekkingGaten in de nabijgelegen referentieassemblage, waar geen sequentie is waarop reads kunnen worden uitgelijnd. Gewicht 10%.0%
Externe links
Genrecords
Transcript
Eiwit
Waar dit vandaan komt
- HGNC: het symbool, de naam, andere symbolen en de locatie van het gen.
- MANE Select v1.5, van NCBI en EMBL-EBI: het transcript, de exonen en de coderende sequentie.
- De genoomstratificaties van Genome in a Bottle, van NIST: de score voor de moeilijkheid van sequencing.
Deze pagina citeren
Dante Labs. (z.d.). PPP1R18-gen: protein phosphatase 1 regulatory subunit 18. Geraadpleegd op 17 oktober 2026, van https://dantelabs.com/nl/genes/ppp1r18
Dante Labs. PPP1R18-gen: protein phosphatase 1 regulatory subunit 18 [Internet]. [geraadpleegd 17 oktober 2026]. Beschikbaar op: https://dantelabs.com/nl/genes/ppp1r18
Eén test. Een leven lang antwoorden.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken