Gen
LRRC4C
leucine rich repeat containing 4C
- HGNC 29317↗(opent in een nieuw tabblad)
- Ensembl-gen ENSG00000148948↗(opent in een nieuw tabblad)
- NCBI Gene 57689↗(opent in een nieuw tabblad)
Samenvatting
- Cytogenetische locatie
- 11p12
- Coördinaten
- Chromosoom 11: 40.114.209–41.459.652 (GRCh38)
- Exons
- 7 exons over 1.345,4 kb
- Eiwit
- 640 aminozuren
- Ook bekend als
- KIAA1580, NGL-1
- MANE Select-transcript
- ENST00000528697.6NM_001258419.2
- Type locus
- Eiwitcoderend
- Zeer hoog
- Betrouwbaar
- Laag
- Zeer laag
Deze pagina als gegevens
Voeg .json toe aan het adres van de pagina, of vraag application/json aan, om haar als JSON te lezen.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/lrrc4c.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLees LRRC4C en de rest van uw genoom met één test.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken
Mijn Genome Test bestellenGecureerde rapporten over dit gen
Geen enkel Genome Test-rapport leest LRRC4C nog. De test leest uw volledige genoom uit, dus uw gegevens bevatten het toch.
Opbouw van LRRC4C
- Coderende sequentie
- Niet-vertaald gebied
- Intron
- Richting van transcriptie
- Gebieden die korte reads moeilijk vinden
Exonen van het MANE Select-transcript van het gen (release v1.5), afkomstig van NCBI en EMBL-EBI, op het GRCh38-referentiegenoom.
Chromosoombanden uit het ideogram van UCSC's GRCh38 (2022-10-29).
Genen in de buurt uit Ensembl-release 116, op GRCh38.
Exonen vormen 2,8 kb van de 1.345,4 kb van het gen; 1.923 van die basen coderen voor het eiwit.
Sequencing van LRRC4C
1Makkelijk
Hoe moeilijk LRRC4C met korte reads te sequencen is, op een schaal van 100
0 · Makkelijk100 · Moeilijk
Vrijwel alle exons van LRRC4C liggen waar korte reads zich goed laten plaatsen.
Wat dit verder beïnvloedt: het aandeel van de exons van LRRC4C in elk type moeilijke regio
- MappabilityStukken waar reads van 100 of 250 bp niet uniek kunnen worden geplaatst, waardoor een call daar mogelijk ontbreekt of fout is. Gewicht 35%.0%
- HomologieSegmentale duplicaties: kopieën elders in het genoom, zoals paralogen en pseudogenen, met 90% identiteit of meer. Gewicht 30%.0%
- RepeatsTandemrepeats en reeksen van één base, waarop reads kunnen verschuiven en die ze mogelijk niet overspannen. Gewicht 15%.7,1%
- GC-gehalteVensters met minder dan 25% of meer dan 65% G en C, die bij de bibliotheekvoorbereiding dun worden gedekt. Gewicht 10%.0%
- ReferentiedekkingGaten in de referentie-assembly in de buurt, waar geen sequentie is waarop reads kunnen uitlijnen. Gewicht 10%.0%
Een score van Dante Labs uit ons eigen onderzoek, gebaseerd op de Genome in a Bottle-kaarten van NIST met moeilijk te sequencen regio's.Zo wordt de score berekendElke balk is het aandeel van de exonbases van LRRC4C in dat type moeilijke regio. De score weegt die aandelen naar hoeveel elk type een korte-readcall kost: 0 wanneer geen enkele base in een moeilijke regio ligt, 100 wanneer elke base in alle regio's ligt.
Externe links
Genrecords
Transcript
Eiwit
Waar dit vandaan komt
- HGNC: het symbool, de naam, andere symbolen en de locatie van het gen.
- MANE Select v1.5, van NCBI en EMBL-EBI: het transcript, de exonen en de coderende sequentie.
- De genoomstratificaties van Genome in a Bottle, van NIST: de score voor de moeilijkheid van sequencing.
Deze pagina citeren
Dante Labs. (z.d.). LRRC4C-gen: leucine rich repeat containing 4C. Geraadpleegd op 18 oktober 2026, van https://dantelabs.com/nl/genes/lrrc4c
Dante Labs. LRRC4C-gen: leucine rich repeat containing 4C [Internet]. [geraadpleegd 18 oktober 2026]. Beschikbaar op: https://dantelabs.com/nl/genes/lrrc4c
Eén test. Een leven lang antwoorden.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken