Genas
HOXD9
homeobox D9
- HGNC 5140↗(atsidaro naujame skirtuke)
- Ensembl genas ENSG00000128709↗(atsidaro naujame skirtuke)
- NCBI Gene 3235↗(atsidaro naujame skirtuke)
Santrauka
- Citogenetinė vieta
- 2q31.1
- Koordinatės
- Chromosoma 2: 176 122 719–176 124 937 (GRCh38)
- Eksonai
- 2 eksonų per 2,2 kb
- Baltymas
- 352 aminorūgščių
- Ankstesni simboliai
- HOX4C, HOX4
- MANE Select transkriptas
- ENST00000249499.8NM_014213.4
- Lokuso tipas
- Baltymus koduojantys
- Labai aukštas
- Patikimas
- Žemas
- Labai žemas
Ši puslapis kaip duomenys
Norėdami perskaityti jį kaip JSON, pridėkite .json prie puslapio adreso arba nurodykite application/json.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/hoxd9.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$namePerskaitykite HOXD9 ir likusį savo genomą su vienu tyrimu.
Nuo 449 $Nemokamas pristatymas · Rezultatai per 6–8 savaites
Įsigyti savo Genome TestKuruotos ataskaitos, susijusios su šiuo genu
Nė viena Genome Test ataskaita dar nenuskaito HOXD9 geno. Testas seka visą jūsų genomą, todėl jūsų duomenyse jis vis tiek yra.
Kaip išdėstytas HOXD9
- Koduojanti seka
- Netransliuojama sritis
- Intronas
- Transkripcijos kryptis
Geno MANE Select transkripto eksonai (išleidimas v1.5), pagal NCBI ir EMBL-EBI, GRCh38 atskaitos genome.
Chromosomų juostos pagal UCSC GRCh38 ideogramą (2022-10-29).
Netoliese esantys genai iš Ensembl leidimo 116, GRCh38.
Eksonai sudaro 1,9 kb iš 2,2 kb geno; 1 059 šių bazių koduoja baltymą.
HOXD9 sekvenavimas
8Lengva
Kaip sunku sekvenuoti HOXD9 trumpaisiais skaitiniais, iš 100
0 · Lengva100 · Sunku
Beveik visi HOXD9 eksonai yra vietose, kur trumpieji skaitiniai atvaizduojami aiškiai.
Prie to prisideda kiekvienos sunkių sričių rūšies dalis tarp HOXD9 eksonų
- AtvaizduojamumasRuožai, kuriuose 100 arba 250 bp skaitinių negalima vienareikšmiškai priskirti, todėl ten iškvietimas gali būti praleistas arba neteisingas. Svoris 35 %.0 %
- HomologijaSegmentinės dubliakacijos: genomo kopijos kitur, pavyzdžiui, paralogai ir pseudogenai, kurių identiškumas 90 % ar didesnis. Svoris 30 %.0 %
- PasikartojimaiTandeminiai pasikartojimai ir vieno nukleotido seka, kuriais skaitiniai slysta ir kurių gali neaprėpti. Svoris 15 %.11 %
- GC kiekisLangai, kuriuose G ir C yra mažiau nei 25 % arba daugiau nei 65 %, bibliotekos paruošimo metu aprėpiami silpnai. Svoris 10 %.60 %
- Nuorodinės sekos aprėptisNetoliese esantys nuorodinės sekos surinkinio tarpai, kur skaitiniams nėra su kuo susilyginti. Svoris 10 %.0 %
Dante Labs balas, sukurtas remiantis mūsų pačių tyrimu, paremtu NIST Genome in a Bottle sunkiai sekvenuojamų sričių žemėlapiais.Kaip skaičiuojamas balasKiekviena juosta rodo, kokia HOXD9 eksonų bazių dalis yra tokioje sunkioje srityje. Balas sveria juos pagal tai, kiek kiekvienas kainuoja trumpųjų skaitinių iškvietimui: 0, kai nė viena bazė nepatenka į jokią, 100, kai kiekviena bazė patenka į visas.
Išorinės nuorodos
Geno įrašai
Transkriptas
Baltymas
Iš kur tai paimta
- HGNC: geno simbolis, pavadinimas, kiti simboliai ir vieta.
- MANE Select v1.5, iš NCBI ir EMBL-EBI: transkriptas, jo egzonai ir koduojanti seka.
- Genome in a Bottle genomo stratifikacijos iš NIST: sekoskaitos sunkumo balas.
Cituoti šį puslapį
Dante Labs. (be datos). HOXD9 genas: homeobox D9. Pasiekta 2026 m. spalio 18 d., iš https://dantelabs.com/lt/genes/hoxd9
Dante Labs. HOXD9 genas: homeobox D9 [Internetas]. [cituota 2026 m. spalio 18 d.]. Prieinama: https://dantelabs.com/lt/genes/hoxd9
Vienas testas. Atsakymai visam gyvenimui.
Nuo 449 $Nemokamas pristatymas · Rezultatai per 6–8 savaites