Gène
LRRC3B
leucine rich repeat containing 3B
- HGNC 28105↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène Ensembl ENSG00000179796↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène NCBI 116135↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
Résumé
- Localisation cytogénétique
- 3p24.1
- Coordonnées
- Chromosome 3 : 26 622 772–26 710 776 (GRCh38)
- Exons
- 2 exons sur 88 kb
- Protéine
- 259 acides aminés
- Aussi appelé
- LRP15
- Transcrit MANE Select
- ENST00000396641.7NM_052953.4
- Type de locus
- Codant pour une protéine
- Très élevé
- Fiable
- Faible
- Très faible
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Structure de LRRC3B
- Séquence codante
- Région non traduite
- Intron
- Sens de la transcription
- Régions que les lectures courtes peinent à analyser
Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.
Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.
Les exons représentent 1,7 kb sur les 88 kb du gène ; 780 de ces bases codent pour la protéine.
Séquençage de LRRC3B
3Faible
Difficulté de séquençage de LRRC3B avec des lectures courtes, sur 100Chaque barre représente la part des bases d'exons de LRRC3B situées dans ce type de région difficile. Le score les pondère selon le coût de chacune pour un appel en lecture courte : 0 lorsqu'aucune base ne se trouve dans une telle région, 100 lorsque chaque base se trouve dans toutes.
- CartographiabilitéZones où des lectures de 100 ou 250 pb ne peuvent pas être placées de façon unique, si bien qu'un appel à cet endroit peut être manquant ou erroné. Poids 35 %.0 %
- HomologieDuplications segmentaires : copies ailleurs dans le génome, comme les paralogues et les pseudogènes, à 90 % d'identité ou plus. Poids 30 %.0 %
- RépétitionsRépétitions en tandem et séquences d'une même base, sur lesquelles les lectures glissent et qu'elles peuvent ne pas couvrir entièrement. Poids 15 %.2 %
- Teneur en GCFenêtres dont le taux de G et de C est inférieur à 25 % ou supérieur à 65 %, que la préparation de la bibliothèque couvre mal. Poids 10 %.23 %
- Couverture de référenceLacunes de l'assemblage de référence à proximité, où il n'existe aucune séquence sur laquelle les lectures peuvent s'aligner. Poids 10 %.0 %
Liens externes
Fiches de gènes
Transcrit
Protéine
D'où proviennent ces données
- HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
- MANE Select v1.5, issu de NCBI et d'EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
- Les stratifications du génome Genome in a Bottle, publiées par le NIST : le score de difficulté de séquençage.
Citer cette page
Dante Labs. (s.d.). Gène LRRC3B : leucine rich repeat containing 3B. Consulté le 17 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/lrrc3b
Dante Labs. Gène LRRC3B : leucine rich repeat containing 3B [Internet]. [consulté le 17 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/lrrc3b
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