Gène
KRTAP7-1
keratin associated protein 7-1
- HGNC 18934↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène Ensembl ENSG00000274749↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène NCBI 337878↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
Résumé
- Localisation cytogénétique
- 21q22.11
- Coordonnées
- Chromosome 21 : 30 829 039–30 829 759 (GRCh38)
- Exons
- 1 exon sur 0,7 kb
- Protéine
- 87 acides aminés
- Aussi appelé
- KAP7.1
- Transcrit MANE Select
- ENST00000621162.1NM_181606.3
- Type de locus
- Codant pour une protéine
- Très élevé
- Fiable
- Faible
- Très faible
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Structure de KRTAP7-1
- Séquence codante
- Région non traduite
- Intron
- Sens de la transcription
Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.
Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.
Les exons représentent 0,7 kb sur les 0,7 kb du gène ; 264 de ces bases codent pour la protéine.
Séquençage de KRTAP7-1
0Faible
Difficulté de séquençage de KRTAP7-1 avec des lectures courtes, sur 100Chaque barre représente la part des bases d'exons de KRTAP7-1 situées dans ce type de région difficile. Le score les pondère selon le coût de chacune pour un appel en lecture courte : 0 lorsqu'aucune base ne se trouve dans une telle région, 100 lorsque chaque base se trouve dans toutes.
- CartographiabilitéZones où des lectures de 100 ou 250 pb ne peuvent pas être placées de façon unique, si bien qu'un appel à cet endroit peut être manquant ou erroné. Poids 35 %.0 %
- HomologieDuplications segmentaires : copies ailleurs dans le génome, comme les paralogues et les pseudogènes, à 90 % d'identité ou plus. Poids 30 %.0 %
- RépétitionsRépétitions en tandem et séquences d'une même base, sur lesquelles les lectures glissent et qu'elles peuvent ne pas couvrir entièrement. Poids 15 %.2,4 %
- Teneur en GCFenêtres dont le taux de G et de C est inférieur à 25 % ou supérieur à 65 %, que la préparation de la bibliothèque couvre mal. Poids 10 %.0 %
- Couverture de référenceLacunes de l'assemblage de référence à proximité, où il n'existe aucune séquence sur laquelle les lectures peuvent s'aligner. Poids 10 %.0 %
Liens externes
Fiches de gènes
Transcrit
Protéine
D'où proviennent ces données
- HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
- MANE Select v1.5, issu de NCBI et d'EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
- Les stratifications du génome Genome in a Bottle, publiées par le NIST : le score de difficulté de séquençage.
Citer cette page
Dante Labs. (s.d.). Gène KRTAP7-1 : keratin associated protein 7-1. Consulté le 17 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/krtap7-1
Dante Labs. Gène KRTAP7-1 : keratin associated protein 7-1 [Internet]. [consulté le 17 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/krtap7-1
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