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Gène

ATPAF1

ATP synthase mitochondrial F1 complex assembly factor 1

Résumé

Localisation cytogénétique
1p33
Coordonnées
Chromosome 1 : 46 632 737–46 668 364 (GRCh38)
Exons
9 exons sur 35,6 kb
Protéine
328 acides aminés
Aussi appelé
FLJ22351, Atp11p, ATP11
Transcrit MANE Select
ENST00000574428.6NM_001394565.1
Type de locus
Codant pour une protéine
  • Très élevé
  • Fiable
  • Faible
  • Très faible

Rapport d'expertise pertinent pour ce gène

Aucun rapport Genome Test ne lit encore ATPAF1. Le test séquence l'intégralité de votre génome, donc vos données l'incluent tout de même.

Structure de ATPAF1

  • Séquence codante
  • Région non traduite
  • Intron
  • Sens de la transcription
  • Régions que les lectures courtes peinent à analyser
Chromosome 1, avec un crochet à l'emplacement de ATPAF1. ATPAF1 et 22 gènes à proximité sur le chromosome 1, de 46 150 551 à 47 150 550.Chromosome 11p33p36.33p36.32p36.31p36.23p36.22p36.21p36.13p36.12p36.11p35.3p35.2p35.1p34.3p34.2p34.1p33p32.3p32.2p32.1p31.3p31.2p31.1p22.3p22.2p22.1p21.3p21.2p21.1p13.3p13.2p13.1p12p11.2p11.1q11q12q21.1q21.2q21.3q22q23.1q23.2q23.3q24.1q24.2q24.3q25.1q25.2q25.3q31.1q31.2q31.3q32.1q32.2q32.3q41q42.11q42.12q42.13q42.2q42.3q43q4446,2 Mb46,4 Mb46,6 Mb46,8 Mb47 MbP3R3URF-PIK3R3 : 46 043 661–46 176 488, brin inverseP3R3URF : 46 171 017–46 176 488, brin inverseP3R3URFTSPAN1 : 46 173 780–46 196 490, brin directTSPAN1POMGNT1 : 46 188 681–46 220 305, brin inversePOMGNT1LURAP1 : 46 203 191–46 223 718, brin directLURAP1RAD54L : 46 246 461–46 282 459, brin directRAD54LLRRC41 : 46 261 195–46 303 630, brin inverseLRRC41UQCRH : 46 300 900–46 334 910, brin directUQCRHNSUN4 : 46 340 691–46 369 218, brin directNSUN4FAAH : 46 394 265–46 415 754, brin directFAAHDMBX1 : 46 489 822–46 516 218, brin directDMBX1TMEM275 : 46 532 166–46 544 566, brin inverseTMEM275KNCN : 46 545 641–46 551 647, brin inverseKNCNMKNK1 : 46 557 407–46 616 850, brin inverseMKNK1MOB3C : 46 607 707–46 616 889, brin inverseMOB3CATPAF1 : 46 632 737–46 668 364, brin inverseATPAF1TEX38 : 46 668 855–46 673 595, brin directTEX38EFCAB14 : 46 674 659–46 719 146, brin inverseEFCAB14CYP4B1 : 46 757 838–46 870 221, brin directCYP4B1CYP4A11 : 46 928 862–46 941 594, brin inverseCYP4A11CYP4X1 : 47 023 593–47 050 751, brin directCYP4X1CYP4Z1 : 47 067 231–47 118 318, brin directCYP4Z1CYP4A22 : 47 137 388–47 174 328, brin directCYP4A22Schéma de ATPAF1 : 9 exons sur le brin inverse du chromosome 1Exon 9 : 46 632 737–46 635 970, 3 234 basesExon 8 : 46 643 194–46 643 301, 108 basesExon 7 : 46 645 161–46 645 256, 96 basesExon 6 : 46 652 581–46 652 628, 48 basesExon 5 : 46 653 817–46 653 867, 51 basesExon 4 : 46 658 127–46 658 189, 63 basesExon 3 : 46 658 687–46 658 737, 51 basesExon 2 : 46 665 256–46 665 364, 109 basesExon 1 : 46 668 057–46 668 364, 308 bases9876543215′3′

Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.

Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).

Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.

Les exons représentent 4,1 kb sur les 35,6 kb du gène ; 987 de ces bases codent pour la protéine.

Séquençage de ATPAF1

3Facile

Difficulté de séquençage de ATPAF1 avec des lectures courtes, sur 100

Presque tous les exons de ATPAF1 se situent dans des zones où les lectures courtes se positionnent sans ambiguïté.

Facteur aggravant : la part des exons de ATPAF1 située dans chaque type de région difficile

  • Mappabilité0 %
  • Homologie0 %
  • Partagé avec le chrY0 %
  • Couverture de la référence0 %
  • Répétitions4,6 %
  • Teneur en GC7,6 %

Un score Dante Labs issu de nos propres recherches, fondé sur les cartes des régions difficiles à séquencer de Genome in a Bottle du NIST.Mode de calcul du score

Liens externes

D'où proviennent ces données

  • HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
  • MANE Select v1.5, issu de NCBI et d'EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
  • Les stratifications du génome Genome in a Bottle, publiées par le NIST : le score de difficulté de séquençage.

Citer cette page

APA

Dante Labs. (s.d.). Gène ATPAF1 : ATP synthase mitochondrial F1 complex assembly factor 1. Consulté le 19 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/atpaf1

Vancouver

Dante Labs. Gène ATPAF1 : ATP synthase mitochondrial F1 complex assembly factor 1 [Internet]. [consulté le 19 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/atpaf1

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