Gen
TAFA5
TAFA chemokine like family member 5
- HGNC 21592↗(otevře se na nové kartě)
- Gen v Ensembl ENSG00000219438↗(otevře se na nové kartě)
- NCBI Gene 25817↗(otevře se na nové kartě)
Shrnutí
- Cytogenetická poloha
- 22q13.32
- Souřadnice
- Chromozom 22: 48 489 553–48 751 932 (GRCh38)
- Exony
- 4 exonů na 262,4 kb
- Protein
- 132 aminokyselin
- Další názvy
- TAFA-5
- Předchozí symboly
- FAM19A5
- Transkript MANE Select
- ENST00000402357.6NM_001082967.3
- Typ lokusu
- Kódující proteiny
- Velmi vysoká
- Jistá
- Nízká
- Velmi nízká
Share this page
Tato stránka jako data
Chcete-li ji číst jako JSON, připojte k adrese stránky .json nebo požádejte o application/json.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/tafa5.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$namePřečtěte si TAFA5 i zbytek svého genomu jediným testem.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů
Objednejte si Genome TestKurátorované reporty související s tímto genem
Zatím žádná zpráva Genome Test nečte gen TAFA5. Test sekvenuje celý váš genom, takže jsou vaše data přesto obsahují.
Jak je TAFA5 uspořádán
- Kódující sekvence
- Netranslatovaná oblast
- Intron
- Směr transkripce
- Úseky, které krátká čtení obtížně zachycují
Exony transkriptu MANE Select genu (verze v1.5) z databází NCBI a EMBL-EBI, na referenčním genomu GRCh38.
Pásy chromozomů z ideogramu UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Okolní geny z Ensembl, verze 116, na GRCh38.
Exony tvoří 2,5 kb z 262,4 kb genu; 399 těchto bází kódují protein.
Sekvenování TAFA5
15Střední
Jak obtížně se TAFA5 sekvenuje krátkými čteními, ze 100
0 · Snadné100 · Obtížné
Některé exony genu TAFA5 leží tam, kde krátká čtení mohou změnu přehlédnout nebo ji zařadit na špatné místo.
Co k tomu přispívá: podíl exonů genu TAFA5 v každém druhu obtížné oblasti
- MapovatelnostÚseky, kde nelze čtení o délce 100 nebo 250 bp jednoznačně umístit, takže volání v nich může chybět nebo být chybné. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 100.0 %
- HomologieSegmentální duplikace: kopie jinde v genomu, například paralogy a pseudogeny, s identitou 90 % nebo vyšší. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 60.0 %
- Sdíleno s chrYPseudoautozomální oblasti a oblast X-transponovaná, kde chrX a chrY nesou stejnou nebo téměř stejnou sekvenci, takže čtení z jednoho může být umístěno na druhém. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 60.0 %
- Pokrytí referenční sekvenceMezery v referenční sestavě v okolí, kde pro čtení není sekvence, na kterou by se mohla zarovnat. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 50.0 %
- RepeticeTandemové repetice a série jedné báze, na kterých čtení sklouzávají a které nemusí přečíst celé. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 30.3 %
- Obsah GCOkna s méně než 25 % nebo více než 65 % G a C, která příprava knihovny pokrývá řídce. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 20.69 %
Skóre Dante Labs z vlastního výzkumu, vycházející z map obtížně sekvenovatelných oblastí NIST Genome in a Bottle.Jak se skóre počítáKaždý sloupec udává podíl bází exonů genu TAFA5 v daném druhu obtížné oblasti. Každý druh sám o sobě může gen učinit obtížným a každý další přidává méně: 0, pokud žádná báze nespadá do žádné z oblastí, 100, pokud každá báze leží tam, kde čtení nelze jednoznačně umístit.
Externí odkazy
Záznamy o genu
Transkript
Protein
Odkud to pochází
- HGNC: symbol genu, jeho název, další symboly a umístění.
- MANE Select v1.5 od NCBI a EMBL-EBI: transkript, jeho exony a kódující sekvence.
- Stratifikace genomu Genome in a Bottle od NIST: skóre obtížnosti sekvenování.
Citovat tuto stránku
Dante Labs. (b.d.). Gen TAFA5: TAFA chemokine like family member 5. Staženo 20. října 2026, z https://dantelabs.com/cs/genes/tafa5
Dante Labs. Gen TAFA5: TAFA chemokine like family member 5 [Internet]. [citováno 20. října 2026]. Dostupné z: https://dantelabs.com/cs/genes/tafa5
Jeden test. Odpovědi na celý život.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů