Gen
SORT1
sortilin 1
- HGNC 11186↗(otevře se na nové kartě)
- Gen v Ensembl ENSG00000134243↗(otevře se na nové kartě)
- NCBI Gene 6272↗(otevře se na nové kartě)
Shrnutí
- Cytogenetická poloha
- 1p13.3
- Souřadnice
- Chromozom 1: 109 309 575–109 397 918 (GRCh38)
- Exony
- 20 exonů na 88,3 kb
- Protein
- 831 aminokyselin
- Další názvy
- Gp95, NT3
- Transkript MANE Select
- ENST00000256637.8NM_002959.7
- Typ lokusu
- Kódující proteiny
- Velmi vysoká
- Jistá
- Nízká
- Velmi nízká
Tato stránka jako data
Chcete-li ji číst jako JSON, připojte k adrese stránky .json nebo požádejte o application/json.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/sort1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$namePřečtěte si SORT1 i zbytek svého genomu jediným testem.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů
Objednejte si Genome TestKurátorované reporty související s tímto genem
Zatím žádná zpráva Genome Test nečte gen SORT1. Test sekvenuje celý váš genom, takže jsou vaše data přesto obsahují.
Jak je SORT1 uspořádán
- Kódující sekvence
- Netranslatovaná oblast
- Intron
- Směr transkripce
- Úseky, které krátká čtení obtížně zachycují
Exony transkriptu MANE Select genu (verze v1.5) z databází NCBI a EMBL-EBI, na referenčním genomu GRCh38.
Pásy chromozomů z ideogramu UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Okolní geny z Ensembl, verze 116, na GRCh38.
Exony tvoří 7 kb z 88,3 kb genu; 2 496 těchto bází kódují protein.
Sekvenování SORT1
1Nízká
Jak obtížně se SORT1 sekvenuje krátkými čteními, ze 100Každý sloupec udává podíl exonových bází SORT1 v dané obtížné oblasti. Skóre je váží podle toho, jak moc každá z nich ztěžuje volání krátkými čteními: 0, pokud žádná báze není v žádné takové oblasti, 100, pokud je každá báze ve všech těchto oblastech.
- MapovatelnostÚseky, kde nelze čtení o délce 100 nebo 250 bp jednoznačně umístit, takže volání v nich může chybět nebo být chybné. Váha 35 %.0 %
- HomologieSegmentální duplikace: kopie jinde v genomu, například paralogy a pseudogeny, s identitou 90 % nebo vyšší. Váha 30 %.0 %
- RepeticeTandemové repetice a řetězce jedné báze, na kterých čtení sklouzávají a které nemusí přesahovat. Váha 15 %.2,9 %
- Obsah GCÚseky s obsahem G a C pod 25 % nebo nad 65 %, které příprava knihovny pokrývá jen slabě. Váha 10 %.7,3 %
- Pokrytí referenceMezery v okolní referenční sestavě, kam se krátké čtené úseky nemají kam zarovnat. Váha 10 %.0 %
Externí odkazy
Záznamy o genu
Transkript
Protein
Odkud to pochází
- HGNC: symbol genu, jeho název, další symboly a umístění.
- MANE Select v1.5 od NCBI a EMBL-EBI: transkript, jeho exony a kódující sekvence.
- Stratifikace genomu Genome in a Bottle od NIST: skóre obtížnosti sekvenování.
Citovat tuto stránku
Dante Labs. (b.d.). Gen SORT1: sortilin 1. Staženo 18. října 2026, z https://dantelabs.com/cs/genes/sort1
Dante Labs. Gen SORT1: sortilin 1 [Internet]. [citováno 18. října 2026]. Dostupné z: https://dantelabs.com/cs/genes/sort1
Jeden test. Odpovědi na celý život.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů