Gen
FAM107B
family with sequence similarity 107 member B
- HGNC 23726↗(otevře se na nové kartě)
- Gen v Ensembl ENSG00000065809↗(otevře se na nové kartě)
- NCBI Gene 83641↗(otevře se na nové kartě)
Shrnutí
- Cytogenetická poloha
- 10p13
- Souřadnice
- Chromozom 10: 14 518 557–14 774 897 (GRCh38)
- Exony
- 5 exonů na 256,3 kb
- Protein
- 306 aminokyselin
- Další názvy
- FLJ45505, MGC11034, HITS
- Předchozí symboly
- C10orf45
- Transkript MANE Select
- ENST00000181796.7NM_031453.4
- Typ lokusu
- Kódující proteiny
- Velmi vysoká
- Jistá
- Nízká
- Velmi nízká
Tato stránka jako data
Chcete-li ji číst jako JSON, připojte k adrese stránky .json nebo požádejte o application/json.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/fam107b.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$namePřečtěte si FAM107B i zbytek svého genomu jediným testem.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů
Objednejte si Genome TestKurátorované reporty související s tímto genem
Zatím žádná zpráva Genome Test nečte gen FAM107B. Test sekvenuje celý váš genom, takže jsou vaše data přesto obsahují.
Jak je FAM107B uspořádán
- Kódující sekvence
- Netranslatovaná oblast
- Intron
- Směr transkripce
- Úseky, které krátká čtení obtížně zachycují
Exony transkriptu MANE Select genu (verze v1.5) z databází NCBI a EMBL-EBI, na referenčním genomu GRCh38.
Pásy chromozomů z ideogramu UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Okolní geny z Ensembl, verze 116, na GRCh38.
Exony tvoří 3,8 kb z 256,3 kb genu; 921 těchto bází kódují protein.
Sekvenování FAM107B
1Snadné
Jak obtížné je sekvenovat FAM107B krátkými čteními, ze 100
0 · Snadné100 · Obtížné
Téměř všechny exony genu FAM107B leží v místech, kde se krátká čtení spolehlivě mapují.
Co k tomu přispívá: podíl exonů genu FAM107B v jednotlivých typech obtížných oblastí
- MapovatelnostÚseky, kde nelze čtení o délce 100 nebo 250 bp jednoznačně umístit, takže volání v nich může chybět nebo být chybné. Váha 100 %.0 %
- HomologieSegmentální duplikace: kopie jinde v genomu, například paralogy a pseudogeny, se shodou 90 % nebo více. Váha 60 %.0 %
- Shared with chrYThe pseudoautosomal regions and the X-transposed region, where chrX and chrY carry the same or nearly the same sequence, so reads from either may land on the other. Váha 60 %.0 %
- Pokrytí referenčního genomuMezery v referenční sestavě v okolí, kde není sekvence, na kterou by se čtení mohla zarovnat. Váha 50 %.0 %
- RepeticeTandemové repetice a úseky jedné báze, na kterých čtení sklouzávají a které nemusí přesně pokrýt. Váha 30 %.4,5 %
- Obsah GCOkna s méně než 25 % nebo více než 65 % G a C, která příprava knihovny pokrývá slabě. Váha 20 %.0 %
Skóre Dante Labs z vlastního výzkumu, založené na mapách obtížně sekvenovatelných oblastí Genome in a Bottle od NIST.Jak se skóre počítáKaždý sloupec udává podíl bází exonů genu FAM107B v daném typu obtížné oblasti. Jeden typ může gen sám o sobě učinit obtížným a každý další přidá méně: 0, pokud žádná báze není v žádném typu, 100, pokud je každá báze tam, kde nelze čtení jednoznačně umístit.
Externí odkazy
Záznamy o genu
Transkript
Protein
Odkud to pochází
- HGNC: symbol genu, jeho název, další symboly a umístění.
- MANE Select v1.5 od NCBI a EMBL-EBI: transkript, jeho exony a kódující sekvence.
- Stratifikace genomu Genome in a Bottle od NIST: skóre obtížnosti sekvenování.
Citovat tuto stránku
Dante Labs. (b.d.). Gen FAM107B: family with sequence similarity 107 member B. Staženo 19. října 2026, z https://dantelabs.com/cs/genes/fam107b
Dante Labs. Gen FAM107B: family with sequence similarity 107 member B [Internet]. [citováno 19. října 2026]. Dostupné z: https://dantelabs.com/cs/genes/fam107b
Jeden test. Odpovědi na celý život.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů