Когато си направите кръвен тест, резултатът е като моментална снимка — точен за този момент, но без значение една година по-късно. Когато се секвенира целия ви геном, резултатът е постоянен. Последователността на вашата ДНК не се променя. Но науката, която я интерпретира, се променя — и именно това прави секвенирането на целия геном фундаментално различно от всеки друг медицински тест.
Данните ви са неизменни. Науката – не.
Всеки месец изследователи от цял свят публикуват нови открития, свързващи генетични варианти с заболявания, реакции към лекарства и здравословно състояние. Базата данни ClinVar — основният публичен архив на връзките между генетични варианти и заболявания — се обогатява с хиляди нови записи годишно. Темпото се ускорява, тъй като все по-големи набори от геномни данни стават достъпни за анализ на популационно ниво.
Това означава, че вариант във вашия геном, който днес е класифициран като „вариант с неясна значимост“ (VUS), може да бъде прекласифициран като патогенен през следващата година — когато се натрупат достатъчно доказателства от клинични проучвания. И обратно, вариант, който изглеждаше тревожен, може да бъде прекласифициран като по-малко опасен, след като станат достъпни повече данни за популацията.
Основният въпрос е: преанализира ли доставчикът на тестовете вашите данни, когато се извършват тези актуализации?
Защо повечето тестове са като замръзнали във времето
Тестовете за генотипиране за потребители — като тези, предлагани от 23andMe, AncestryDNA и подобни услуги — анализират предварително избран набор от генетични позиции върху чип. Докладът, който получавате, отразява това, което е било известно за тези конкретни позиции в деня, когато чипът е бил проектиран. Ако науката открие нещо ново за вариант, който не е бил на чипа, или прекласифицира вариант, който е бил, резултатите ви не се актуализират — защото основните данни са непълни.
Дори някои клинични тестове имат това ограничение. Целевите генни панели анализират само гените, включени в панела. Ако бъдещи изследвания установят клинично значим вариант в ген, който не е бил включен във вашия панел, ще ви е необходим нов тест, за да го откриете.
Как се извършва повторният анализ на целия геном
При секвенирането на целия геном се четат всички позиции във вашия геном — приблизително 6,4 милиарда базови двойки. Това означава, че файлът с вашите данни е пълен още от първия ден. Нищо не е пропуснато. Няма нужда да се събират допълнителни данни.
Когато бъдат публикувани и клинично потвърдени нови връзки между генетични варианти и заболявания, необработените данни от първоначалното Ви секвениране могат да бъдат анализирани отново в сравнение с актуализираните бази данни. Могат да бъдат открити нови клинично значими резултати, които не са били известни към момента на първоначалния Ви тест — без да е необходимо вземане на кръв, нов комплект или нов тест.
В Dante Labs този повторен анализ се извършва автоматично чрез платформата Genome Manager. Когато потвърдим нови връзки между варианти и заболявания чрез нашия процес на клинична проверка, вашите доклади се актуализират, за да отразят най-новите научни данни. Вие получавате известие за всякакви клинично значими промени.
Как изглежда това на практика
Нека разгледаме един реален пример: през годините, откакто ClinVar започна да проследява класификациите на вариантите, приблизително 7% от всички класифицирани варианти са били прекласифицирани поне веднъж с появата на нови доказателства. Някои VUS варианти бяха прекласифицирани като патогенни. Някои вероятно патогенни варианти бяха прекласифицирани като непатогенни. Тези прекласификации имат преки клинични последствия — те променят препоръките за скрининг, подходящите лекарства и кои членове на семейството трябва да бъдат тествани.
При наличие на пълен набор от данни за генома тези прекласификации се прилагат автоматично към вашите отчети. При непълен набор от данни — т.е. когато липсва секвениране на целия геном — това може да не се случи, било защото съответният вариант не е бил тестван, или защото доставчикът не предлага повторен анализ.
Икономическите аспекти на еднократното секвениране
Има и практическа гледна точка. Секвенирането на целия геном струва само част от цената, която беше преди пет години — и тенденцията към понижение продължава. Но изчисленията не се отнасят само до днешната цена. Става въпрос за общата стойност на генетичната информация през целия й жизнен цикъл.
Ако днес направите тест с определен набор от гени, а догодина – с друг такъв набор — защото клиничният ви въпрос се е променил или защото към набора са добавени нови гени — вие плащате два пъти за непълна картина на един и същ геном. Секвенирането на целия геном улавя всичко наведнъж. На всеки бъдещ въпрос се отговаря въз основа на същия набор от данни.
В крайна сметка
Вашият геном е единственият здравен тест, който става още по-ценен, след като го направите. Не защото ДНК-то ви се променя — то не се променя. А защото науката, която го анализира, непрекъснато напредва. Единственото условие е първоначалният ви тест да е заснел всичко. Именно това прави секвенирането на целия геном.
Научете повече за генетичния тест на Dante Labs →
Получавайте нови публикации от Dante Labs
Новини от областта на геномиката, актуализации на продукти и клинични перспективи — директно във вашата пощенска кутия.
