От неясни изображения до 4K ДНК: създаване на най-пълния геном за клетъчната линия RPE-1

Dante Omics AI, съвместно с Рокфелерския университет, лабораторията „Giunta Lab“ и мрежа от партньори по целия свят, създаде най-пълния и точен диплоиден референтен геном за клетъчната линия RPE-1 – един от най-широко използваните стандарти за сложни експерименти в областта на клетъчното инженерство.

Този важен напредък предоставя истински „изходен код“ на изследователи от цял свят, като разкрива по-задълбочени познания за структурната сложност, геномната стабилност и инженерството, базирано на CRISPR.

Защо това е важно

Серията RPE-1 е световен еталон в клетъчната биология, изследванията в областта на рака и редактирането на генома. Досега обаче геномът ѝ беше непълен, като ключови участъци оставаха неясни или липсваха.

Нашият нов код променя това:

► Диплоидна пълнота – както майчините, така и бащините хаплотипове са разграничени по хромозомите.► Изключително висока точност – > 99,9999% за множество хромозоми.► Пълно покритие на сложни области – вече са картирани центромери, повторения и ДНК с трудна структура.► Интеграция на различни платформи – данни от къси четения на Illumina, PacBio HiFi, дълги четения на Oxford Nanopore и допълнителни източници.► Отворен достъп – сглобката RPE1v1.1 вече е достъпна чрез NCBI и UCSC Genome Browser.

Постижение, постигнато в сътрудничество

Този проект стана възможен единствено благодарение на обединената експертиза на глобален консорциум, в който участват:

Университет „Рокфелер“Лаборатория „Джунта“Университет „Сапиенца“ в РимУниверситет на ТенесиНаучен парк „Триесте“Университет в Л’Акуила„Данте Омикс“ AI

Както обясни Андреа Рипосати, главен изпълнителен директор на Dante Omics AI: „Представете си да отстранявате грешки в софтуер, без да разполагате с части от изходния код. С тази реконструкция изследователите най-накрая разполагат с пълен и точен „изходен код“ за RPE-1 клетките – включително и най-сложните участъци, които преди това бяха невидими.“

Значение за науката и медицината

Нов стандарт в клетъчното инженерство: CRISPR и другите техники за редактиране вече разполагат с по-надежден еталон.По-задълбочено проучване на сложността на ДНК: центромерите и повтарящите се последователности, които преди бяха недостъпни, вече могат да бъдат изследвани.По-широко въздействие в различни области на научните изследвания: от онкологията до синтетичната биология, този геном повишава прецизността на експериментите по целия свят.Модел за бъдещи асемблирания: подходът може да бъде приложен и към други клетъчни линии и видове.

Заключение

От „размазано“ до 4K ДНК е повече от просто заглавие – това бележи повратна точка в геномните изследвания. Чрез съчетаването на мултиомика, ускорена от изкуствен интелект, с най-модерни технологии за секвениране, Dante Omics AI и нейните партньори създадоха най-ясния досега геномни модел за един от най-важните клетъчни модели в биологията.

➡ Прочетете прессъобщението в BusinessWire