Gen
TM4SF4
transmembrane 4 L six family member 4
- HGNC 11856↗(öppnas i en ny flik)
- Ensembl-gen ENSG00000169903↗(öppnas i en ny flik)
- NCBI Gene 7104↗(öppnas i en ny flik)
Sammanfattning
- Cytogenetisk position
- 3q25.1
- Koordinater
- Kromosom 3: 149 474 697–149 503 394 (GRCh38)
- Exoner
- 5 exoner på 28,7 kb
- Protein
- 202 aminosyror
- Även känd som
- il-TMP
- MANE Select-transkript
- ENST00000305354.5NM_004617.4
- Lokustyp
- Proteinkodande
- Mycket hög
- Säker
- Låg
- Mycket låg
Den här sidan som data
Lägg till .json i sidans adress, eller begär application/json, för att läsa den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/tm4sf4.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLäs TM4SF4, och resten av ditt genom, med ett test.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor
Beställ mitt Genome TestKuraterade rapporter som är relevanta för denna gen
Ingen Genome Test-rapport läser TM4SF4 ännu. Testet sekvenserar hela ditt genom, så dina data innehåller den ändå.
Så är TM4SF4 uppbyggd
- Kodande sekvens
- Otranslaterad region
- Intron
- Transkriptionsriktning
- Sträckor som korta läsningar har svårt för
Exoner i genens MANE Select-transkript (version v1.5), från NCBI och EMBL-EBI, på referensgenomet GRCh38.
Kromosombanden från UCSC:s GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Närliggande gener från Ensembl-version 116, på GRCh38.
Exoner utgör 1,5 kb av genens 28,7 kb, och 609 av dessa baser kodar för proteinet.
Sekvensering av TM4SF4
5Lätt
Hur svår TM4SF4 är att sekvensera med korta läsningar, av 100
0 · Lätt100 · Svår
Nästan alla exoner i TM4SF4 ligger där korta läsningar kartläggs tydligt.
Det som tillkommer: andelen av TM4SF4s exoner i varje typ av svår region
- KartläggbarhetSträckor där 100 eller 250 bp långa läsningar inte kan placeras entydigt, så ett anrop där kan saknas eller vara fel. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 100.0 %
- HomologiSegmentella duplikationer: kopior på andra ställen i genomet, till exempel paraloger och pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 60.0 %
- Delas med chrYDe pseudoautosomala regionerna och den X-transponerade regionen, där chrX och chrY bär samma eller nästan samma sekvens, så en läsning från den ena kan placeras på den andra. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 60.0 %
- ReferenstäckningLuckor i den närliggande referensassemblyn, där det inte finns någon sekvens för läsningarna att anpassas mot. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 50.0 %
- RepetitionerTandemrepetitioner och serier av en och samma bas, där läsningar glider och som kanske inte spänns över. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 30.5,8 %
- GC-innehållFönster med under 25 % eller över 65 % G och C, som biblioteksberedningen täcker glest. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 20.17 %
Ett Dante Labs-poäng från egen forskning, baserat på NIST:s Genome in a Bottle-kartor över svårsekvenserade regioner.Så poängsätts detVarje stapel är andelen av TM4SF4s exonbaser i den typen av svår region. Varje enskild typ kan göra en gen svår på egen hand, och varje ytterligare typ lägger till mindre: 0 när ingen bas ligger i någon, 100 när varje bas ligger där läsningar inte kan placeras entydigt.
Externa länkar
Genposter
Transkript
Protein
Varifrån detta kommer
- HGNC: genens symbol, namn, andra symboler och position.
- MANE Select v1.5, från NCBI och EMBL-EBI: transkriptet, dess exoner och kodande sekvens.
- Genome in a Bottle-stratifieringarna från NIST: poängen för sekvenseringssvårighet.
Citera den här sidan
Dante Labs. (u.å.). TM4SF4-genen: transmembrane 4 L six family member 4. Hämtad 19 oktober 2026, från https://dantelabs.com/sv/genes/tm4sf4
Dante Labs. TM4SF4-genen: transmembrane 4 L six family member 4 [Internet]. [citerad 19 oktober 2026]. Tillgänglig på: https://dantelabs.com/sv/genes/tm4sf4
Ett test. Ett helt liv av svar.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor