Gen
PCA3
prostate cancer associated 3
- HGNC 8637↗(öppnas i en ny flik)
- Ensembl-gen ENSG00000225937↗(öppnas i en ny flik)
- NCBI Gene 50652↗(öppnas i en ny flik)
Sammanfattning
- Cytogenetisk position
- 9q21.2
- Koordinater
- Kromosom 9: 76 764 438–76 787 569 (GRCh38)
- Exoner
- 4 exoner på 23,1 kb
- Även känd som
- DD3, NCRNA00019, PCAT3, PRUNE2-AS1
- MANE Select-transkript
- ENST00000412654.2NR_132312.2
- Lokustyp
- Långt icke-kodande RNA (lncRNA)
Share this page
Den här sidan som data
Lägg till .json i sidans adress, eller begär application/json, för att läsa den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/pca3.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLäs PCA3, och resten av ditt genom, med ett test.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor
Beställ mitt Genome TestKuraterade rapporter som är relevanta för denna gen
Ingen Genome Test-rapport läser PCA3 ännu. Testet sekvenserar hela ditt genom, så dina data innehåller den ändå.
Så är PCA3 uppbyggd
- Otranslaterad region
- Intron
- Transkriptionsriktning
- Sträckor som korta läsningar har svårt för
Exoner i genens MANE Select-transkript (version v1.5), från NCBI och EMBL-EBI, på referensgenomet GRCh38.
Kromosombanden från UCSC:s GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Närliggande gener från Ensembl-version 116, på GRCh38.
Exoner utgör 3,9 kb av genens 23,1 kb.
Sekvensering av PCA3
3Lätt
Hur svår PCA3 är att sekvensera med korta läsningar, av 100
0 · Lätt100 · Svår
Nästan alla exoner i PCA3 ligger där korta läsningar kartläggs tydligt.
Det som tillkommer: andelen av PCA3s exoner i varje typ av svår region
- KartläggbarhetSträckor där 100 eller 250 bp långa läsningar inte kan placeras entydigt, så ett anrop där kan saknas eller vara fel. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 100.0 %
- HomologiSegmentella duplikationer: kopior på andra ställen i genomet, till exempel paraloger och pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 60.0 %
- Delas med chrYDe pseudoautosomala regionerna och den X-transponerade regionen, där chrX och chrY bär samma eller nästan samma sekvens, så en läsning från den ena kan placeras på den andra. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 60.0 %
- ReferenstäckningLuckor i den närliggande referensassemblyn, där det inte finns någon sekvens för läsningarna att anpassas mot. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 50.0 %
- RepetitionerTandemrepetitioner och serier av en och samma bas, där läsningar glider och som kanske inte spänns över. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 30.6,8 %
- GC-innehållFönster med under 25 % eller över 65 % G och C, som biblioteksberedningen täcker glest. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 20.5,7 %
Ett Dante Labs-poäng från egen forskning, baserat på NIST:s Genome in a Bottle-kartor över svårsekvenserade regioner.Så poängsätts detVarje stapel är andelen av PCA3s exonbaser i den typen av svår region. Varje enskild typ kan göra en gen svår på egen hand, och varje ytterligare typ lägger till mindre: 0 när ingen bas ligger i någon, 100 när varje bas ligger där läsningar inte kan placeras entydigt.
Externa länkar
Genposter
Transkript
Varifrån detta kommer
- HGNC: genens symbol, namn, andra symboler och position.
- MANE Select v1.5, från NCBI och EMBL-EBI: transkriptet, dess exoner och kodande sekvens.
- Genome in a Bottle-stratifieringarna från NIST: poängen för sekvenseringssvårighet.
Citera den här sidan
Dante Labs. (u.å.). PCA3-genen: prostate cancer associated 3. Hämtad 21 oktober 2026, från https://dantelabs.com/sv/genes/pca3
Dante Labs. PCA3-genen: prostate cancer associated 3 [Internet]. [citerad 21 oktober 2026]. Tillgänglig på: https://dantelabs.com/sv/genes/pca3
Ett test. Ett helt liv av svar.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor