Genă
SHISAL2B
shisa like 2B
- HGNC 34236↗(se deschide într-un tab nou)
- Genă Ensembl ENSG00000145642↗(se deschide într-un tab nou)
- NCBI Gene 100132916↗(se deschide într-un tab nou)
Rezumat
- Localizare citogenetică
- 5q12.3
- Coordonate
- Cromozomul 5: 64.690.503–64.718.190 (GRCh38)
- Exoni
- 3 de exoni pe 27,7 kb
- Proteină
- 160 de aminoacizi
- Simboluri anterioare
- FAM159B
- Transcriptul MANE Select
- ENST00000389074.6NM_001164442.2
- Tip de locus
- Care codifică proteine
- Foarte ridicată
- Ridicată
- Scăzută
- Foarte scăzută
Această pagină ca date
Adăugați .json la adresa paginii sau solicitați application/json pentru a o citi ca JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/shisal2b.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameCitiți SHISAL2B și restul genomului dumneavoastră cu un singur test.
De la 449 $Livrare gratuită · Rezultate în 6–8 săptămâni
Comandați Genome Test-ul meuRapoarte curatoriate relevante pentru această genă
Niciun raport Genome Test nu citește încă SHISAL2B. Testul secvențiază întregul dumneavoastră genom, deci datele dumneavoastră includ totuși și această genă.
Structura genei SHISAL2B
- Secvență codificatoare
- Regiune netranslată
- Intron
- Sensul transcripției
- Regiuni pe care citirile scurte le găsesc dificile
Exonii transcriptului MANE Select al genei (versiunea v1.5), din NCBI și EMBL-EBI, pe genomul de referință GRCh38.
Benzile cromozomale din ideograma GRCh38 a UCSC (2022-10-29).
Genele din apropiere, din Ensembl, versiunea 116, pe GRCh38.
Exonii reprezintă 0,8 kb din cei 27,7 kb ai genei; 483 dintre aceste baze codifică proteina.
Secvenţiere SHISAL2B
4Uşor
Cât de dificil este de secvenţiat SHISAL2B cu citiri scurte, din 100
0 · Uşor100 · Dificil
Aproape toţi exonii genei SHISAL2B se află în zone unde citirile scurte se aliniază curat.
Ce se adaugă: ponderea exonilor genei SHISAL2B din fiecare tip de regiune dificilă
- MapabilitatePorţiuni în care citirile de 100 sau 250 bp nu pot fi plasate unic, astfel încât o apelare acolo poate lipsi sau fi greşită. Pondere 35 %.0 %
- OmologieDuplicări segmentare: copii în alte zone ale genomului, cum sunt paralogii şi pseudogenele, cu identitate de 90% sau mai mare. Pondere 30 %.0 %
- RepetiţiiRepetiţii în tandem şi secvenţe de o singură bază, pe care citirile alunecă şi pe care s-ar putea să nu le acopere integral. Pondere 15 %.0 %
- Conţinut GCFerestre cu sub 25% sau peste 65% G şi C, pe care pregătirea bibliotecii le acoperă slab. Pondere 10 %.40 %
- Acoperire de referinţăGoluri în asamblarea de referinţă din apropiere, unde nu există secvenţă la care citirile să se alinieze. Pondere 10 %.0 %
Un scor Dante Labs din cercetarea noastră proprie, construit pe hărţile Genome in a Bottle ale NIST pentru regiunile greu de secvenţiat.Cum se calculează scorulFiecare bară reprezintă proporţia bazelor din exonii genei SHISAL2B aflate în acel tip de regiune dificilă. Oricare tip poate face singur o genă dificilă, iar fiecare tip suplimentar adaugă mai puţin: 0 când nicio bază nu se află în niciunul, 100 când fiecare bază se află acolo unde citirile nu pot fi plasate unic.
Legături externe
Înregistrări ale genei
Transcript
Proteină
De unde provin aceste date
- HGNC: simbolul genei, denumirea, celelalte simboluri și localizarea.
- MANE Select v1.5, de la NCBI și EMBL-EBI: transcriptul, exonii și secvența codificatoare.
- Stratificările genomului Genome in a Bottle, de la NIST: scorul de dificultate a secvențierii.
Citează această pagină
Dante Labs. (s.a.). Gena SHISAL2B: shisa like 2B. Accesat 18 octombrie 2026, de la https://dantelabs.com/ro/genes/shisal2b
Dante Labs. Gena SHISAL2B: shisa like 2B [Internet]. [citat 18 octombrie 2026]. Disponibil la: https://dantelabs.com/ro/genes/shisal2b
Un test. Răspunsuri pentru o viață.
De la 449 $Livrare gratuită · Rezultate în 6–8 săptămâni