Genă
HABP4
hyaluronan binding protein 4
- HGNC 17062↗(se deschide într-un tab nou)
- Genă Ensembl ENSG00000130956↗(se deschide într-un tab nou)
- NCBI Gene 22927↗(se deschide într-un tab nou)
Rezumat
- Localizare citogenetică
- 9q22.32
- Coordonate
- Cromozomul 9: 96.450.169–96.491.336 (GRCh38)
- Exoni
- 8 de exoni pe 41,2 kb
- Proteină
- 413 de aminoacizi
- Denumiri alternative
- IHABP4, SERBP1L
- Transcriptul MANE Select
- ENST00000375249.5NM_014282.4
- Tip de locus
- Care codifică proteine
- Foarte ridicată
- Ridicată
- Scăzută
- Foarte scăzută
Această pagină ca date
Adăugați .json la adresa paginii sau solicitați application/json pentru a o citi ca JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/habp4.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameCitiți HABP4 și restul genomului dumneavoastră cu un singur test.
De la 449 $Livrare gratuită · Rezultate în 6–8 săptămâni
Comandați Genome Test-ul meuRapoarte curatoriate relevante pentru această genă
Niciun raport Genome Test nu citește încă HABP4. Testul secvențiază întregul dumneavoastră genom, deci datele dumneavoastră includ totuși și această genă.
Structura genei HABP4
- Secvență codificatoare
- Regiune netranslată
- Intron
- Sensul transcripției
- Regiuni pe care citirile scurte le găsesc dificile
Exonii transcriptului MANE Select al genei (versiunea v1.5), din NCBI și EMBL-EBI, pe genomul de referință GRCh38.
Benzile cromozomale din ideograma GRCh38 a UCSC (2022-10-29).
Genele din apropiere, din Ensembl, versiunea 116, pe GRCh38.
Exonii reprezintă 2,7 kb din cei 41,2 kb ai genei; 1.242 dintre aceste baze codifică proteina.
Secvenţiere HABP4
2Uşor
Cât de dificil este de secvenţiat HABP4 cu citiri scurte, din 100
0 · Uşor100 · Dificil
Aproape toţi exonii genei HABP4 se află în zone unde citirile scurte se aliniază curat.
Ce se adaugă: ponderea exonilor genei HABP4 din fiecare tip de regiune dificilă
- MapabilitatePorţiuni în care citirile de 100 sau 250 bp nu pot fi plasate unic, astfel încât o apelare acolo poate lipsi sau fi greşită. Pondere 35 %.0 %
- OmologieDuplicări segmentare: copii în alte zone ale genomului, cum sunt paralogii şi pseudogenele, cu identitate de 90% sau mai mare. Pondere 30 %.0 %
- RepetiţiiRepetiţii în tandem şi secvenţe de o singură bază, pe care citirile alunecă şi pe care s-ar putea să nu le acopere integral. Pondere 15 %.4,5 %
- Conţinut GCFerestre cu sub 25% sau peste 65% G şi C, pe care pregătirea bibliotecii le acoperă slab. Pondere 10 %.17 %
- Acoperire de referinţăGoluri în asamblarea de referinţă din apropiere, unde nu există secvenţă la care citirile să se alinieze. Pondere 10 %.0 %
Un scor Dante Labs din cercetarea noastră proprie, construit pe hărţile Genome in a Bottle ale NIST pentru regiunile greu de secvenţiat.Cum se calculează scorulFiecare bară reprezintă proporţia bazelor din exonii genei HABP4 aflate în acel tip de regiune dificilă. Oricare tip poate face singur o genă dificilă, iar fiecare tip suplimentar adaugă mai puţin: 0 când nicio bază nu se află în niciunul, 100 când fiecare bază se află acolo unde citirile nu pot fi plasate unic.
Legături externe
Înregistrări ale genei
Transcript
Proteină
De unde provin aceste date
- HGNC: simbolul genei, denumirea, celelalte simboluri și localizarea.
- MANE Select v1.5, de la NCBI și EMBL-EBI: transcriptul, exonii și secvența codificatoare.
- Stratificările genomului Genome in a Bottle, de la NIST: scorul de dificultate a secvențierii.
Citează această pagină
Dante Labs. (s.a.). Gena HABP4: hyaluronan binding protein 4. Accesat 18 octombrie 2026, de la https://dantelabs.com/ro/genes/habp4
Dante Labs. Gena HABP4: hyaluronan binding protein 4 [Internet]. [citat 18 octombrie 2026]. Disponibil la: https://dantelabs.com/ro/genes/habp4
Un test. Răspunsuri pentru o viață.
De la 449 $Livrare gratuită · Rezultate în 6–8 săptămâni