Gen PMS2 — Zespół Lyncha wywołany przez gen PMS2 charakteryzuje się mniejszą penetracją nowotworową niż w przypadku genów MLH1 lub MSH2, jednak obecność pseudogenu PMS2CL sprawia, że standardowe badania genetyczne są niewiarygodne, a sekwencjonowanie całego genomu (WGS) pozwala na dokładniejszą ocenę.
Sekwencjonowanie całego genomu pozwala na ocenę genu PMS2 z większą dokładnością niż badania panelowe dzięki analizie złożonego regionu pseudogenów PMS2/PMS2CL — co pozwala odróżnić prawdziwe warianty patogeniczne od sekwencji pseudogenów.
Gen PMS2 — zespół Lyncha
Gen PMS2 (chromosom 7p22.1) koduje białko odpowiedzialne za naprawę niedopasowań DNA. Patogeniczne warianty genu PMS2 powodują zespół Lyncha o niższej penetracji niż MLH1/MSH2 — około 15–20% ryzyka zachorowania na raka jelita grubego w ciągu całego życia i 15% ryzyka raka endometrium (w porównaniu z 50–80% ryzykiem raka jelita grubego w przypadku MLH1/MSH2). Pomimo niższej penetracji zespół Lyncha związany z PMS2 nadal wiąże się z klinicznie istotnym ryzykiem nowotworowym, wymagającym wzmożonej obserwacji.
W przypadku genu PMS2 występuje szczególne wyzwanie diagnostyczne — pseudogen PMS2CL wykazuje ponad 98-procentową identyczność sekwencji z eksonami 1–5 genu PMS2, co powoduje błędną klasyfikację wariantów w standardowych panelach sekwencjonowania nowej generacji. Warianty występujące w pseudogenie mogą być błędnie rozpoznawane jako warianty patogeniczne genu PMS2 (wyniki fałszywie dodatnie), lub też prawdziwe warianty genu PMS2 mogą zostać pominięte jako artefakty pseudogenu (wyniki fałszywie ujemne). Długodystansowa PCR, amplifikacja specyficzna dla genu lub podejścia oparte na całym genomie poprawiają dokładność.
Postępowanie w przypadku mutacji PMS2-Lynch obejmuje wykonywanie kolonoskopii co 1–2 lata w wieku od 25 do 30 lat (później niż w przypadku MLH1/MSH2 ze względu na mniejszą penetrancję), monitorowanie raka endometrium u kobiet będących nosicielkami oraz rozważenie profilaktyki chemicznej z użyciem aspiryny. Immunoterapia nowotworów związanych z niedoborem PMS2 jest wysoce skuteczna — guzy o wysokim poziomie MSI/dMMR wykazują znaczną odpowiedź na pembrolizumab niezależnie od tego, który gen MMR jest niedoborowy.
Pseudogen PMS2CL utrudnia przeprowadzenie standardowych badań genetycznych. Warianty są często błędnie klasyfikowane. Jeśli w badaniach panelowych uzyskano wyniki „VUS” lub „patogeniczne” dla genu PMS2, zaleca się potwierdzenie wyników za pomocą sekwencjonowania całego genomu (WGS).
PMS2 jest genem Lyncha, którego dokładne zbadanie jest najtrudniejsze ze względu na obecność pseudogenu. Sekwencjonowanie całego genomu (WGS) zapewnia lepszą ocenę dzięki uwzględnieniu pełnego kontekstu genomowego, co ogranicza liczbę wyników fałszywie dodatnich i ujemnych spowodowanych zakłóceniami wynikającymi z obecności pseudogenu.
Interferencja pseudogenów powoduje fałszywie dodatnie i fałszywie ujemne wyniki testu PMS2 — sekwencjonowanie całego genomu (WGS) pozwala wyjaśnić tę niejasność
Standardowe panele NGS często błędnie przypisują warianty genów PMS2 i PMS2CL. Pacjent, u którego stwierdzono obecność patogennego wariantu genu PMS2, może w rzeczywistości mieć łagodny wariant pseudogenu (wynik fałszywie dodatni → niepotrzebna obserwacja). Z drugiej strony prawdziwy wariant genu PMS2 może zostać odfiltrowany jako szum pseudogenu (wynik fałszywie ujemny → pominięcie diagnozy zespołu Lyncha). Sekwencjonowanie całego genomu (WGS) uwzględnia pełny kontekst genomowy, zwiększając dokładność przypisywania wariantów.
Nowotwory związane z zespołem PMS2-Lynch reagują na immunoterapię — status dMMR umożliwia stosowanie pembrolizumabu niezależnie od konkretnego genu MMR
Nowotwory z niedoborem PMS2 charakteryzują się wysokim poziomem MSI i reagują na inhibitory punktów kontrolnych układu odpornościowego. Pembrolizumab został zatwierdzony przez FDA do stosowania we wszystkich nowotworach o wysokim poziomie MSI i defekcie dMMR, niezależnie od tkanki pochodzenia. Potwierdzenie statusu genetycznego PMS2 pozwala zidentyfikować mechanizm molekularny leżący u podstaw wysokiego poziomu MSI i stanowi punkt wyjścia do przeprowadzenia kaskadowych badań genetycznych w rodzinie.
Cały Twój genom (a nie tylko jego fragment)
Tradycyjne badania genetyczne ograniczają się do niewielkich zestawów genów, pomijając większość genomu. My sekwencjonujemy cały genom — każdy gen i każdy region między genami.
Kompleksowe analizy i specjalistyczne raporty
Przejrzysta i zawierająca wskazówki, na podstawie których Ty i Twój lekarz możecie podjąć odpowiednie działania. To nie jest dokument wymagający interpretacji — ponad 200 raportów klinicznych, uporządkowanych według kategorii.
Z roku na rok Twoje badanie zyskuje na wartości
Twoje DNA pozostaje niezmienne, ale nauka o genomie rozwija się w zawrotnym tempie. Co miesiąc odkrywane są nowe powiązania między wariantami genetycznymi a chorobami. Weryfikujemy te wyniki i automatycznie aktualizujemy Twoje raporty. Twoje badanie z roku na rok zyskuje na wartości.
Wyniki, które lekarze osiągają w najtrudniejszych przypadkach.
Czterdzieści lat niepewności. Jeden test.
Pacjent spędził dziesiątki lat w brytyjskiej służbie zdrowia bez postawionej diagnozy. Dane z serwisu Dante, przyjęte przez zespoły kliniczne NHS w Queen Elizabeth University Hospital w Glasgow, pozwoliły zidentyfikować zespół Noonana oraz wariant genu RUNX1 związany z białaczką, który dotychczas pozostawał niewykryty. Po 40 latach w końcu otrzymali odpowiedź.
Pełna lektura pozwala uzyskać pełny obraz sytuacji.
Pacjent zgłosił się do Dante w celu zbadania przypadków okresowego porażenia. Analiza całego genomu pozwoliła wykryć współistniejące dziedziczne schorzenie serca – zespół Brugady – co lekarz potwierdził za pomocą EKG. Wynik ten wyjaśnił również niejasną historię chorób serca u jednego z członków rodziny. Jedno badanie. Wszystkie odpowiedzi w jednym miejscu.
Sekwencjonowanie przeprowadzono w 2019 roku. Dane przetworzono w 2021 roku.
Jennifer zleciła sekwencjonowanie swojego genomu w firmie Dante dwa lata przed rozpoznaniem raka piersi. Kiedy rozpoczęto leczenie, dane farmakogenomiczne firmy Dante wykazały, że przepisana jej chemioterapia spowoduje poważne skutki uboczne. Jej lekarz wybrał alternatywne rozwiązanie — dzięki czemu mogła rozpocząć skuteczne leczenie już od pierwszego dnia.
Każde pytanie dotyczące genetyki zasługuje na wyczerpującą odpowiedź.
Niezależnie od tego, czy szukasz odpowiedzi już dziś, czy też chcesz zadbać o swoje zdrowie na przyszłość, kompletny zapis całego genomu to jedyny punkt wyjścia.
To rodzinne. Teraz możesz sprawdzić, czy masz to w genach.
Twój genom zawiera odziedziczone warianty związane z chorobami, takimi jak schorzenia serca, nowotwory i choroby neurologiczne. Analizujemy je wszystkie — z uwzględnieniem aspektów klinicznych, aby nadać wynikom odpowiedni kontekst.
Dowiedz się więcej →Kiedy wyniki standardowych badań laboratoryjnych wskazują, że wszystko jest w porządku, a Ty wiesz, że tak nie jest.
Standardowe testy diagnostyczne sprawdzają z góry określony zestaw wyników. My sekwencjonujemy cały Twój genom — w tym fragmenty, których żaden test nie został zaprojektowany do badania. Jeśli odpowiedź znajduje się w Twoim genomie, pomożemy Ci ją znaleźć.
Dowiedz się więcej →Twoja diagnoza może być słuszna. Twój plan leczenia może być niekompletny.
To Twoje geny decydują o tym, które metody leczenia mają największe szanse powodzenia, a które nie. Dostarczamy Twojemu lekarzowi narzędzia i informacje niezbędne do opracowania planu leczenia.
Dowiedz się więcej →Chcesz to wiedzieć, zanim coś zmusi cię do zadania tego pytania.
Niektórzy nie czekają na diagnozę ani na wyniki badań dotyczących historii chorób w rodzinie, aby podjąć działania. Sekwencjonowanie całego genomu pozwala uzyskać pełny obraz genetyczny już teraz — dzięki czemu Ty i Twój lekarz możecie podjąć świadomą decyzję, zanim sytuacja stanie się pilna.
Dowiedz się więcej →Zrobiłeś już test DNA. Oto, czego nie udało mu się ustalić.
Większość testów DNA dostępnych na rynku analizuje mniej niż 0,1% Twojego genomu. My analizujemy go w całości.
Dowiedz się więcej →Wyniki na poziomie klinicznym. Wybierane przez pacjentów, cieszące się zaufaniem lekarzy w najbardziej skomplikowanych przypadkach.
Test Dante Genome pomógł specjalistom z brytyjskiego szpitala ostrych przypadków w rozpoznaniu zespołu Noonana oraz rzadkiego wariantu genetycznego związanego z białaczką, który wcześniej pozostawał niewykryty. Wynik ten wpłynął na zmianę sposobu leczenia pacjenta.
Akredytowane przez i opublikowane w
Najczęściej zadawane pytania dotyczące sekwencjonowania całego genomu.
Jaka jest różnica między sekwencjonowaniem całego genomu a ukierunkowanym badaniem genetycznym?
Ukierunkowane badania genetyczne — w tym standardowe panele nowotworów dziedzicznych — analizują z góry określoną listę znanych wariantów w konkretnym zestawie genów. Są one zaprojektowane tak, aby wykrywać to, czego już się szuka. Sekwencjonowanie całego genomu obejmuje cały genom: wszystkie 6 miliardów par zasad, każdy gen oraz każdy odcinek między genami. Badanie Mayo Clinic opublikowane w czasopiśmie JAMA Oncology wykazało, że standardowe wytyczne dotyczące badań pomijały ponad połowę pacjentów z dziedzicznymi mutacjami nowotworowymi. Test genomowy nie posiada ustalonej listy.
Co otrzymam, gdy wyniki będą gotowe?
Usługa Dante Genome zapewnia ponad 200 gotowych do wykorzystania przez lekarzy raportów pogrupowanych według kategorii klinicznych — nowotwory dziedziczne, choroby serca, choroby rzadkie, farmakogenomika, status nosicielstwa i inne. Raporty są przesyłane do Twojego bezpiecznego konta Genome Manager i mają format umożliwiający bezpośrednie wykorzystanie w praktyce klinicznej. Twoje dane genomowe są przechowywane na stałe i automatycznie poddawane ponownej analizie w miarę postępu nauki.
Co się stanie, jeśli wykryje się wariant o znaczeniu klinicznym?
W przypadku wykrycia wariantu patogennego lub potencjalnie patogennego zostanie on wyraźnie zaznaczony w raporcie przeznaczonym dla lekarza, zawierającym kontekst kliniczny, opublikowane dane naukowe oraz zalecane dalsze działania. Zalecamy przekazanie wszelkich istotnych klinicznie wyników lekarzowi lub doradcy genetycznemu, którzy mogą pomóc w podjęciu decyzji dotyczących monitorowania, ograniczania ryzyka lub badań kaskadowych u członków rodziny.
Czym różni się to od testów DNA dla konsumentów, takich jak 23andMe czy AncestryDNA?
W testach DNA dla konsumentów wykorzystuje się chipy do genotypowania, które odczytują mniej niż 0,1% genomu – niewielki, wstępnie wybrany zestaw powszechnych wariantów. Są one zoptymalizowane pod kątem pochodzenia i cech populacyjnych, a nie klinicznych wyników genetycznych. Test Dante Genome sekwencjonuje 100% genomu pacjenta z 30-krotnym pokryciem, co stanowi ten sam standard, jaki stosuje się w diagnostyce klinicznej. Oba testy nie są porównywalne pod względem zakresu, metodologii ani przydatności klinicznej.
Jak długo trzeba czekać na wyniki i w jaki sposób są one przekazywane?
Zestaw do pobrania próbek zostanie wysłany w ciągu 48 godzin od złożenia zamówienia. Po dostarczeniu próbki do naszego laboratorium posiadającego certyfikat CLIA sekwencjonowanie i analiza trwają od 6 do 8 tygodni. Wyniki są bezpiecznie przekazywane do Twojego konta Genome Manager, gdzie możesz przeglądać raporty, udostępniać je swojemu lekarzowi oraz otrzymywać automatyczne powiadomienia o nowych odkryciach, które zostały zweryfikowane w odniesieniu do Twojego genomu.
Współpracujemy z organizacjami wspierającymi pacjentów na całym świecie.
Dante Labs współpracuje z grupami wsparcia pacjentów każdej wielkości — zajmującymi się genem PMS2 — zespołem Lyncha oraz innymi schorzeniami, zarówno rzadkimi, jak i powszechnymi. Wspieramy grupy w każdym kraju, w tym wirtualne grupy wsparcia pacjentów.
Oferujemy spersonalizowane raporty, zniżki grupowe oraz pakiety dostosowane do potrzeb Państwa członków. Prosimy o kontakt za pośrednictwem formularza, a my odezwiemy się w ciągu dwóch dni roboczych.
- Indywidualne raporty genomowe dla Państwa członków
- Zniżki grupowe i pakiety dostosowane do indywidualnych potrzeb
- Każdy kraj — w tym grupy wirtualne
- Obejmuje zarówno rzadkie, jak i powszechne schorzenia
Otrzymałem wiadomość.
Skontaktujemy się z Państwem w ciągu 2 dni roboczych. Aby skontaktować się z nami bezpośrednio: hello@dantelabs.com
Jeden test.
Odpowiedzi na całe życie.
Jeden zestaw, dostarczony prosto do Twojego domu. Sekwencjonowanie całego genomu zgodnie ze standardami klinicznymi stosowanymi przy podejmowaniu decyzji diagnostycznych. Ponad 200 raportów gotowych do wykorzystania przez lekarzy, dostarczanych do Twojego menedżera genomu w ciągu 6–8 tygodni — na stałe i aktualizowanych wraz z postępem nauki.
Wysyłka w ciągu 48 godzin · Wyniki w ciągu 6–8 tygodni
