Gen
TSNARE1
t-SNARE domain containing 1
- HGNC 26437↗(åpnes i ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000171045↗(åpnes i ny fane)
- NCBI Gene 203062↗(åpnes i ny fane)
Sammendrag
- Cytogenetisk plassering
- 8q24.3
- Koordinater
- Kromosom 8: 142 212 080–142 403 182 (GRCh38)
- Eksoner
- 14 eksoner over 191,1 kb
- Protein
- 513 aminosyrer
- Også kjent som
- FLJ31164
- MANE Select-transkripsjon
- ENST00000524325.6NM_145003.5
- Lokustype
- Proteinkodende
- Svært høy
- Sikker
- Lav
- Svært lav
Denne siden som data
Legg til .json etter adressen til siden, eller be om application/json, for å lese den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/tsnare1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLes TSNARE1 og resten av genomet ditt med én test.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker
Få mitt Genome TestKuraterte rapporter som er relevante for dette genet
Ingen Genome Test-rapport leser TSNARE1 ennå. Testen sekvenserer hele genomet ditt, så dataene dine inkluderer det likevel.
Slik er TSNARE1 bygget opp
- Kodende sekvens
- Utranslatert region
- Intron
- Transkripsjonsretning
- Områder som korte avlesninger sliter med
Eksoner i genets MANE Select-transkripsjon (utgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referansegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSCs GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheten fra Ensembl-utgave 116, på GRCh38.
Eksonene utgjør 1,9 kb av genets 191,1 kb, og 1 542 av disse basene koder for proteinet.
Sekvensering av TSNARE1
15Moderat
Hvor vanskelig TSNARE1 er å sekvensere med korte leser, av 100
0 · Lett100 · Vanskelig
Noen av eksonene til TSNARE1 ligger der korte leser kan overse eller feilplassere en endring.
Det som bidrar: andelen av eksonene til TSNARE1 i hver type vanskelig område
- KartleggbarhetStrekninger der 100 eller 250 bp lange leser ikke kan plasseres entydig, slik at en påvisning der kan mangle eller være feil. Vekt 100 %.0 %
- HomologiSegmentelle duplikasjoner: kopier andre steder i genomet, som paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vekt 60 %.0 %
- Shared with chrYThe pseudoautosomal regions and the X-transposed region, where chrX and chrY carry the same or nearly the same sequence, so reads from either may land on the other. Vekt 60 %.0 %
- ReferansedekningHull i den nærliggende referanseassembleringen, der det ikke finnes sekvens for leser å justere mot. Vekt 50 %.0 %
- RepetisjonerTandemrepetisjoner og serier av én base, som leser kan glippe på og kanskje ikke spenner over. Vekt 30 %.7,4 %
- GC-innholdVinduer med under 25 % eller over 65 % G og C, som bibliotekforberedelsen dekker tynt. Vekt 20 %.67 %
En Dante Labs-score basert på egen forskning, bygget på NISTs Genome in a Bottle-kart over vanskelig sekvenserbare områder.Slik beregnes poengsummenHver søyle er andelen av eksonbaser i TSNARE1 i den typen vanskelig område. Én type kan i seg selv gjøre et gen vanskelig, og hver ekstra type bidrar mindre: 0 når ingen baser er i noen, 100 når alle baser ligger der leser ikke kan plasseres entydig.
Eksterne lenker
Genposter
Transkripsjon
Protein
Her kommer dette fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og plassering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, eksonene og den kodende sekvensen.
- Genome in a Bottle-stratifiseringene for genom, fra NIST: poengsummen for sekvenseringsvanskelighet.
Siter denne siden
Dante Labs. (u.d.). TSNARE1-genet: t-SNARE domain containing 1. Hentet 19. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/no/genes/tsnare1
Dante Labs. TSNARE1-genet: t-SNARE domain containing 1 [Internett]. [sitert 19. oktober 2026]. Tilgjengelig fra: https://dantelabs.com/no/genes/tsnare1
Én test. En livstid med svar.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker