Gen
HOXA5
homeobox A5
- HGNC 5106↗(åpnes i ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000106004↗(åpnes i ny fane)
- NCBI Gene 3202↗(åpnes i ny fane)
Sammendrag
- Cytogenetisk plassering
- 7p15.2
- Koordinater
- Kromosom 7: 27 141 052–27 143 681 (GRCh38)
- Eksoner
- 2 eksoner over 2,6 kb
- Protein
- 270 aminosyrer
- Tidligere symboler
- HOX1C, HOX1
- MANE Select-transkripsjon
- ENST00000222726.4NM_019102.4
- Lokustype
- Proteinkodende
- Svært høy
- Sikker
- Lav
- Svært lav
Denne siden som data
Legg til .json etter adressen til siden, eller be om application/json, for å lese den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/hoxa5.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLes HOXA5 og resten av genomet ditt med én test.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker
Få mitt Genome TestKuraterte rapporter som er relevante for dette genet
Ingen Genome Test-rapport leser HOXA5 ennå. Testen sekvenserer hele genomet ditt, så dataene dine inkluderer det likevel.
Slik er HOXA5 bygget opp
- Kodende sekvens
- Utranslatert region
- Intron
- Transkripsjonsretning
Eksoner i genets MANE Select-transkripsjon (utgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referansegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSCs GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheten fra Ensembl-utgave 116, på GRCh38.
Eksonene utgjør 1,7 kb av genets 2,6 kb, og 813 av disse basene koder for proteinet.
Sekvensering av HOXA5
5Lav
Hvor vanskelig HOXA5 er å sekvensere med korte leser, av 100Hver stolpe er andelen av HOXA5s eksonbaser i den typen vanskelige regioner. Poengsummen vekter dem etter hvor mye hver enkelt koster for et kortlest-kall: 0 når ingen base er i noen, 100 når hver base er i alle.
- KartleggbarhetStrekninger der 100 eller 250 bp lange leser ikke kan plasseres entydig, så et kall der kan mangle eller være feil. Vekt 35 %.0 %
- HomologiSegmentelle duplikasjoner: kopier andre steder i genomet, som paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vekt 30 %.0 %
- RepetisjonerTandemrepetisjoner og serier av én base, som leser glir på og kanskje ikke spenner over. Vekt 15 %.13 %
- GC-innholdVinduer under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksforberedelsen dekker tynt. Vekt 10 %.27 %
- ReferansedekningHull i referansesammenstillingen i nærheten, der det ikke finnes noen sekvens som leser kan justeres mot. Vekt 10 %.0 %
Eksterne lenker
Genposter
Transkripsjon
Protein
Her kommer dette fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og plassering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, eksonene og den kodende sekvensen.
- Genome in a Bottle-stratifiseringene for genom, fra NIST: poengsummen for sekvenseringsvanskelighet.
Siter denne siden
Dante Labs. (u.d.). HOXA5-genet: homeobox A5. Hentet 18. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/no/genes/hoxa5
Dante Labs. HOXA5-genet: homeobox A5 [Internett]. [sitert 18. oktober 2026]. Tilgjengelig fra: https://dantelabs.com/no/genes/hoxa5
Én test. En livstid med svar.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker