Gen
ATM
ATM serine/threonine kinase
- HGNC 795↗(åpnes i ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000149311↗(åpnes i ny fane)
- NCBI Gene 472↗(åpnes i ny fane)
Sammendrag
- Cytogenetisk plassering
- 11q22.3
- Koordinater
- Kromosom 11: 108 223 067–108 369 102 (GRCh38)
- Eksoner
- 63 eksoner over 146 kb
- Protein
- 3 056 aminosyrer, 350,7 kDa
- Også kjent som
- TEL1, TELO1
- Tidligere symboler
- ATA, ATDC, ATC, ATD
- MANE Select-transkripsjon
- ENST00000675843.1NM_000051.4
- Lokustype
- Proteinkodende
Share this page
Denne siden som data
Legg til .json etter adressen til siden, eller be om application/json, for å lese den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/atm.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLes ATM og resten av genomet ditt med én test.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker
Få mitt Genome TestKuraterte rapporter som er relevante for dette genet
Ataksi-telangiektasi
- Autosomal recessiv
Progressiv cerebellar ataksi, telangiektasi, immunsvikt og kreftdisposisjon forårsaket av endringer i begge kopiene av ATM.
- ClinGen vurderer koblingen som definitiv
- 8 GenCC-innsendere vurderer den som definitiv eller sterk
▶Handlingsnytte
Diagnosen styrer forebygging av infeksjoner og behandling med immunglobulinerstatning, minimering av eksponering for ioniserende stråling, oppfølging for kreft og lunger, samt bærertesting av slektninger.
Infertilitet hos kvinner
Redusert eller fraværende evne hos en kvinne til å bli gravid.
- ClinGen vurderer koblingen som definitiv
- 8 GenCC-innsendere vurderer den som definitiv eller sterk
Gener for bryst- og eggstokkreft utover BRCA1/2
- Kreftpredisposisjon knyttet til ATMAutosomal dominant
En enkelt variant i ATM øker risikoen for brystkreft moderat og er knyttet til kreft i bukspyttkjertelen og prostatakreft.
- ClinGen vurderer koblingen som definitiv
- 1 GenCC-innsender vurderer den som definitiv eller sterk
▶Handlingsnytte
Utvidet brystkreftscreening anbefales som regel; bærere som har en partner som også bærer en ATM-variant, kan ønske å vite risikoen for ataksi-telangiektasi hos barna sine.
- Arvelig brystkreftAutosomal dominant
Arvelig predisposisjon for brystkreft forårsaket av varianter i ett av flere gener.
- 2 GenCC-innsendere vurderer den som definitiv eller sterk
▶Handlingsnytte
Tidligere og mer intensiv brystkreftscreening, inkludert MR, kan anbefales avhengig av genet.
Bredere grupperinger
Andre medfødte immunsviktsykdommer
- Immunsviktsykdom
Ett av 170 gener knyttet til den
Sykdom der det finnes en mangel eller defekt i immunforsvarsmekanismene, enten cellulære eller humorale.
- ClinGen vurderer koblingen som definitiv
- 8 GenCC-innsendere vurderer den som definitiv eller sterk
▶Handlingsnytte
HSCT ved SCID og alvorlige PID; immunglobulinerstatning (IVIG/SCIG) ved antistoffmangel; leniolisib (Joenja, FDA 2023) ved APDS; genterapi ved ADA-SCID; abatacept ved CTLA4- og LRBA-mangel; profylaktiske antibiotika; G-CSF ved CGD
Arvelige nevrodegenerative sykdommer
- KIF5A-relatert nevrodegenerativ sykdomAutosomal dominant
Ett av 372 gener knyttet til den
Forårsaket av endringer i én kopi av KIF5A, som koder for et motorprotein med en halevedel som binder last. Ulike typer endringer fører til ulike tilstander: hereditær spastisk paraplegi type 10, en aksonal form av Charcot-Marie-Tooths sykdom og amyotrofisk lateralsklerose (ALS).
- ClinGen vurderer koblingen som definitiv
- 8 GenCC-innsendere vurderer den som definitiv eller sterk
▶Handlingsnytte
Behandlingen er symptomatisk og avhenger av sykdomsbildet, og omfatter fysioterapi, legemidler mot spastisitet og tverrfaglig ALS-oppfølging. Hvert barn av en berørt person har 1 av 2 sjanse for å arve endringen; genetisk veiledning hjelper familier å forstå dette.
Slik er ATM bygget opp
- Kodende sekvens
- Utranslatert region
- Intron
- Transkripsjonsretning
- Kjente sykdomsfremkallende posisjoner
- Områder som korte avlesninger sliter med
- Varianter med egen side
Eksoner i genets MANE Select-transkripsjon (utgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referansegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSCs GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheten fra Ensembl-utgave 116, på GRCh38.
Eksonene utgjør 12,9 kb av genets 146 kb, og 9 171 av disse basene koder for proteinet.
Sekvensering av ATM
2Lett
Hvor vanskelig ATM er å sekvensere med korte leser, av 100
0 · Lett100 · Vanskelig
Nesten alle eksonene til ATM ligger der korte leser kan kartlegges uten problemer.
Det som kommer i tillegg: andelen av eksonene til ATM i hver type vanskelig område
- KartleggbarhetStrekninger der 100 eller 250 bp lange leser ikke kan plasseres entydig, slik at en variant der kan mangle eller være feil. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 100.0,5 %
- HomologiSegmentelle duplikasjoner: kopier andre steder i genomet, som paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 60.0 %
- Delt med chrYDe pseudoautosomale områdene og det X-transponerte området, der chrX og chrY har samme eller nesten samme sekvens, slik at en lesing fra den ene kan plasseres på den andre. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 60.0 %
- ReferansedekningHull i referanseassemblyen i nærheten, der det ikke finnes sekvens for leser å justere mot. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 50.0 %
- RepetisjonerTandemrepetisjoner og serier av én base, som leser glir på og kanskje ikke spenner over. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 30.2,1 %
- GC-innholdVinduer med under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksforberedelsen dekker tynt. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 20.5,4 %
En Dante Labs-poengsum basert på egen forskning, bygget på NISTs Genome in a Bottle-kart over vanskelig sekvenserbare områder.Slik beregnes poengsummenHver søyle er andelen av eksonbasene til ATM i den typen vanskelig område. Hver enkelt type kan gjøre et gen vanskelig alene, og hver ekstra type legger til mindre: 0 når ingen base er i noen, 100 når alle baser er der leser ikke kan plasseres entydig.
2 935
posisjoner i ATM der ClinVar klassifiserer en endring som patogen eller sannsynlig patogen
11 av dem (0,4 %) ligger i områder som korte leser har vanskelig for å lese.
- Low mappabilityRegions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely. (11 posisjoner)
Et helgenomsekvensering dekker alle 146 kb av ATM, inkludert introner, ikke bare de 12,9 kb med eksoner.
Varianter med egen side (811)
De ATM-variantene med egen side her, med flest stjerner for vurdering først. Hver side beskriver ClinVars offentlige opplysninger om varianten, aldri et resultat.
| Variant | HGVS c. | Ekson eller intron | Posisjon (GRCh38) | ClinVar-klassifisering | Vurderingsstatus |
|---|---|---|---|---|---|
| A911Rfs*19 | c.2730_2731insAG | Ekson 18 | 108 268 501 | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| c.2T>C | Ekson 2 | 108 227 626 | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel | |
| c.332-1G>A | Intron 4 | 108 235 669 | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel | |
| c.496+5G>A | Intron 5 | 108 235 839 | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel | |
| c.1122_1123del | Ekson 9 | 108 248 987 | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel | |
| c.1607+1G>T | Intron 10 | 108 251 073 | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel | |
| c.2251-2A>T | Intron 14 | 108 257 479 | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel | |
| c.2251-4A>G | Intron 14 | 108 257 477 | Sannsynligvis patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel | |
| c.2466+5G>C | Intron 16 | 108 259 080 | Sannsynligvis patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel | |
| c.2639-23_2639-21del | Intron 17 | 108 268 386 | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
ClinVar-patogene varianter (3 833)
Variantene i ATM som ClinVar klassifiserer som patogene eller sannsynlig patogene for en hvilken som helst tilstand, vurdert av minst én innsender med kriterier, samt de mest vurderte av dem. Dette er ClinVars offentlige oversikt over genet, aldri et resultat.
- Patogen 2 826
- Patogen/sannsynligvis patogen 278
- Sannsynligvis patogen 729
| Variant | Tilstander | ClinVar-klassifisering | Vurderingsstatus |
|---|---|---|---|
| NM_000051.4(ATM):c.2T>C (p.Met1Thr) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.67C>T (p.Arg23Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.217_218del (p.Glu73fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.332-1G>A | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.387del (p.Asp130fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.467G>A (p.Trp156Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.480_484del (p.Gln161fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.496+5G>A | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.748C>T (p.Arg250Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.790del (p.Tyr264fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.824del (p.Ser274_Leu275insTer) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1122_1123del (p.Glu376fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1158del (p.Lys387fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1355del (p.Thr452fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1396C>T (p.Gln466Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1402_1403del (p.Lys468fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1442T>G (p.Leu481Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1564_1565del (p.Glu522fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1607+1G>T | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1782del (p.Val595fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.2152dup (p.Cys718fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.2251-2A>T | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.2284_2285del (p.Leu762fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.2413C>T (p.Arg805Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.2508dup (p.Ser837fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner av 4 gjennomgått av ekspertpanel |
Se alle 3 833 sammen med alle andre varianter i ATM i ClinVar → (åpnes i en ny fane)
Gener knyttet til de samme tilstandene
- FMR1fragile X messenger ribonucleoprotein 1Deler 2 tilstander
- TWNKtwinkle mtDNA helicaseDeler 2 tilstander
- AARS1alanyl-tRNA synthetase 1Deler 1 tilstand
- AARS2alanyl-tRNA synthetase 2, mitochondrialDeler 1 tilstand
- ABCB7ATP binding cassette subfamily B member 7Deler 1 tilstand
- ABCD1ATP binding cassette subfamily D member 1Deler 1 tilstand
- ABHD16Aabhydrolase domain containing 16A, phospholipaseDeler 1 tilstand
- ACER3alkaline ceramidase 3Deler 1 tilstand
- ACO2aconitase 2Deler 1 tilstand
- ADAadenosine deaminaseDeler 1 tilstand
- ADARadenosine deaminase RNA specificDeler 1 tilstand
- ADPRSADP-ribosylserine hydrolaseDeler 1 tilstand
Egenskaper knyttet til ATM
The Human Phenotype Ontology lister disse som kjennetegn ved de sjeldne tilstandene ATM kan forårsake. Hver egenskaps side viser de andre genene som er knyttet til den.
Abnormality of the nervous system
- Ataxia
- Difficulty articulating speech
- Progressive cerebellar ataxia
- Abnormal gait
- Abnormal speech pattern
- Abnormality of movement
- Choreoathetosis
- Glioblastoma multiforme
Vis 29 egenskaper til
- Tremor
- Anxiety
- Attention deficit
- Behavioral abnormality
- Delayed speech and language development
- Depression
- Difficulty performing quick and alternating movements
- Epilepsy
- Inability to walk
- Intention tremor
- Irritability
- Migraine
- Rise in pressure inside skull
- Slurred speech
- Abnormal pyramidal sign
- Benign neoplasm of the central nervous system
- Cancer of early nerve cells
- Cognitive impairment
- Disorder of involuntary muscle movements
- Disturbed sensory perception
- Dysgraphia
- Hallucinations
- Loss of developmental milestones
- Memory impairment
- Paralysis or weakness of one side of body
- Pins and needles feeling
- Diminished deep tendon reflex
- Dystonia
- Jerking
Abnormality of blood and blood-forming tissues
- B-cell lymphoma
- Decreased blood lymphocyte number
- Acute lymphoblastic leukemia
- Bone marrow disease
- Gastrointestinal bleeding
- Blood cancer
- Cancer of lymphatic system
- Decreased total CD4+ T cell proportion
Vis 3 egenskaper til
Abnormality of the genitourinary system
- Abnormal fallopian tube morphology
- Ovarian cancer
- Polycystic ovaries
- Abnormality of the testis
- Prostate cancer
- Urinary tract neoplasm
- Uterine cancer
- Abnormal sperm development
Vis 1 egenskap til
Eksterne lenker
Genposter
Transkripsjon
Protein
Her kommer dette fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og plassering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, eksonene og den kodende sekvensen.
- GenCC og ClinGen, utgitt 2026-10-21: hvilke tilstander genet er knyttet til, og hvor sterkt.
- ACMGs liste over sekundære funn, SF v3.2.
- ClinVar og GIAB-stratifiseringene: kjente sykdomsfremkallende steder, og regionene som korte leser finner vanskelige.
- Genome in a Bottle-stratifiseringene for genom, fra NIST: poengsummen for sekvenseringsvanskelighet.
- The Human Phenotype Ontology, versjon 2026-09-01: egenskapene knyttet til genet. Les mer på hpo.jax.org.
- Datautgave 2026.10.21-c791e85a.
Siter denne siden
Dante Labs. (u.d.). ATM-genet: ATM serine/threonine kinase. Hentet 23. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/no/genes/atm
Dante Labs. ATM-genet: ATM serine/threonine kinase [Internett]. [sitert 23. oktober 2026]. Tilgjengelig fra: https://dantelabs.com/no/genes/atm
Én test. En livstid med svar.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker