Gen
RPLP0
ribosomal protein lateral stalk subunit P0
- HGNC 10371↗(opent in een nieuw tabblad)
- Ensembl-gen ENSG00000089157↗(opent in een nieuw tabblad)
- NCBI Gene 6175↗(opent in een nieuw tabblad)
Samenvatting
- Cytogenetische locatie
- 12q24.23
- Coördinaten
- Chromosoom 12: 120.196.699–120.201.111 (GRCh38)
- Exons
- 8 exons over 4,4 kb
- Eiwit
- 317 aminozuren
- Ook bekend als
- PRLP0, P0, L10E, RPP0, LP0, uL10
- MANE Select-transcript
- ENST00000392514.9NM_001002.4
- Type locus
- Eiwitcoderend
- Zeer hoog
- Betrouwbaar
- Laag
- Zeer laag
Deze pagina als gegevens
Voeg .json toe aan het adres van de pagina, of vraag application/json aan, om haar als JSON te lezen.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/rplp0.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLees RPLP0 en de rest van uw genoom met één test.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken
Mijn Genome Test bestellenGecureerde rapporten over dit gen
Geen enkel Genome Test-rapport leest RPLP0 nog. De test leest uw volledige genoom uit, dus uw gegevens bevatten het toch.
Opbouw van RPLP0
- Coderende sequentie
- Niet-vertaald gebied
- Intron
- Richting van transcriptie
- Gebieden die korte reads moeilijk vinden
Exonen van het MANE Select-transcript van het gen (release v1.5), afkomstig van NCBI en EMBL-EBI, op het GRCh38-referentiegenoom.
Chromosoombanden uit het ideogram van UCSC's GRCh38 (2022-10-29).
Genen in de buurt uit Ensembl-release 116, op GRCh38.
Exonen vormen 1,1 kb van de 4,4 kb van het gen; 954 van die basen coderen voor het eiwit.
Sequencing van RPLP0
11Gemiddeld
Hoe moeilijk RPLP0 met korte reads te sequencen is, op een schaal van 100
0 · Makkelijk100 · Moeilijk
Sommige exons van RPLP0 liggen waar korte reads een wijziging kunnen missen of verkeerd plaatsen.
Wat dit verder beïnvloedt: het aandeel van de exons van RPLP0 in elk type moeilijke regio
- MappabilityStukken waar reads van 100 of 250 bp niet uniek kunnen worden geplaatst, waardoor een call daar mogelijk ontbreekt of fout is. Gewicht 35%.27%
- HomologieSegmentale duplicaties: kopieën elders in het genoom, zoals paralogen en pseudogenen, met 90% identiteit of meer. Gewicht 30%.0%
- RepeatsTandemrepeats en reeksen van één base, waarop reads kunnen verschuiven en die ze mogelijk niet overspannen. Gewicht 15%.6,7%
- GC-gehalteVensters met minder dan 25% of meer dan 65% G en C, die bij de bibliotheekvoorbereiding dun worden gedekt. Gewicht 10%.3,4%
- ReferentiedekkingGaten in de referentie-assembly in de buurt, waar geen sequentie is waarop reads kunnen uitlijnen. Gewicht 10%.0%
Een score van Dante Labs uit ons eigen onderzoek, gebaseerd op de Genome in a Bottle-kaarten van NIST met moeilijk te sequencen regio's.Zo wordt de score berekendElke balk is het aandeel van de exonbases van RPLP0 in dat type moeilijke regio. De score weegt die aandelen naar hoeveel elk type een korte-readcall kost: 0 wanneer geen enkele base in een moeilijke regio ligt, 100 wanneer elke base in alle regio's ligt.
Externe links
Genrecords
Transcript
Eiwit
Waar dit vandaan komt
- HGNC: het symbool, de naam, andere symbolen en de locatie van het gen.
- MANE Select v1.5, van NCBI en EMBL-EBI: het transcript, de exonen en de coderende sequentie.
- De genoomstratificaties van Genome in a Bottle, van NIST: de score voor de moeilijkheid van sequencing.
Deze pagina citeren
Dante Labs. (z.d.). RPLP0-gen: ribosomal protein lateral stalk subunit P0. Geraadpleegd op 18 oktober 2026, van https://dantelabs.com/nl/genes/rplp0
Dante Labs. RPLP0-gen: ribosomal protein lateral stalk subunit P0 [Internet]. [geraadpleegd 18 oktober 2026]. Beschikbaar op: https://dantelabs.com/nl/genes/rplp0
Eén test. Een leven lang antwoorden.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken