Gen
ATM
ATM serine/threonine kinase
- HGNC 795↗(opent in een nieuw tabblad)
- Ensembl-gen ENSG00000149311↗(opent in een nieuw tabblad)
- NCBI Gene 472↗(opent in een nieuw tabblad)
Samenvatting
- Cytogenetische locatie
- 11q22.3
- Coördinaten
- Chromosoom 11: 108.223.067–108.369.102 (GRCh38)
- Exons
- 63 exons over 146 kb
- Eiwit
- 3.056 aminozuren, 350,7 kDa
- Ook bekend als
- TEL1, TELO1
- Eerdere symbolen
- ATA, ATDC, ATC, ATD
- MANE Select-transcript
- ENST00000675843.1NM_000051.4
- Type locus
- Eiwitcoderend
Share this page
Deze pagina als gegevens
Voeg .json toe aan het adres van de pagina, of vraag application/json aan, om haar als JSON te lezen.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/atm.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLees ATM en de rest van uw genoom met één test.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken
Mijn Genome Test bestellenGecureerde rapporten over dit gen
Ataxie-teleangiëctasie
- Autosomaal recessief
Progressieve cerebellaire ataxie, teleangiëctasie, immuundeficiëntie en een verhoogde aanleg voor kanker, veroorzaakt door veranderingen in beide ATM-allelen.
- ClinGen beoordeelt het verband als definitief
- 8 GenCC-indieners beoordelen het als definitief of sterk
▶Actionability
Een diagnose stuurt de preventie van infecties en de vervangingstherapie met immunoglobulinen, het beperken van blootstelling aan ioniserende straling, kankerscreening en longcontroles, en dragerschapsonderzoek bij familieleden.
Vrouwelijke onvruchtbaarheid
Verminderd of afwezig vermogen van een vrouw om zwanger te worden.
- ClinGen beoordeelt het verband als definitief
- 8 GenCC-indieners beoordelen het als definitief of sterk
Borst- en eierstokkankergenen naast BRCA1/2
- Kanspredispositie gerelateerd aan ATMAutosomaal dominant
Een enkele variant in ATM verhoogt het risico op borstkanker matig en hangt samen met alvleesklier- en prostaatkanker.
- ClinGen beoordeelt het verband als definitief
- 1 GenCC-indiener beoordeelt het als definitief of sterk
▶Actionability
Intensiever borstonderzoek wordt over het algemeen aanbevolen; dragers met een partner die ook een ATM-variant draagt, willen misschien het risico op ataxia-telangiectasie bij hun kinderen laten weten.
- Erfelijke borstkankerAutosomaal dominant
Erfelijke aanleg voor borstkanker, veroorzaakt door varianten in een van verschillende genen.
- 2 GenCC-indieners beoordelen het als definitief of sterk
▶Actionability
Afhankelijk van het gen kan vroeger en intensiever borstonderzoek worden aanbevolen, inclusief MRI.
Bredere groeperingen
Overige aangeboren immuunstoornissen
- Immuundeficiëntieziekte
Een van 170 genen die hiermee verband houden
Ziekte waarbij er een tekort of defect is in de mechanismen van de immuniteit, zowel cellulair als humoraal.
- ClinGen beoordeelt het verband als definitief
- 8 GenCC-indieners beoordelen het als definitief of sterk
▶Actionability
HSCT bij SCID en ernstige PID's; immunoglobulinevervangende therapie (IVIG/SCIG) bij antilichaamdeficiënties; leniolisib (Joenja, FDA 2023) bij APDS; genetherapie bij ADA-SCID; abatacept bij CTLA4- of LRBA-deficiëntie; profylactische antibiotica; G-CSF bij CGD
Erfelijke neurodegeneratieve aandoeningen
- Met KIF5A samenhangende neurodegeneratieve aandoeningAutosomaal dominant
Een van 372 genen die hiermee verband houden
Veroorzaakt door veranderingen in één kopie van KIF5A, een motoreiwit met een staart die vracht bindt. Verschillende soorten veranderingen leiden tot verschillende aandoeningen: hereditaire spastische paraplegie type 10, een axonale vorm van de ziekte van Charcot-Marie-Tooth en amyotrofe laterale sclerose (ALS).
- ClinGen beoordeelt het verband als definitief
- 8 GenCC-indieners beoordelen het als definitief of sterk
▶Actionability
De zorg is symptomatisch en hangt af van het ziektebeeld; zij omvat fysiotherapie, medicijnen tegen spasticiteit en multidisciplinaire ALS-zorg. Elk kind van een aangedane persoon heeft een kans van 1 op 2 om de verandering te erven; erfelijkheidsadvies helpt gezinnen dit te begrijpen.
Opbouw van ATM
- Coderende sequentie
- Niet-vertaald gebied
- Intron
- Richting van transcriptie
- Bekende ziekteveroorzakende posities
- Gebieden die korte reads moeilijk vinden
- Varianten met een pagina
Exonen van het MANE Select-transcript van het gen (release v1.5), afkomstig van NCBI en EMBL-EBI, op het GRCh38-referentiegenoom.
Chromosoombanden uit het ideogram van UCSC's GRCh38 (2022-10-29).
Genen in de buurt uit Ensembl-release 116, op GRCh38.
Exonen vormen 12,9 kb van de 146 kb van het gen; 9.171 van die basen coderen voor het eiwit.
Sequencing van ATM
2Makkelijk
Hoe moeilijk ATM is te sequencen met korte reads, op een schaal van 100
0 · Makkelijk100 · Moeilijk
Bijna alle exonen van ATM liggen op plaatsen waar korte reads correct worden uitgelijnd.
Wat dit verergert: het aandeel van de exonen van ATM in elk type moeilijke regio
- MapbaarheidStukken waar reads van 100 of 250 bp niet op één unieke plaats kunnen worden geplaatst, waardoor een call daar ontbrekend of onjuist kan zijn. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 100 krijgen.0,5%
- HomologieSegmentale duplicaties: kopieën elders in het genoom, zoals paralogen en pseudogenen, met 90% identiteit of meer. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 60 krijgen.0%
- Gedeeld met chrYDe pseudoautosomale regio's en de X-getransponeerde regio, waar chrX en chrY dezelfde of bijna dezelfde sequentie bevatten, zodat een read van de ene op de andere kan worden geplaatst. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 60 krijgen.0%
- ReferentiedekkingHiaten in de nabijgelegen referentie-assemblage, waar geen sequentie is waarop reads kunnen worden uitgelijnd. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 50 krijgen.0%
- HerhalingenTandemherhalingen en reeksen van één base, waarop reads kunnen verschuiven en die ze mogelijk niet overspannen. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 30 krijgen.2,1%
- GC-gehalteVensters met minder dan 25% of meer dan 65% G en C, die bij de bibliotheekvoorbereiding slechts dun worden gedekt. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 20 krijgen.5,4%
Een Dante Labs-score op basis van ons eigen onderzoek, gebouwd op de Genome in a Bottle-kaarten van NIST met moeilijk te sequencen regio's.Zo wordt er gescoordElke balk is het aandeel van de exonbasen van ATM in dat type moeilijke regio. Elk type kan op zichzelf een gen moeilijk maken, en elk extra type voegt steeds minder toe: 0 wanneer geen enkele base in een moeilijke regio ligt, 100 wanneer elke base ligt waar reads niet op één unieke plaats kunnen worden geplaatst.
2.935
posities in ATM waar ClinVar een wijziging als pathogeen of waarschijnlijk pathogeen classificeert
11 ervan (0,4%) vallen in regio's die korte reads moeilijk vinden.
- Low mappabilityRegions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely. (11 locaties)
Een heel genoom dekt alle 146 kb van ATM, inclusief de introns, en niet alleen de 12,9 kb aan exonen.
Varianten met een pagina (811)
De ATM-varianten met een pagina hier, eerst die met de meeste reviewsterren. Elke pagina beschrijft het openbare ClinVar-dossier van de variant, nooit een uitslag.
| Variant | HGVS c. | Exon of intron | Positie (GRCh38) | ClinVar-classificatie | Reviewstatus |
|---|---|---|---|---|---|
| A911Rfs*19 | c.2730_2731insAG | Exon 18 | 108.268.501 | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| c.2T>C | Exon 2 | 108.227.626 | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel | |
| c.332-1G>A | Intron 4 | 108.235.669 | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel | |
| c.496+5G>A | Intron 5 | 108.235.839 | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel | |
| c.1122_1123del | Exon 9 | 108.248.987 | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel | |
| c.1607+1G>T | Intron 10 | 108.251.073 | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel | |
| c.2251-2A>T | Intron 14 | 108.257.479 | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel | |
| c.2251-4A>G | Intron 14 | 108.257.477 | Waarschijnlijk pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel | |
| c.2466+5G>C | Intron 16 | 108.259.080 | Waarschijnlijk pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel | |
| c.2639-23_2639-21del | Intron 17 | 108.268.386 | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
ClinVar-pathogene varianten (3.833)
De ATM-varianten die ClinVar als pathogeen of waarschijnlijk pathogeen classificeert voor een willekeurige aandoening, beoordeeld door ten minste één indiener met criteria, en de meest beoordeelde daarvan. Het is het openbare ClinVar-register van het gen, nooit een resultaat.
- Pathogeen 2.826
- Pathogeen/waarschijnlijk pathogeen 278
- Waarschijnlijk pathogeen 729
| Variant | Aandoeningen | ClinVar-classificatie | Reviewstatus |
|---|---|---|---|
| NM_000051.4(ATM):c.2T>C (p.Met1Thr) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.67C>T (p.Arg23Ter) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.217_218del (p.Glu73fs) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.332-1G>A | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.387del (p.Asp130fs) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.467G>A (p.Trp156Ter) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.480_484del (p.Gln161fs) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.496+5G>A | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.748C>T (p.Arg250Ter) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.790del (p.Tyr264fs) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.824del (p.Ser274_Leu275insTer) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1122_1123del (p.Glu376fs) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1158del (p.Lys387fs) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1355del (p.Thr452fs) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1396C>T (p.Gln466Ter) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1402_1403del (p.Lys468fs) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1442T>G (p.Leu481Ter) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1564_1565del (p.Glu522fs) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1607+1G>T | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1782del (p.Val595fs) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.2152dup (p.Cys718fs) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.2251-2A>T | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.2284_2285del (p.Leu762fs) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.2413C>T (p.Arg805Ter) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.2508dup (p.Ser837fs) | ATM-related cancer predisposition | Pathogeen | ★★★★3 sterren van de 4 beoordeeld door expertpanel |
Bekijk alle 3.833 samen met elke andere ATM-variant in ClinVar → (opent in een nieuw tabblad)
Genen die aan dezelfde aandoeningen zijn gekoppeld
- FMR1fragile X messenger ribonucleoprotein 1Deelt 2 aandoeningen
- TWNKtwinkle mtDNA helicaseDeelt 2 aandoeningen
- AARS1alanyl-tRNA synthetase 1Deelt 1 aandoening
- AARS2alanyl-tRNA synthetase 2, mitochondrialDeelt 1 aandoening
- ABCB7ATP binding cassette subfamily B member 7Deelt 1 aandoening
- ABCD1ATP binding cassette subfamily D member 1Deelt 1 aandoening
- ABHD16Aabhydrolase domain containing 16A, phospholipaseDeelt 1 aandoening
- ACER3alkaline ceramidase 3Deelt 1 aandoening
- ACO2aconitase 2Deelt 1 aandoening
- ADAadenosine deaminaseDeelt 1 aandoening
- ADARadenosine deaminase RNA specificDeelt 1 aandoening
- ADPRSADP-ribosylserine hydrolaseDeelt 1 aandoening
Kenmerken gekoppeld aan ATM
De Human Phenotype Ontology vermeldt deze als kenmerken van de zeldzame aandoeningen die ATM kan veroorzaken. Op de pagina van elk kenmerk staan de andere genen die ermee verband houden.
Abnormality of the nervous system
- Ataxia
- Difficulty articulating speech
- Progressive cerebellar ataxia
- Abnormal gait
- Abnormal speech pattern
- Abnormality of movement
- Choreoathetosis
- Glioblastoma multiforme
Toon 29 kenmerken meer
- Tremor
- Anxiety
- Attention deficit
- Behavioral abnormality
- Delayed speech and language development
- Depression
- Difficulty performing quick and alternating movements
- Epilepsy
- Inability to walk
- Intention tremor
- Irritability
- Migraine
- Rise in pressure inside skull
- Slurred speech
- Abnormal pyramidal sign
- Benign neoplasm of the central nervous system
- Cancer of early nerve cells
- Cognitive impairment
- Disorder of involuntary muscle movements
- Disturbed sensory perception
- Dysgraphia
- Hallucinations
- Loss of developmental milestones
- Memory impairment
- Paralysis or weakness of one side of body
- Pins and needles feeling
- Diminished deep tendon reflex
- Dystonia
- Jerking
Abnormality of blood and blood-forming tissues
- B-cell lymphoma
- Decreased blood lymphocyte number
- Acute lymphoblastic leukemia
- Bone marrow disease
- Gastrointestinal bleeding
- Blood cancer
- Cancer of lymphatic system
- Decreased total CD4+ T cell proportion
Toon 3 kenmerken meer
Abnormality of the genitourinary system
- Abnormal fallopian tube morphology
- Ovarian cancer
- Polycystic ovaries
- Abnormality of the testis
- Prostate cancer
- Urinary tract neoplasm
- Uterine cancer
- Abnormal sperm development
Toon 1 kenmerk meer
Externe links
Genrecords
Transcript
Eiwit
Waar dit vandaan komt
- HGNC: het symbool, de naam, andere symbolen en de locatie van het gen.
- MANE Select v1.5, van NCBI en EMBL-EBI: het transcript, de exonen en de coderende sequentie.
- GenCC en ClinGen, uitgebracht in 2026-10-21: welke aandoeningen aan het gen zijn gekoppeld en hoe sterk die koppeling is.
- De ACMG-lijst met secundaire bevindingen, SF v3.2.
- ClinVar en de GIAB-stratificaties: bekende ziekteveroorzakende posities en de regio's die short reads moeilijk vinden.
- De genoomstratificaties van Genome in a Bottle, van NIST: de score voor de moeilijkheid van sequencing.
- De Human Phenotype Ontology, versie 2026-09-01: de kenmerken die aan het gen zijn gekoppeld. Meer informatie vindt u op hpo.jax.org.
- Gegevensrelease 2026.10.21-c791e85a.
Deze pagina citeren
Dante Labs. (z.d.). ATM-gen: ATM serine/threonine kinase. Geraadpleegd op 23 oktober 2026, van https://dantelabs.com/nl/genes/atm
Dante Labs. ATM-gen: ATM serine/threonine kinase [Internet]. [geraadpleegd 23 oktober 2026]. Beschikbaar op: https://dantelabs.com/nl/genes/atm
Eén test. Een leven lang antwoorden.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken