Ugrás a tartalomhoz
Használja fel HSA- vagy FSA-keretét
Szekvenálja genomját (új lapon nyílik meg)

Gén

PTPN13

protein tyrosine phosphatase non-receptor type 13

Összefoglalás

Citogenetikai elhelyezkedés
4q21.3
Koordináták
4. kromoszóma: 86 594 315–86 815 161 (GRCh38)
Exonok
48 exon, összesen 220,8 kb
Fehérje
2485 aminosav
Más néven ismert
PTP1E, PTP-BAS, PTPL1, PTP-BL
MANE Select transzkriptum
ENST00000411767.7NM_080683.3
Lokusz típusa
Fehérjét kódoló
  • Nagyon magas
  • Megbízható
  • Alacsony
  • Nagyon alacsony

Ehhez a génhez kapcsolódó, kurált jelentések

A Genome Test egyik jelentése sem olvassa a(z) PTPN13 gént. A teszt az egész genomot szekvenálja, így az Ön adatai ennek ellenére tartalmazzák.

A PTPN13 felépítése

  • Kódoló szekvencia
  • Transzlálatlan régió
  • Intron
  • A transzkripció iránya
  • Olyan szakaszok, amelyeket a rövid olvasatok nehezen értelmeznek
4. kromoszóma, a PTPN13 helyét zárójel jelöli. A PTPN13 és környékén 6 gén a 4. kromoszómán, 86 204 738–87 204 737 között.4. kromoszóma4q21.3p16.3p16.2p16.1p15.33p15.32p15.31p15.2p15.1p14p13p12p11q11q12q13.1q13.2q13.3q21.1q21.21q21.22q21.23q21.3q22.1q22.2q22.3q23q24q25q26q27q28.1q28.2q28.3q31.1q31.21q31.22q31.23q31.3q32.1q32.2q32.3q33q34.1q34.2q34.3q35.1q35.286,4 Mb86,6 Mb86,8 Mb87 Mb87,2 MbMAPK10: 85 990 007–86 594 625, fordított szálMAPK10PTPN13: 86 594 315–86 815 161, előre szálPTPN13SLC10A6: 86 823 468–86 849 389, fordított szálSLC10A6C4orf36: 86 876 205–86 892 813, fordított szálC4orf36C4orf36: 86 886 472–86 936 178, fordított szálC4orf36AFF1: 86 934 203–87 141 073, előre szálAFF1KLHL8: 87 159 883–87 240 729, fordított szálKLHL8A PTPN13 ábrája: 48 exon a(z) 4. kromoszóma előre szálán1. exon: 86 594 315–86 594 789, 475 bázis2. exon: 86 635 252–86 635 371, 120 bázis3. exon: 86 672 365–86 672 543, 179 bázis4. exon: 86 686 710–86 686 775, 66 bázis5. exon: 86 689 005–86 689 190, 186 bázis6. exon: 86 693 587–86 693 674, 88 bázis7. exon: 86 701 241–86 701 801, 561 bázis8. exon: 86 716 530–86 716 625, 96 bázis9. exon: 86 717 024–86 717 117, 94 bázis10. exon: 86 722 212–86 722 434, 223 bázis11. exon: 86 732 400–86 732 474, 75 bázis12. exon: 86 732 592–86 732 766, 175 bázis13. exon: 86 734 303–86 734 456, 154 bázis14. exon: 86 734 737–86 734 875, 139 bázis15. exon: 86 735 594–86 735 746, 153 bázis16. exon: 86 741 634–86 741 816, 183 bázis17. exon: 86 744 966–86 745 128, 163 bázis18. exon: 86 750 470–86 750 887, 418 bázis19. exon: 86 751 027–86 751 124, 98 bázis20. exon: 86 753 009–86 753 065, 57 bázis21. exon: 86 758 260–86 758 349, 90 bázis22. exon: 86 758 678–86 758 785, 108 bázis23. exon: 86 758 942–86 759 073, 132 bázis24. exon: 86 762 727–86 763 190, 464 bázis25. exon: 86 764 593–86 764 724, 132 bázis26. exon: 86 765 395–86 765 488, 94 bázis27. exon: 86 766 432–86 766 517, 86 bázis28. exon: 86 767 817–86 767 976, 160 bázis29. exon: 86 769 769–86 769 983, 215 bázis30. exon: 86 770 101–86 770 199, 99 bázis31. exon: 86 771 171–86 771 535, 365 bázis32. exon: 86 772 778–86 772 958, 181 bázis33. exon: 86 774 373–86 774 531, 159 bázis34. exon: 86 775 171–86 775 342, 172 bázis35. exon: 86 775 442–86 775 652, 211 bázis36. exon: 86 780 402–86 780 472, 71 bázis37. exon: 86 782 201–86 782 262, 62 bázis38. exon: 86 784 465–86 784 558, 94 bázis39. exon: 86 785 231–86 785 368, 138 bázis40. exon: 86 785 848–86 785 936, 89 bázis41. exon: 86 796 874–86 796 929, 56 bázis42. exon: 86 799 101–86 799 204, 104 bázis43. exon: 86 803 709–86 803 857, 149 bázis44. exon: 86 805 279–86 805 369, 91 bázis45. exon: 86 807 560–86 807 897, 338 bázis46. exon: 86 809 769–86 809 984, 216 bázis47. exon: 86 811 046–86 811 108, 63 bázis48. exon: 86 814 456–86 815 161, 706 bázis151015202530354045485′3′

A gén MANE Select átiratának exonjai (kiadás: v1.5), az NCBI és az EMBL-EBI adatai alapján, a GRCh38 referencia-genomon.

Kromoszómasávok az UCSC GRCh38 ideogramjából (2022-10-29).

Közeli gének az Ensembl 116 kiadásából, GRCh38 szerint.

Az exonok a gén 220,8 kb-jából 8,5 kb-ot tesznek ki; ezek közül 7458 bázis kódolja a fehérjét.

PTPN13 szekvenálása

3Könnyű

Mennyire nehéz a PTPN13 rövid olvasatokkal történő szekvenálása, 100-ból

A PTPN13 exonjainak szinte mindegyike olyan helyen van, ahol a rövid olvasatok tisztán leképezhetők.

Ehhez hozzájárul: a PTPN13 exonjainak aránya az egyes típusú nehéz régiókban

  • Leképezhetőség0%
  • Homológia0%
  • Közös a chrY-nal0%
  • Referencia-lefedettség0%
  • Ismétlődések0,8%
  • GC-tartalom11%

A Dante Labs saját kutatásán alapuló pontszám, amely a NIST Genome in a Bottle térképein alapul, a nehezen szekvenálható régiókról.Így számítjuk ki

Külső hivatkozások

Az adatok forrásai

  • HGNC: a gén jelölése, neve, egyéb jelölései és elhelyezkedése.
  • MANE Select v1.5, az NCBI és az EMBL-EBI adatai: a transzkriptum, exonjai és kódoló szekvenciája.
  • A Genome in a Bottle genomstratifikációi a NIST-től: a szekvenálási nehézségi pontszám.

Az oldal idézése

APA

Dante Labs. (n.d.). PTPN13 gén: protein tyrosine phosphatase non-receptor type 13. Lekérve: 2026. október 19., forrás: https://dantelabs.com/hu/genes/ptpn13

Vancouver

Dante Labs. PTPN13 gén: protein tyrosine phosphatase non-receptor type 13 [Internet]. [idézve: 2026. október 19.]. Elérhető: https://dantelabs.com/hu/genes/ptpn13

Egy teszt. Egy életen át tartó válaszok.

449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt

Kérem a Genome Testemet