Ha vérvizsgálatot végeznek, az eredmény egy pillanatfelvétel – abban a pillanatban pontos, de egy év múlva már nem releváns. Ha az egész genomját szekvenálják, az eredmény tartós. A DNS-szekvenciája nem változik. De a tudomány, amely azt értelmezi, igen – és ez az, ami miatt a teljes genom szekvenálása alapvetően különbözik minden más egészségügyi vizsgálattól.
Az adatok változatlanok. A tudomány viszont nem.
Minden hónapban kutatók szerte a világon új eredményeket tesznek közzé, amelyek genetikai variánsokat kapcsolnak össze betegségekkel, gyógyszerekre adott reakciókkal és egészségügyi állapotokkal. A ClinVar adatbázis – amely a variánsok és betegségek közötti összefüggések legfontosabb nyilvános archívuma – évente több ezer új bejegyzéssel bővül. Ez a folyamat egyre gyorsul, mivel egyre nagyobb genomikus adathalmazok állnak rendelkezésre a populációs szintű elemzésekhez.
Ez azt jelenti, hogy egy olyan génvariáns, amelyet ma „bizonytalan jelentőségű variánsnak” (VUS) minősítenek, jövőre – amikor elegendő bizonyíték halmozódik fel a klinikai vizsgálatokból – patogénként kerülhet besorolásra. Ezzel szemben egy olyan variáns, amely eddig aggodalomra okot adó volt, alacsonyabb kategóriába sorolható, ha több populációs adat áll rendelkezésre.
A legfontosabb kérdés az: a tesztelő cég újraelemzi-e az adataidat, amikor ezek a frissítések megtörténnek?
Miért ragadtak meg a legtöbb teszt az időben?
A fogyasztói genotípus-vizsgálatok – mint amilyeneket a 23andMe, az AncestryDNA és hasonló szolgáltatások kínálnak – egy chipen előre kiválasztott génpozíciók halmazát vizsgálják. A kapott jelentés azt tükrözi, hogy mi volt ismert ezekről a konkrét pozíciókról a chip tervezésének napján. Ha a tudomány valami újat fedez fel egy olyan variánsról, amely nem volt a chipen, vagy átsorol egy olyan variánst, amely rajta volt, az eredményei nem frissülnek — mert az alapul szolgáló adatok hiányosak.
Még egyes klinikai vizsgálatoknak is van ilyen korlátjuk. A célzott génpanelek csak azokat a géneket vizsgálják, amelyek a panelben szerepelnek. Ha a jövőbeli kutatások klinikailag fontos variánst azonosítanak egy olyan génben, amely nem szerepelt a panelben, akkor új vizsgálatra lesz szükség annak kimutatásához.
Hogyan működik a teljes genom újraelemzése?
A teljes genom szekvenálás a genom minden egyes pozícióját leolvassa – körülbelül 6,4 milliárd bázispárt. Ez azt jelenti, hogy az adatfájl már az első naptól kezdve teljes. Semmi sem maradt ki. Semmit sem kell újra begyűjteni.
Amikor új variáns-betegség összefüggéseket tesznek közzé és klinikailag igazolnak, az eredeti szekvenálásból származó nyers adatokat újra lehet elemezni a frissített adatbázisok alapján. Így olyan új, klinikailag jelentős eredmények kerülhetnek napvilágra, amelyek az eredeti vizsgálat idején még nem voltak ismertek – anélkül, hogy vérvételre, új tesztkészletre vagy új vizsgálatra lenne szükség.
A Dante Labsnál ez az újraelemzés automatikusan történik a Genome Manager platformon keresztül. Amikor klinikai felülvizsgálati folyamatunk során új variáns-betegség összefüggéseket igazolunk, a jelentései frissülnek, hogy tükrözzék a legfrissebb tudományos eredményeket. Értesítést kap minden klinikailag releváns változásról.
Hogyan néz ez ki a gyakorlatban
Vegyünk egy valós példát: azóta, hogy a ClinVar megkezdte a variánsok besorolásának nyomon követését, az összes besorolt variáns körülbelül 7%-át legalább egyszer átsorolták az új bizonyítékok fényében. Egyes VUS variánsokat patogénné minősítettek át. Egyes valószínűleg patogén variánsokat alacsonyabb kategóriába soroltak át. Ezeknek az átsorolásoknak közvetlen klinikai következményei vannak — megváltoztatják, hogy ajánlott-e szűrés, mely gyógyszerek alkalmasak, és mely családtagokat kell vizsgálni.
Teljes genomiális adatkészlet esetén ezek az átsorolások automatikusan megjelennek a jelentéseiben. Hiányos adatkészlet esetén – vagyis ha nem teljes genomiális szekvenálásról van szó – előfordulhat, hogy ezek nem jelennek meg, akár azért, mert a vonatkozó variánst nem vizsgálták, akár azért, mert a szolgáltató nem kínál újraelemzést.
A szekvenálás gazdasági szempontjai
Van egy gyakorlati szempont is. A teljes genom szekvenálásának költsége csupán töredéke annak, ami öt évvel ezelőtt volt – és ez a tendencia továbbra is csökkenő. De a számítás nem csupán a mai árat veszi figyelembe. Hanem a genetikai információ teljes élettartamra vetített költségét.
Ha ma egy meghatározott génpanelre vonatkozó vizsgálatot végez, jövőre pedig egy másikat – akár azért, mert a klinikai kérdése megváltozott, akár azért, mert új géneket vettek fel a panelbe –, akkor kétszer fizet ugyanazon genom hiányos képeiért. A teljes genomszekvenálás viszont egyszerre rögzíti az összes adatot. Minden jövőbeli kérdésre ugyanabból az adathalmazból kaphat választ.
A lényeg
A genomvizsgálat az egyetlen olyan egészségügyi teszt, amelynek értéke a vizsgálat elvégzése után is növekszik. Nem azért, mert a DNS-ed megváltozna – hiszen nem változik. Hanem azért, mert az azt értelmező tudomány folyamatosan fejlődik. Az egyetlen feltétel, hogy az eredeti vizsgálat minden adatot rögzített legyen. Pontosan ezt teszi a teljes genomszekvenálás.
További információk a Dante Labs génvizsgálatról →
Kövesse a Dante Labs legújabb bejegyzéseit
Genomikai ismeretek, termékfrissítések és klinikai szempontok – közvetlenül az Ön postaládájába.
