Gène
MANEA
mannosidase endo-alpha
- HGNC 21072↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène Ensembl ENSG00000172469↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène NCBI 79694↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
Résumé
- Localisation cytogénétique
- 6q16.1
- Coordonnées
- Chromosome 6 : 95 577 535–95 609 452 (GRCh38)
- Exons
- 5 exons sur 31,9 kb
- Protéine
- 462 acides aminés
- Aussi appelé
- FLJ12838, mandaselin
- Transcrit MANE Select
- ENST00000358812.9NM_024641.4
- Type de locus
- Codant pour une protéine
- Très élevé
- Fiable
- Faible
- Très faible
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Structure de MANEA
- Séquence codante
- Région non traduite
- Intron
- Sens de la transcription
- Régions que les lectures courtes peinent à analyser
Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.
Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.
Les exons représentent 4,6 kb sur les 31,9 kb du gène ; 1 389 de ces bases codent pour la protéine.
Séquençage de MANEA
4Facile
Difficulté de séquençage de MANEA avec des lectures courtes, sur 100
0 · Easy100 · Hard
Almost all of MANEA's exons sit where short reads map cleanly.
What adds to it: the share of MANEA's exons in each kind of hard region
- MappabilitéZones où les lectures de 100 ou 250 pb ne peuvent pas être placées de façon unique, si bien qu'un appel de variant peut y être manquant ou erroné. Poids 35 %.0 %
- HomologieDuplications segmentaires : copies ailleurs dans le génome, comme les paralogues et les pseudogènes, à 90 % d'identité ou plus. Poids 30 %.0 %
- RépétitionsRépétitions en tandem et suites d'une même base, sur lesquelles les lectures glissent et qu'elles peuvent ne pas franchir. Poids 15 %.1,7 %
- Teneur en GCFenêtres comportant moins de 25 % ou plus de 65 % de G et de C, que la préparation de la bibliothèque couvre mal. Poids 10 %.40 %
- Couverture de la référenceLacunes à proximité dans l'assemblage de référence, où il n'existe aucune séquence à laquelle les lectures puissent s'aligner. Poids 10 %.0 %
A Dante Labs score from our own research, built on NIST's Genome in a Bottle maps of hard-to-sequence regions.How it's scoredChaque barre représente la part des bases exoniques de MANEA présente dans ce type de région difficile. Le score pondère ces parts selon le coût de chacune pour un appel en lectures courtes : 0 lorsqu'aucune base ne figure dans une telle région, 100 lorsque chaque base figure dans toutes.
Liens externes
Fiches de gènes
Transcrit
Protéine
D'où proviennent ces données
- HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
- MANE Select v1.5, issu de NCBI et d'EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
- Les stratifications du génome Genome in a Bottle, publiées par le NIST : le score de difficulté de séquençage.
Citer cette page
Dante Labs. (s.d.). Gène MANEA : mannosidase endo-alpha. Consulté le 18 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/manea
Dante Labs. Gène MANEA : mannosidase endo-alpha [Internet]. [consulté le 18 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/manea
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