Gène
BLID
BH3-like motif containing, cell death inducer
- HGNC 33495↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène Ensembl ENSG00000259571↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène NCBI 414899↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
Résumé
- Localisation cytogénétique
- 11q24.1
- Coordonnées
- Chromosome 11 : 122 115 340–122 116 215 (GRCh38)
- Exons
- 1 exon sur 0,9 kb
- Protéine
- 108 acides aminés
- Aussi appelé
- BRCC2
- Transcrit MANE Select
- ENST00000560104.2NM_001001786.3
- Type de locus
- Codant pour une protéine
- Très élevé
- Fiable
- Faible
- Très faible
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Structure de BLID
- Séquence codante
- Région non traduite
- Intron
- Sens de la transcription
Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.
Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.
Les exons représentent 0,9 kb sur les 0,9 kb du gène ; 327 de ces bases codent pour la protéine.
Séquençage de BLID
0Facile
Difficulté de séquençage de BLID avec des lectures courtes, sur 100
0 · Facile100 · Difficile
Presque tous les exons de BLID se trouvent dans des zones où les lectures courtes s'alignent correctement.
Ce qui s'y ajoute : la part des exons de BLID dans chaque type de zone difficile
- MappabilitéPortions où des lectures de 100 ou 250 pb ne peuvent pas être placées de façon unique, un appel effectué à cet endroit pouvant donc être manquant ou erroné. Poids 35 %.0 %
- HomologieDuplications segmentaires : copies ailleurs dans le génome, comme les paralogues et les pseudogènes, à 90 % d'identité ou plus. Poids 30 %.0 %
- RépétitionsRépétitions en tandem et séquences d'une même base, sur lesquelles les lectures glissent et qu'elles risquent de ne pas couvrir entièrement. Poids 15 %.1,3 %
- Teneur en GCFenêtres contenant moins de 25 % ou plus de 65 % de G et de C, que la préparation de la bibliothèque couvre mal. Poids 10 %.0 %
- Couverture de référenceLacunes de l'assemblage de référence à proximité, où il n'existe aucune séquence sur laquelle les lectures peuvent s'aligner. Poids 10 %.0 %
Un score Dante Labs issu de nos propres recherches, fondé sur les cartes de régions difficiles à séquencer du projet Genome in a Bottle du NIST.Mode de calcul du scoreChaque barre représente la part des bases exoniques de BLID situées dans ce type de zone difficile. Un seul type peut suffire à rendre un gène difficile à analyser, et chaque type supplémentaire ajoute moins : 0 lorsqu'aucune base ne se trouve dans une zone de ce type, 100 lorsque chaque base se trouve dans une zone où les lectures ne peuvent pas être placées de façon unique.
Liens externes
Fiches de gènes
Transcrit
Protéine
D'où proviennent ces données
- HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
- MANE Select v1.5, issu de NCBI et d'EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
- Les stratifications du génome Genome in a Bottle, publiées par le NIST : le score de difficulté de séquençage.
Citer cette page
Dante Labs. (s.d.). Gène BLID : BH3-like motif containing, cell death inducer. Consulté le 18 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/blid
Dante Labs. Gène BLID : BH3-like motif containing, cell death inducer [Internet]. [consulté le 18 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/blid
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