Gène
RUNX1
RUNX family transcription factor 1
- HGNC 10471↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène Ensembl ENSG00000159216↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène NCBI 861↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
Résumé
- Localisation cytogénétique
- 21q22.12
- Coordonnées
- Chromosome 21 : 34 787 801–35 049 302 (GRCh38)
- Exons
- 9 exons sur 261,5 kb
- Protéine
- 480 acides aminés, 51,8 kDa
- Aussi appelé
- PEBP2A2, AMLCR1
- Symboles précédents
- AML1, CBFA2
- Transcrit MANE Select
- ENST00000675419.1NM_001754.5
- Type de locus
- Codant pour une protéine
- Très élevé
- Fiable
- Faible
- Très faible
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Obtenir mon Genome TestRapports d'expertise pertinents pour ce gène
Prédisposition héréditaire à la leucémie myéloïde aiguë
- Autosomique dominant
La plupart des LMA résultent de modifications acquises au cours de la vie dans les cellules sanguines, mais certaines personnes sont porteuses d'une modification héréditaire dans un gène de prédisposition. Il s'agit notamment de RUNX1 (trouble plaquettaire familial), CEBPA, du déficit en GATA2, de la thrombopénie liée à ANKRD26 et ETV6, ainsi que des gènes de la biologie des télomères TERT et TERC. Une seule copie modifiée suffit à augmenter le risque.
- GenCC 11 soumetteur GenCC le juge définitif ou fort
▶Actionnabilité
Le suivi est généralement assuré par un hématologue, avec une surveillance régulière de la numération sanguine et, lorsque cela est recommandé, un bilan médullaire de référence. Connaître la cause est important pour la planification d'une greffe de cellules souches, car les apparentés porteurs de la même modification ne doivent pas être utilisés comme donneurs. Un conseil génétique et un dépistage chez les apparentés sont recommandés.
Thrombocytopénies héréditaires
- Thrombocytopénie héréditaire avec prédisposition aux cancers du sangAutosomique dominant
Groupe dominant de maladies, dont la thrombopénie familiale liée à RUNX1, dans lequel une numération plaquettaire basse ou des plaquettes au fonctionnement altéré s’accompagnent d’un risque accru, au cours de la vie, de cancers myéloïdes du sang tels que le syndrome myélodysplasique et la leucémie myéloïde aiguë.
- ClinGen définitifClinGen juge le lien définitif
- GenCC 66 soumetteurs GenCC le jugent définitif ou fort
▶Actionnabilité
Le fait d’en avoir connaissance permet d’assurer une surveillance régulière de la numération sanguine, et les apparentés proposés comme donneurs de cellules souches peuvent être testés avant le don.
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Obtenir mon Genome TestStructure de RUNX1
- Séquence codante
- Région non traduite
- Intron
- Sens de la transcription
- Sites connus associés à une maladie
- Régions que les lectures courtes peinent à analyser
- Variants avec une page
Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.
Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.
Les exons représentent 6 kb sur les 261,5 kb du gène ; 1 443 de ces bases codent pour la protéine.
Séquençage de RUNX1
6Facile
Difficulté de séquençage de RUNX1 avec des lectures courtes, sur 100
0 · Facile100 · Difficile
Presque tous les exons de RUNX1 se situent dans des zones où les lectures courtes se positionnent sans ambiguïté.
Facteur aggravant : la part des exons de RUNX1 située dans chaque type de région difficile
- MappabilitéPortions où des lectures de 100 ou 250 pb ne peuvent pas être placées de façon unique, si bien qu'un appel dans ces zones peut être manquant ou erroné. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 100.0 %
- HomologieDuplications segmentaires : copies ailleurs dans le génome, comme les paralogues et les pseudogènes, à 90 % d'identité ou plus. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 60.0 %
- Partagé avec le chrYLes régions pseudoautosomales et la région transposée du X, où les chrX et chrY portent la même séquence ou une séquence presque identique, si bien qu'une lecture issue de l'un peut être placée sur l'autre. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 60.0 %
- Couverture de la référenceLacunes dans l'assemblage de référence à proximité, où il n'existe aucune séquence sur laquelle les lectures peuvent s'aligner. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 50.0 %
- RépétitionsRépétitions en tandem et suites d'une même base, sur lesquelles les lectures glissent et qu'elles peuvent ne pas couvrir en entier. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 30.9,2 %
- Teneur en GCFenêtres comportant moins de 25 % ou plus de 65 % de G et de C, que la préparation de la bibliothèque couvre mal. À lui seul, un gène entièrement situé dans ce type de région obtiendrait un score de 20.18 %
Un score Dante Labs issu de nos propres recherches, fondé sur les cartes des régions difficiles à séquencer de Genome in a Bottle du NIST.Mode de calcul du scoreChaque barre représente la part des bases exoniques de RUNX1 située dans ce type de région difficile. Chaque type peut à lui seul rendre un gène difficile, et chaque type supplémentaire ajoute moins : 0 lorsqu'aucune base ne se trouve dans l'un d'eux, 100 lorsque toutes les bases se trouvent dans des zones où les lectures ne peuvent pas être placées de façon unique.
185
positions dans RUNX1 où ClinVar classe une variation comme pathogène ou probablement pathogène
Aucune d'entre elles ne se trouve dans une région que les lectures courtes peinent à analyser.
Un génome complet couvre les 261,5 kb de RUNX1 dans leur totalité, introns compris, et pas seulement les 6 kb d'exons.
Variants avec une page (221)
Les variants RUNX1 disposant d'une page ici, ceux avec le plus d'étoiles de révision en premier. Chaque page décrit le dossier public de ClinVar sur le variant, jamais un résultat.
| Variant | HGVS c. | Exon ou intron | Position (GRCh38) | Classification ClinVar | Statut de révision |
|---|---|---|---|---|---|
| A63Gfs*76 | c.184_187dup | Exon 4 | 34 887 006 | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| A65Rfs*73 | c.191_192insA | Exon 4 | 34 887 002 | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| A65Vfs*82 | c.166_193dup | Exon 4 | 34 887 000 | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| A83Gfs*55 | c.247dup | Exon 4 | 34 886 946 | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| A120Gfs*18 | c.356dup | Exon 5 | 34 880 708 | Probablement pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| A134P | c.400G>C | Exon 5 | 34 880 665 | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| A134Qfs*2 | c.400_404del | Exon 5 | 34 880 660 | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| A134T | c.400G>A | Exon 5 | 34 880 665 | Probablement pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| A134V | c.401C>T | Exon 5 | 34 880 664 | Probablement pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| A142Gfs*2 | c.424dup | Exon 5 | 34 880 640 | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
Variants pathogènes ClinVar (230)
Les variants de RUNX1 que ClinVar classe comme pathogènes ou probablement pathogènes pour une affection quelconque, ayant fait l'objet d'un examen par au moins un déposant selon des critères, ainsi que les plus examinés d'entre eux. Il s'agit du registre public de ClinVar pour ce gène, et non d'un résultat.
- Pathogène 122
- Probablement pathogène 108
| Variant | Affections | Classification ClinVar | Statut de révision |
|---|---|---|---|
| NM_001754.5(RUNX1):c.1412_1413dup (p.Leu472fs) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.1242C>G (p.Tyr414Ter) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.1117_1132del (p.Ser373fs) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.967+2_967+5del | hereditary thrombocytopenia and hematological cancer predisposition syndrome associated with RUNX1 | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.958C>T (p.Arg320Ter) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.861C>A (p.Tyr287Ter) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.861C>G (p.Tyr287Ter) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.847C>T (p.Gln283Ter) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.830del (p.Pro277fs) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.820C>T (p.Gln274Ter) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.814C>T (p.Gln272Ter) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.806-1G>A | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.802C>T (p.Gln268Ter) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.796C>T (p.Gln266Ter) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.784C>T (p.Gln262Ter) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.777_778dup (p.Asn260fs) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.777dup (p.Asn260Ter) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.764_765del (p.His255fs) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.735del (p.Thr246fs) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.735dup (p.Thr246fs) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.723_729dup (p.Ala244fs) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.713_726del (p.Val238fs) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.719del (p.Pro240fs) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.698del (p.Arg233fs) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
| NM_001754.5(RUNX1):c.697del (p.Arg233fs) | hereditary thrombocytopenia and hematologic cancer predisposition syndrome | Pathogène | ★★★★3 étoiles sur 4 examiné par un groupe d'experts |
Voir les 230 avec tous les autres variants RUNX1 de ClinVar → (s'ouvre dans un nouvel onglet)
Gènes liés aux mêmes affections
- ETV6ETS variant transcription factor 6Partage 2 affections
- ANKRD26ankyrin repeat domain 26Partage 1 affection
- CEBPACCAAT enhancer binding protein alphaPartage 1 affection
- GATA2GATA binding protein 2Partage 1 affection
- TERCtelomerase RNA componentPartage 1 affection
- TERTtelomerase reverse transcriptasePartage 1 affection
Traits associés à RUNX1
L'Human Phenotype Ontology répertorie ces traits comme caractéristiques des maladies rares que RUNX1 peut provoquer. La page de chaque trait indique les autres gènes qui lui sont associés.
Abnormality of blood and blood-forming tissues
- Abnormal dense granule content
- Acute monocytic leukemia
- Blood spots
- Ecchymosis
- Impaired ADP-induced platelet aggregation
- Impaired arachidonic acid-induced platelet aggregation
- Impaired collagen-induced platelet aggregation
- Impaired platelet aggregation
Afficher 23 traits supplémentaires
- Low platelet count
- Myeloproliferative disorder
- Petechiae
- Prolonged bleeding time
- Abnormal mast cell morphology
- Abnormal basophil morphology
- Abnormal granulocyte morphology
- Abnormality of blood and blood-forming tissues
- Elevated white blood count
- Increased CD25+ mast cell proportion
- Increased number of platelets in blood
- Acute myeloid leukemia
- Blood cancer
- Blood tumor
- Gastrointestinal bleeding
- Low blood cell count
- Low blood neutrophil count
- Low number of red blood cells or hemoglobin
- Abnormal alpha granule content
- Bloody nose
- Bruising susceptibility
- Cancer of lymphatic system
- Myelodysplasia
Liens externes
Fiches de gènes
Transcrit
Protéine
D'où viennent ces informations
- HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
- MANE Select v1.5, issu du NCBI et de l'EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
- GenCC et ClinGen, publiés en 2026-10-23 : les maladies auxquelles le gène est associé, et le niveau de cette association.
- La liste ACMG des résultats secondaires, SF v3.2.
- ClinVar et les stratifications GIAB : les sites connus à l'origine de maladies, et les régions que les lectures courtes peinent à analyser.
- Les stratifications du génome Genome in a Bottle, issues du NIST : le score de difficulté de séquençage.
- L'Human Phenotype Ontology, version 2026-09-01 : les traits associés au gène. Pour en savoir plus, rendez-vous sur hpo.jax.org.
- Modèle AlphaFold DB AF-Q01196-F1, version 6, issu de Google DeepMind et de l'EMBL-EBI (CC BY 4.0) : la structure de la protéine telle que la prédit AlphaFold, et non telle qu'elle a été mesurée, ainsi que le niveau de confiance accordé à chaque partie.
- Version des données 2026.10.23-dc0c0517.
Citer cette page
Dante Labs. (s.d.). Gène RUNX1 : RUNX family transcription factor 1. Consulté le 23 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/runx1
Dante Labs. Gène RUNX1 : RUNX family transcription factor 1 [Internet]. [consulté le 23 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/runx1
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