Selkäydinlihasatrofia – yhdellä 50:stä ihmisestä on SMN1-geenin muunnos. Kantajuuden tunnistaminen ennen perheen perustamista ja vastasyntyneiden varhainen diagnoosi mahdollistavat pääsyn geeniterapioihin, jotka voivat muuttaa sairauden kulun ratkaisevasti.
Koko genomin sekvensointi tunnistaa SMN1-geenin deleetiot ja SMN2-geenin kopioiden lukumäärän, mikä mahdollistaa oireiden ilmaantumista edeltävän hoidon geeniterapialla tai taudin kulkuun vaikuttavilla lääkkeillä.
Selkäydinlihasatrofia (SMA)
Spinal muscular atrophy (SMA) is an autosomal recessive motor neuron disease caused by loss of function of SMN1 (survival motor neuron 1) gene, resulting in degeneration of anterior horn motor neurons. Incidence is approximately 1 in 6,000–10,000 live births; carrier frequency is approximately 1 in 50 across populations. SMA is characterized by progressive weakness, starting proximally and advancing distally, with respiratory and bulbar involvement in severe forms. The disease is classified into types based on age of onset and maximum motor function achieved: Type I (severe, onset <6 months, never able to sit independently, often fatal by age 2 without treatment), Type II (intermediate, onset 6–18 months, able to sit but never walk), Type III (mild, onset >18 months, able to walk), and Type IV (adult-onset). Approximately 95–98% of SMA cases are caused by homozygous deletion of SMN1 exons 7–8; the remaining cases result from homozygous or compound heterozygous point mutations. Disease severity is dramatically modulated by SMN2 copy number: SMN2 encodes an almost identical protein but with a critical splicing difference that produces mostly non-functional truncated protein; however, approximately 15% of SMN2 transcripts include exon 7, producing functional SMN protein.
SMN1 ja SMN2 ovat lähes identtisiä geenejä (99,9 %:n sekvenssihomologia), jotka sijaitsevat peräkkäin kromosomin 5q13-alueella – alueella, jolla sekvenssihomologia on suurta ja kopioiden lukumäärän vaihtelu yleistä. SMN-geeni koodaa survival motor neuron -proteiinia, joka on välttämätön snRNP-rakenteiden muodostumiselle ja mRNA:n silmukoinnille hermosoluissa; SMN-proteiinin puuttuminen aiheuttaa motoristen neuronien rappeutumista. SMN2-geeniä esiintyy useina kopioina useimmilla yksilöillä (1–4 kopiota, mediaani 2) duplikaation vuoksi. Vaikka SMN2 ei pysty täysin kompensoimaan SMN1:n menetystä eksonin 7 silmukointivajeen vuoksi, SMN2-kopioiden lukumäärä määrää ratkaisevasti taudin vakavuuden: 1–2 kopiota aiheuttaa tyypillisesti tyypin I (vakava); 3 kopiota aiheuttaa tyypin II (keskivaikea); 3–4 kopiota vastaa tyyppiä III (lievä). Vastasyntyneiden seulonnassa löydetyt oireettomat SMA-potilaat, joilla on 2–3 SMN2-kopiota, ovat vaarassa sairastua tyyppiin I tai II; niillä, joilla on ≥4 kopiota, välitön riski on pienempi, vaikka varhainen hoito voi estää fenotyypin ilmentymisen joka tapauksessa.
SMN1/SMN2-geenityypitys on ratkaisevan tärkeää SMA:n diagnoosin ja hoidon valinnan kannalta. Käytettävissä on kolme hyväksyttyä hoitoa: nusinersen (Spinraza), intratekaalisesti annettava antisense-oligonukleotidi, joka säätelee SMN2-geenin silmukointia lisäämään eksonin 7 sisällyttämistä ja täyspitkän SMN2-proteiinin tuotantoa; onasemnogene abeparvovec (Zolgensma), geeniterapia, jossa AAV9:ää käytetään toiminnallisen SMN1-cDNA:n toimittamiseen laskimoon yhtenä infuusiona – kertaluonteinen parantava hoitomuoto, jota nykyään suositellaan oireettomille potilaille; ja risdiplam (Evrysdi), suun kautta otettava silmukointia muokkaava lääke, joka mahdollistaa kotihoidon. Oireettomien potilaiden hoito (vastasyntyneillä diagnosoidut vauvat) tuottaa dramaattisesti parempia tuloksia – useimmat hoidetut oireettomat vauvat eivät koskaan kehitä havaittavia SMA-oireita ja saavuttavat normaalit tai lähes normaalit motoriset kehitysvaiheet. SMN2-kopioiden lukumäärä auttaa ennustamaan taudin luonnollista vakavuutta ja ohjaa ennusteen tekemistä, vaikka varhainen hoito voi estää fenotyypin ilmentymisen jopa potilailla, joilla on määrä olla tyypin I tautia.
Tavallinen sekvensointi ei pysty luotettavasti erottamaan SMN1-geeniä SMN2-geenistä niiden sekvenssien suuren samankaltaisuuden vuoksi. Tarvitaan erityistä kopioiden lukumäärän analysointia.
SMN1- ja SMN2-geenien kopioiden lukumäärän määrittäminen edellyttää erikoistunutta analyysiä
SMA kuuluu nykyään useimpien Yhdysvaltain osavaltioiden RUSP-ohjelmaan (suositeltu yhtenäinen vastasyntyneiden seulontapaneeli), ja kantajaseulonta yleistyy jatkuvasti. Tavallisella sekvensoinnilla ei voida luotettavasti erottaa SMN1- ja SMN2-kopioita toisistaan, koska niiden sekvenssien homologia on 99,9 %; tarvitaan erikoistuneita kopioiden lukumäärän analysointitekniikoita (vertaileva genomin hybridisaatio, MLPA tai kohdennettu NGS erikoistuneella lukemien kartoituksella). Kantajaseulontapaneelit havaitsevat tyypillisesti SMN1-deleetion, mutta eivät välttämättä pysty määrittämään SMN2-kopioiden lukumäärää tarkasti. Koko genomin sekvensointi erikoistuneilla kopioiden lukumäärän tunnistusalgoritmeilla voi tarjota tarkan arvion SMN1/SMN2-kopioiden lukumäärästä, mikä mahdollistaa kattavan kantajaseulonnan ja taudin vakavuuden ennustamisen.
SMN2-geenin kopioiden lukumäärä määrää taudin vakavuuden ja ohjaa oireiden ilmaantumista edeltävää hoitoa
SMN2-geenin kopioiden lukumäärä on tärkein taudin vakavuutta määrittävä tekijä: 1–2 kopiota ennustavat tyypin I tautia (vakava, puhkeaa vauvaiässä); 3 kopiota ennustavat tyypin II tautia (keskivaikea, puhkeaa 6–18 kuukauden iässä); 3–4 kopiota vastaavat tyypin III tautia (lievä, potilas kykenee kävelemään). Vastasyntyneiden seulonnassa havaitut oireettomat SMA-potilaat, joilla on 2–3 SMN2-kopiota, ovat vaarassa sairastua nopeasti etenevään tautiin ja tarvitsevat välitöntä hoidon aloittamista. Niillä, joilla on ≥4 kopiota, välitön riski on pienempi, mutta he hyötyvät varhaisesta hoidosta. Kolme hyväksyttyä hoitoa tarjoavat mullistavia tuloksia: geeniterapia (Zolgensma) on kertaluonteinen parannuskeino; antisense-terapia (Spinraza) vaatii toistuvia intratekaalisia infuusioita; suun kautta otettava hoito (Evrysdi) mahdollistaa kotihoidon. Potilaskertomukseen dokumentoitu SMN-genotyyppi mahdollistaa oireettoman diagnoosin ja hoidon nopean aloittamisen, mikä estää taudin etenemisen ja mahdollistaa normaalin motorisen kehityksen.
Koko DNA:si (ei vain osa siitä)
Perinteisissä geenitesteissä tutkitaan vain rajattuja geenijoukkoja, jolloin suurin osa genomistasi jää huomioimatta. Me sekvensoimme koko genomisi – jokaisen geenin ja jokaisen geenien välisen alueen.
Kattavat analyysit ja erikoistuneet raportit
Helppolukuinen ja sisältää vastauksia, joiden pohjalta sinä ja lääkärisi voitte toimia. Ei tulkittavaa asiakirjaa – yli 200 kliinistä raporttia, luokiteltuina aihepiireittäin.
Testisi arvo kasvaa vuosi vuodelta
DNA:si ei muutu, mutta genomiikan kehitys etenee vauhdilla. Joka kuukausi löydetään uusia yhteyksiä muunnosten ja sairauksien välillä. Vahvistamme nämä havainnot ja päivitämme raporttisi automaattisesti. Testisi arvo kasvaa vuosi vuodelta.
Tulokset, joita lääkärit saavuttavat vaikeimmissakin tapauksissaan.
Neljäkymmentä vuotta epävarmuutta. Yksi testi.
Potilas oli viettänyt vuosikymmeniä Ison-Britannian terveydenhuoltojärjestelmässä ilman diagnoosia. Glasgow’n Queen Elizabeth University Hospitalin NHS-hoitotiimit hyväksyivät Dante-tietokannan avulla Noonanin oireyhtymän ja RUNX1-geenin leukemiaan liittyvän muunnoksen, jota ei ollut aiemmin havaittu. 40 vuoden jälkeen he saivat vihdoin vastauksen.
Koko tekstin lukeminen antaa kattavan kuvan.
Potilas hakeutui Danten vastaanotolle selvittämään jaksottaista halvausoireilua. Koko genomin sekvensointi paljasti samanaikaisen perinnöllisen sydänsairauden – Brugadan oireyhtymän –, jonka potilaan oma lääkäri vahvisti EKG-tutkimuksella. Tulos selitti myös erään perheenjäsenen aiemmin selittämättömän sydäntaustan. Yksi testi. Kaikki vastaukset siinä.
Sekvensoitu vuonna 2019. Tiedot käsiteltiin vuonna 2021.
Jennifer sekvensoitti genominsa Danten avulla kaksi vuotta ennen rintasyövän diagnoosia. Kun hoito alkoi, Danten farmakogenomiikkatiedot osoittivat, että hänelle määrätty kemoterapia aiheuttaisi vakavia haittavaikutuksia. Hänen lääkärinsä valitsi vaihtoehtoisen hoidon – ja hän sai tehokasta hoitoa heti alusta alkaen.
Jokaiseen geneettiseen kysymykseen ansaitsee saada kattavan vastauksen.
Etsitpä sitten vastauksia tänään tai huolehditpa terveydestäsi tulevaisuutta varten, koko genomin kattava sekvensointi on ainoa oikea lähtökohta.
Se kulkee suvussasi. Nyt voit selvittää, kulkeeko se geeneissäsi.
Genomissasi on perinnöllisiä muunnoksia, jotka liittyvät esimerkiksi sydän-, syöpä- ja neurologisiin sairauksiin. Analysoimme ne kaikki – ja annamme tuloksille merkityksen kliinisen asiantuntemuksemme avulla.
Lisätietoja →Kun perinteiset laboratoriotestit osoittavat, että olet kunnossa. Mutta tiedät, että et ole.
Tavanomaisissa diagnostisissa testeissä etsitään ennalta määriteltyjä vastauksia. Me sekvensoimme koko DNA:si — myös ne osat, joita mikään testi ei ole suunniteltu tutkimaan. Jos vastaus löytyy genomistasi, autamme sinua löytämään sen.
Lisätietoja →Diagnoosisi saattaa olla oikea. Hoitosuunnitelmasi saattaa olla puutteellinen.
Geenisi määräävät, mitkä hoidot todennäköisesti tehoavat – ja mitkä eivät. Annamme lääkärillesi työkalut ja tiedot, joiden avulla hän voi laatia sinulle sopivan hoitosuunnitelman.
Lisätietoja →Haluat tietää sen, ennen kuin jokin pakottaa sinut ottamaan asian esille.
Jotkut eivät odota diagnoosia tai sukututkimuksen tuloksia ryhtyäkseen toimeen. Koko genomin sekvensointi antaa sinulle täydellisen kuvan perimästäsi jo nyt – joten sinä ja lääkärisi voitte tehdä tietoon perustuvia päätöksiä ennen kuin tilanne muuttuu kiireelliseksi.
Lisätietoja →Olet jo tehnyt DNA-testin. Tässä on asioita, joita se ei pystynyt kertomaan sinulle.
Useimmat kuluttajille tarkoitetut DNA-testit analysoivat alle 0,1 % genomistasi. Me analysoimme sen kokonaan.
Lisätietoja →Kliinisen tason tulokset. Yksityishenkilöiden suosima, lääkäreiden luottama ratkaisu vaikeimpiin tapauksiin.
Dante Genome Test auttoi erään brittiläisen kansallisen akuuttihoidon sairaalan asiantuntijoita tunnistamaan Noonanin oireyhtymän sekä harvinaisen, leukemiaan liittyvän geneettisen muunnoksen, jota ei ollut aiemmin havaittu. Tämä tulos muutti potilaan hoitoa.
Hyväksytty ja julkaistu
Usein kysyttyjä kysymyksiä koko genomin sekvensoinnista.
Mitä eroa on koko genomin sekvensoinnilla ja kohdennetulla geenitestillä?
Kohdennetut geenitestit – mukaan lukien tavanomaiset perinnöllisen syövän testipaneelit – tutkivat ennalta määriteltyä luetteloa tunnettuja variaatioita tietyssä geenijoukossa. Ne on suunniteltu löytämään juuri ne muutokset, joita niiden tiedetään etsivän. Koko genomin sekvensointi kartoittaa koko genomin: kaikki 6 miljardia emäsparia, jokaisen geenin ja jokaisen geenien välisen alueen. JAMA Oncology -lehdessä julkaistu Mayo Clinicin tutkimus osoitti, että tavanomaisissa testausohjeissa jäi huomaamatta yli puolet potilaista, joilla oli perinnöllisiä syöpämutaatioita. Genome Testillä ei ole kiinteää luetteloa.
Mitä saan, kun tulokset ovat valmiit?
Dante Genome -palvelu tarjoaa yli 200 lääkärikäyttöön soveltuvaa raporttia, jotka on ryhmitelty kliinisten luokkien mukaan – perinnöllinen syöpä, sydänsairaudet, harvinaissairaudet, farmakogenomiikka, kantajastatus ja paljon muuta. Raportit toimitetaan suojattuun Genome Manager -palveluun, ja ne on muotoiltu suoraan kliiniseen käyttöön. Genomitietosi säilytetään pysyvästi ja analysoidaan uudelleen automaattisesti tieteen kehittyessä.
Mitä tapahtuu, jos löydetään kliinisesti merkittävä muunnos?
Jos havaitaan patogeeninen tai todennäköisesti patogeeninen variantti, se merkitään selvästi lääkärille tarkoitetussa raportissa, jossa esitetään kliininen tausta, julkaistu tutkimustieto sekä suositellut jatkotoimenpiteet. Suosittelemme, että kerrot kaikista kliinisesti merkittävistä löydöksistä lääkärillesi tai geenineuvojalle, joka voi opastaa sinua seurantaa, riskien vähentämistä tai perheenjäsenten peräkkäistestausta koskevissa päätöksissä.
Miten tämä eroaa kuluttajille suunnatuista DNA-testeistä, kuten 23andMe tai AncestryDNA?
Kuluttajille suunnatuissa DNA-testeissä käytetään genotyyppauspiirejä, jotka lukevat alle 0,1 % genominne sisällöstä – eli vain pienen, etukäteen valitun joukon yleisiä variantteja. Ne on optimoitu sukututkimukseen ja väestötason ominaisuuksien määrittämiseen, eivät kliinisiin geneettisiin löydöksiin. Dante-genomitesti sekvensoivat 100 % genomistasi 30-kertaisella peitolla, mikä on sama standardi kuin kliinisissä diagnostisissa ympäristöissä. Näitä kahta testiä ei voi verrata toisiinsa laajuuden, menetelmien tai kliinisen hyödyn suhteen.
Kuinka kauan tulosten saaminen kestää, ja miten ne toimitetaan?
Näytteenottosarja lähetetään 48 tunnin kuluessa tilauksesta. Kun näyte saapuu CLIA-sertifioituun laboratorioomme, sekvensointi ja analysointi kestävät 6–8 viikkoa. Tulokset toimitetaan turvallisesti Genome Manager -palveluun, jossa voit tarkastella raportteja, jakaa ne lääkärillesi ja saada automaattisia päivityksiä, kun uusia havaintoja vahvistetaan genomin perusteella.
Teemme yhteistyötä potilasjärjestöjen kanssa ympäri maailmaa.
Dante Labs tekee yhteistyötä kaiken kokoisien potilasjärjestöjen kanssa – selkäydinlihasatrofian (SMA) sekä muiden sairauksien, niin harvinaisten kuin yleistenkin, osalta. Tuemme järjestöjä kaikissa maissa, mukaan lukien virtuaaliset potilasjärjestöt.
Voimme tarjota räätälöityjä raportteja, ryhmäalennuksia ja juuri jäsenillenne sovitettuja paketteja. Ottakaa yhteyttä lomakkeen kautta, niin otamme teihin yhteyttä kahden työpäivän kuluessa.
- Jäsenillesi räätälöidyt genomi-raportit
- Ryhmäalennukset ja räätälöidyt paketit
- Mikä tahansa maa – mukaan lukien virtuaaliset ryhmät
- Käsiteltävät harvinaiset ja yleiset sairaudet
Viesti vastaanotettu.
Otamme sinuun yhteyttä kahden työpäivän kuluessa. Jos haluat ottaa suoraan yhteyttä: hello@dantelabs.com
Yksi testi.
Vastauksia koko elämän ajaksi.
Yksi paketti, joka toimitetaan kotiisi. Koko genomisi sekvensoidaan diagnostisissa päätöksissä käytetyn kliinisen standardin mukaisesti. Yli 200 lääkärille tarkoitettua raporttia toimitetaan Genome Manager -palveluun 6–8 viikon kuluessa – ne ovat pysyviä ja päivitetään tieteen kehittyessä.
Lähetetään 48 tunnin kuluessa · Tulokset 6–8 viikon kuluttua