PMS2-geeni — PMS2-geenin aiheuttaman Lynchin oireyhtymän syövän penetraatioaste on alhaisempi kuin MLH1- tai MSH2-geenin, mutta pseudogeeni PMS2CL tekee tavanomaisista geenitesteistä epäluotettavia, ja koko genomin sekvensointi (WGS) tarjoaa tarkemman arvion.
Koko genomin sekvensointi mahdollistaa PMS2-geenin tarkemman arvioinnin kuin paneelitestaus, sillä se kattaa monimutkaisen PMS2/PMS2CL-pseudogeenialueen ja erottaa todelliset patogeeniset variantit pseudogeenisekvensseistä.
PMS2-geeni — Lynchin oireyhtymä
PMS2-geeni (kromosomi 7p22.1) koodaa DNA:n epäsuhtakorjausproteiinia. Patogeeniset PMS2-variantit aiheuttavat Lynchin oireyhtymän, jonka penetranssi on alhaisempi kuin MLH1/MSH2:n — noin 15–20 %:n elinikäinen paksusuolisyövän riski ja 15 %:n kohdun limakalvon syövän riski (verrattuna MLH1/MSH2:n 50–80 %:n paksusuolisyövän riskiin). Alhaisemmasta penetranssista huolimatta PMS2-Lynch aiheuttaa silti kliinisesti merkittävän syöpäriskin, joka vaatii tehostettua seurantaa.
PMS2-geenin testaamisessa on erityinen haaste: pseudogeeni PMS2CL on sekvenssiltään yli 98-prosenttisesti identtinen PMS2-geenin eksonien 1–5 kanssa, mikä aiheuttaa varianttien virheellistä luokittelua tavanomaisissa uuden sukupolven sekvensointipaneeleissa. Pseudogeenin variantit saatetaan virheellisesti tunnistaa PMS2-geenin patogeenisiksi varianteiksi (vääriä positiivisia), tai todelliset PMS2-variantit saatetaan hylätä pseudogeenin aiheuttamina artefakteina (vääriä negatiivisia). Pitkän kantaman PCR, geenikohtainen amplifikaatio tai koko genomin kattavat menetelmät parantavat tarkkuutta.
PMS2-Lynch-oireyhtymän hoitoon kuuluu kolonoskopia 1–2 vuoden välein 25–30-vuotiaana (MLH1/MSH2-oireyhtymää myöhemmin, koska penetraatioaste on alhaisempi), kohdun limakalvon syövän seuranta naispuolisilla kantajilla sekä aspiriinin käyttö kemopreventiivisenä hoitona. Immunoterapia on erittäin tehokas PMS2-puutteisissa syövissä — MSI-high/dMMR-kasvaimet reagoivat dramaattisesti pembrolitsumabiin riippumatta siitä, mikä MMR-geeni on puutteellinen.
PMS2-pseudogeeni PMS2CL vaikeuttaa tavanomaisia geenitestejä. Variantit luokitellaan usein virheellisesti. Jos olet saanut PMS2-geenin osalta ”VUS”- tai ”patogeeninen”-tuloksia paneelitestissä, suositellaan vahvistusta koko genomin sekvensointitestillä (WGS).
PMS2 on pseudogeenin vuoksi vaikeimmin tarkasti testattava Lynch-geeni. Koko genomin sekvensointi (WGS) tarjoaa paremman arvioinnin, sillä se ottaa huomioon koko genomin kontekstin ja vähentää pseudogeenin aiheuttamia vääriä positiivisia ja negatiivisia tuloksia.
Pseudogeenien aiheuttama häiriö johtaa PMS2-geenin vääriin positiivisiin ja negatiivisiin tuloksiin — koko genomin sekvensointi (WGS) ratkaisee epäselvyyden
Tavallisissa NGS-paneeleissa variantit luokitellaan usein virheellisesti joko PMS2- tai PMS2CL-geeniksi. Potilaalla, jolle on ilmoitettu PMS2-geenin patogeeninen variantti, voi todellisuudessa olla hyvänlaatuinen pseudogeenivariantti (väärä positiivinen tulos → tarpeeton seuranta). Toisaalta todellinen PMS2-variantti saatetaan suodattaa pois pseudogeenikohinana (väärä negatiivinen tulos → Lynch-diagnoosin jääminen huomaamatta). WGS-menetelmä lukee koko genomin kontekstin, mikä parantaa varianttien luokittelun tarkkuutta.
PMS2-Lynch-syövät reagoivat immunoterapiaan – dMMR-tila mahdollistaa pembrolitsumabin käytön riippumatta siitä, mikä MMR-geeni on kyseessä
PMS2-puutteiset kasvaimet ovat MSI-positiivisia ja reagoivat immuunivalvontapisteiden estäjiin. Pembrolitsumabi on FDA:n hyväksymä kaikkien MSI-positiivisten/dMMR-syöpien hoitoon riippumatta syövän alkuperäisestä kudoksesta. PMS2-geenin perimän tilan vahvistaminen paljastaa MSI-positiivisuuden taustalla olevan molekyylimekanismin ja käynnistää perheen jäsenten peräkkäiset testaukset.
Koko DNA:si (ei vain osa siitä)
Perinteisissä geenitesteissä tutkitaan vain rajattuja geenijoukkoja, jolloin suurin osa genomistasi jää huomioimatta. Me sekvensoimme koko genomisi – jokaisen geenin ja jokaisen geenien välisen alueen.
Kattavat analyysit ja erikoistuneet raportit
Helppolukuinen ja sisältää vastauksia, joiden pohjalta sinä ja lääkärisi voitte toimia. Ei tulkittavaa asiakirjaa – yli 200 kliinistä raporttia, luokiteltuina aihepiireittäin.
Testisi arvo kasvaa vuosi vuodelta
DNA:si ei muutu, mutta genomiikan kehitys etenee vauhdilla. Joka kuukausi löydetään uusia yhteyksiä muunnosten ja sairauksien välillä. Vahvistamme nämä havainnot ja päivitämme raporttisi automaattisesti. Testisi arvo kasvaa vuosi vuodelta.
Tulokset, joita lääkärit saavuttavat vaikeimmissakin tapauksissaan.
Neljäkymmentä vuotta epävarmuutta. Yksi testi.
Potilas oli viettänyt vuosikymmeniä Ison-Britannian terveydenhuoltojärjestelmässä ilman diagnoosia. Glasgow’n Queen Elizabeth University Hospitalin NHS-hoitotiimit hyväksyivät Dante-tietokannan avulla Noonanin oireyhtymän ja RUNX1-geenin leukemiaan liittyvän muunnoksen, jota ei ollut aiemmin havaittu. 40 vuoden jälkeen he saivat vihdoin vastauksen.
Koko tekstin lukeminen antaa kattavan kuvan.
Potilas hakeutui Danten vastaanotolle selvittämään jaksottaista halvausoireilua. Koko genomin sekvensointi paljasti samanaikaisen perinnöllisen sydänsairauden – Brugadan oireyhtymän –, jonka potilaan oma lääkäri vahvisti EKG-tutkimuksella. Tulos selitti myös erään perheenjäsenen aiemmin selittämättömän sydäntaustan. Yksi testi. Kaikki vastaukset siinä.
Sekvensoitu vuonna 2019. Tiedot käsiteltiin vuonna 2021.
Jennifer sekvensoitti genominsa Danten avulla kaksi vuotta ennen rintasyövän diagnoosia. Kun hoito alkoi, Danten farmakogenomiikkatiedot osoittivat, että hänelle määrätty kemoterapia aiheuttaisi vakavia haittavaikutuksia. Hänen lääkärinsä valitsi vaihtoehtoisen hoidon – ja hän sai tehokasta hoitoa heti alusta alkaen.
Jokaiseen geneettiseen kysymykseen ansaitsee saada kattavan vastauksen.
Etsitpä sitten vastauksia tänään tai huolehditpa terveydestäsi tulevaisuutta varten, koko genomin kattava sekvensointi on ainoa oikea lähtökohta.
Se kulkee suvussasi. Nyt voit selvittää, kulkeeko se geeneissäsi.
Genomissasi on perinnöllisiä muunnoksia, jotka liittyvät esimerkiksi sydän-, syöpä- ja neurologisiin sairauksiin. Analysoimme ne kaikki – ja annamme tuloksille merkityksen kliinisen asiantuntemuksemme avulla.
Lisätietoja →Kun perinteiset laboratoriotestit osoittavat, että olet kunnossa. Mutta tiedät, että et ole.
Tavanomaisissa diagnostisissa testeissä etsitään ennalta määriteltyjä vastauksia. Me sekvensoimme koko DNA:si — myös ne osat, joita mikään testi ei ole suunniteltu tutkimaan. Jos vastaus löytyy genomistasi, autamme sinua löytämään sen.
Lisätietoja →Diagnoosisi saattaa olla oikea. Hoitosuunnitelmasi saattaa olla puutteellinen.
Geenisi määräävät, mitkä hoidot todennäköisesti tehoavat – ja mitkä eivät. Annamme lääkärillesi työkalut ja tiedot, joiden avulla hän voi laatia sinulle sopivan hoitosuunnitelman.
Lisätietoja →Haluat tietää sen, ennen kuin jokin pakottaa sinut ottamaan asian esille.
Jotkut eivät odota diagnoosia tai sukututkimuksen tuloksia ryhtyäkseen toimeen. Koko genomin sekvensointi antaa sinulle täydellisen kuvan perimästäsi jo nyt – joten sinä ja lääkärisi voitte tehdä tietoon perustuvia päätöksiä ennen kuin tilanne muuttuu kiireelliseksi.
Lisätietoja →Olet jo tehnyt DNA-testin. Tässä on asioita, joita se ei pystynyt kertomaan sinulle.
Useimmat kuluttajille tarkoitetut DNA-testit analysoivat alle 0,1 % genomistasi. Me analysoimme sen kokonaan.
Lisätietoja →Kliinisen tason tulokset. Yksityishenkilöiden suosima, lääkäreiden luottama ratkaisu vaikeimpiin tapauksiin.
Dante Genome Test auttoi erään brittiläisen kansallisen akuuttihoidon sairaalan asiantuntijoita tunnistamaan Noonanin oireyhtymän sekä harvinaisen, leukemiaan liittyvän geneettisen muunnoksen, jota ei ollut aiemmin havaittu. Tämä tulos muutti potilaan hoitoa.
Hyväksytty ja julkaistu
Usein kysyttyjä kysymyksiä koko genomin sekvensoinnista.
Mitä eroa on koko genomin sekvensoinnilla ja kohdennetulla geenitestillä?
Kohdennetut geenitestit – mukaan lukien tavanomaiset perinnöllisen syövän testipaneelit – tutkivat ennalta määriteltyä luetteloa tunnettuja variaatioita tietyssä geenijoukossa. Ne on suunniteltu löytämään juuri ne muutokset, joita niiden tiedetään etsivän. Koko genomin sekvensointi kartoittaa koko genomin: kaikki 6 miljardia emäsparia, jokaisen geenin ja jokaisen geenien välisen alueen. JAMA Oncology -lehdessä julkaistu Mayo Clinicin tutkimus osoitti, että tavanomaisissa testausohjeissa jäi huomaamatta yli puolet potilaista, joilla oli perinnöllisiä syöpämutaatioita. Genome Testillä ei ole kiinteää luetteloa.
Mitä saan, kun tulokset ovat valmiit?
Dante Genome -palvelu tarjoaa yli 200 lääkärikäyttöön soveltuvaa raporttia, jotka on ryhmitelty kliinisten luokkien mukaan – perinnöllinen syöpä, sydänsairaudet, harvinaissairaudet, farmakogenomiikka, kantajastatus ja paljon muuta. Raportit toimitetaan suojattuun Genome Manager -palveluun, ja ne on muotoiltu suoraan kliiniseen käyttöön. Genomitietosi säilytetään pysyvästi ja analysoidaan uudelleen automaattisesti tieteen kehittyessä.
Mitä tapahtuu, jos löydetään kliinisesti merkittävä muunnos?
Jos havaitaan patogeeninen tai todennäköisesti patogeeninen variantti, se merkitään selvästi lääkärille tarkoitetussa raportissa, jossa esitetään kliininen tausta, julkaistu tutkimustieto sekä suositellut jatkotoimenpiteet. Suosittelemme, että kerrot kaikista kliinisesti merkittävistä löydöksistä lääkärillesi tai geenineuvojalle, joka voi opastaa sinua seurantaa, riskien vähentämistä tai perheenjäsenten peräkkäistestausta koskevissa päätöksissä.
Miten tämä eroaa kuluttajille suunnatuista DNA-testeistä, kuten 23andMe tai AncestryDNA?
Kuluttajille suunnatuissa DNA-testeissä käytetään genotyyppauspiirejä, jotka lukevat alle 0,1 % genominne sisällöstä – eli vain pienen, etukäteen valitun joukon yleisiä variantteja. Ne on optimoitu sukututkimukseen ja väestötason ominaisuuksien määrittämiseen, eivät kliinisiin geneettisiin löydöksiin. Dante-genomitesti sekvensoivat 100 % genomistasi 30-kertaisella peitolla, mikä on sama standardi kuin kliinisissä diagnostisissa ympäristöissä. Näitä kahta testiä ei voi verrata toisiinsa laajuuden, menetelmien tai kliinisen hyödyn suhteen.
Kuinka kauan tulosten saaminen kestää, ja miten ne toimitetaan?
Näytteenottosarja lähetetään 48 tunnin kuluessa tilauksesta. Kun näyte saapuu CLIA-sertifioituun laboratorioomme, sekvensointi ja analysointi kestävät 6–8 viikkoa. Tulokset toimitetaan turvallisesti Genome Manager -palveluun, jossa voit tarkastella raportteja, jakaa ne lääkärillesi ja saada automaattisia päivityksiä, kun uusia havaintoja vahvistetaan genomin perusteella.
Teemme yhteistyötä potilasjärjestöjen kanssa ympäri maailmaa.
Dante Labs tekee yhteistyötä kaiken kokoisien potilasjärjestöjen kanssa – PMS2-geenin aiheuttaman Lynchin oireyhtymän sekä muiden sairauksien, niin harvinaisten kuin yleistenkin, osalta. Tuemme järjestöjä kaikissa maissa, mukaan lukien virtuaaliset potilasjärjestöt.
Voimme tarjota räätälöityjä raportteja, ryhmäalennuksia ja juuri jäsenillenne sovitettuja paketteja. Ottakaa yhteyttä lomakkeen kautta, niin otamme teihin yhteyttä kahden työpäivän kuluessa.
- Jäsenillesi räätälöidyt genomi-raportit
- Ryhmäalennukset ja räätälöidyt paketit
- Mikä tahansa maa – mukaan lukien virtuaaliset ryhmät
- Käsiteltävät harvinaiset ja yleiset sairaudet
Viesti vastaanotettu.
Otamme sinuun yhteyttä kahden työpäivän kuluessa. Jos haluat ottaa suoraan yhteyttä: hello@dantelabs.com
Yksi testi.
Vastauksia koko elämän ajaksi.
Yksi paketti, joka toimitetaan kotiisi. Koko genomisi sekvensoidaan diagnostisissa päätöksissä käytetyn kliinisen standardin mukaisesti. Yli 200 lääkärille tarkoitettua raporttia toimitetaan Genome Manager -palveluun 6–8 viikon kuluessa – ne ovat pysyviä ja päivitetään tieteen kehittyessä.
Lähetetään 48 tunnin kuluessa · Tulokset 6–8 viikon kuluttua
