Perinnöllinen adenomatoottinen polypoosi — satoja tai tuhansia paksusuolen ja peräsuolen polyyppejä, jotka johtuvat APC-geenin toimintahäiriöstä ja jotka ilman kirurgista hoitoa muuttuvat lähes varmasti syöväksi.
Koko genomin sekvensointi kartoittaa APC-geenin koko sekvenssin – mukaan lukien syvällä intronien sisällä sijaitsevat alueet, suuret deleetiot ja mosaiikkimuunnokset, joita tavanomaisilla perinnöllisen syövän seulontapaneeleilla ei pystytä havaitsemaan.
Perinnöllinen adenomatoottinen polypoosi
Perinnöllinen adenomatoottinen polypoosi (FAP) on autosomaalisesti dominantti perinnöllinen paksusuolen syöpäoireyhtymä, jonka aiheuttavat patogeeniset variantit kromosomin 5q22.2:lla sijaitsevassa APC-kasvainsuppressorigeenissä (adenomatous polyposis coli). Klassista FAP:ta leimaa satojen tai jopa tuhansien adenomatoottisten polyyppien kehittyminen koko paksusuolessa, ja oireet ilmenevät tyypillisesti 20–30-vuotiaana. Ilman kirurgista hoitoa kolorektaalisyöpä on käytännössä väistämätön viidennellä elinvuosikymmenellä – elinikäinen kolorektaalisyövän riski lähestyy 100 %:a hoitamattomassa klassisessa FAP:ssa. FAP:n osuus kaikista kolorektaalisyövistä on noin 0,5–1 %, ja sen arvioidaan vaikuttavan 1:5 000–1:10 000 henkilöön.
Lievä FAP (AFAP) on lievempi fenotyyppinen variantti, joka johtuu mutaatioista tietyissä APC-geenin alueissa (5'-päässä, eksonissa 9 tai 3'-päässä) ja jolle on ominaista pienempi polyyppien määrä (10–100), myöhempi polypoosin puhkeaminen, pienempi mutta silti huomattavasti kohonnut paksusuolisyövän riski sekä vaihtelevampi ilmentyminen. FAP:n genotyyppi-fenotyyppikorrelaatiot ovat vakiintuneita: variantit kodoneissa 1250–1464 (erityisesti kodoni 1309) liittyvät tiheään polypoosiin ja aikaisempaan kolorektaalisyöpään; kodonien 1310–1330 ja 1445–1580 variantit liittyvät suurempaan desmoidikasvainten riskiin; ja 5'-päässä olevat variantit liittyvät AFAP:hen. Paksusuolen ulkopuoliset oireet — mukaan lukien pohjukaissuolen adenoomat (100 %:n elinikäinen riski), kilpirauhassyöpä, hepatoblastooma (lapsilla), desmoidikasvaimet, verkkokalvon pigmenttiepiteelin synnynnäinen hypertrofia (CHRPE) ja osteoomat — vaihtelevat APC-variantin sijainnin mukaan.
Noin 20–30 % klassisesta FAP:sta johtuu de novo -tyyppisistä APC-muunnoksista ilman polypoosin suvussa esiintymistä. Lisäksi 7–10 %:lla potilaista, jotka täyttävät FAP:n kliiniset kriteerit, ei löydy havaittavaa APC-muunnosta tavanomaisella sekvensoinnilla – tällä ryhmällä voi olla syvällä intronissa sijaitsevia splaissausmuunnoksia, suuria genomin uudelleenjärjestelyjä (deleetioita, duplikaatioita) tai somaattista mosaiikkisuutta, joita tavanomaisilla geenipaneelitesteillä ei voida havaita. Biallelisten MUTYH-varianttien aiheuttama MUTYH-assosioitunut polypoosi (MAP) voi tuottaa fenotyypin, jota ei voida erottaa lieventyneestä FAP:sta, ja se edellyttää samanaikaista MUTYH-genotyyppausta APC-negatiivisilla polypoosipotilailla.
Klassinen FAP, lieventynyt FAP (AFAP) ja MUTYH-geeniin liittyvä polypoosi (MAP) aiheuttavat toisiinsa osittain päällekkäisiä kliinisiä oirekuvia, joilla on erilaiset geneettiset syyt ja kirurgiset vaikutukset. APC-geenin mutaation sijainti määrää suoliston ulkopuolisten oireiden riskin.
Tavanomaisissa perinnöllisen syövän geenitestipaketeissa tutkitaan APC-geenin koodaavia eksoneja. Niistä jäävät huomaamatta syvällä intronissa sijaitsevat variantit, suuret järjestysmuutokset ja mosaiikkimutaatiot – juuri ne variantit, jotka selittävät negatiiviset testitulokset kliinisesti sairastuneissa suvuissa.
Jopa 30 %:lla kliinisesti diagnosoiduista FAP-potilaista APC-tulos on negatiivinen vakiotutkimuksissa
Tavanomaisissa perinnöllisen syövän testipaneeleissa sekvensoidaan APC-geenin koodaava alue ja splays-kohdat. Ne eivät tunnista luotettavasti suuria, useita eksoneja kattavia genomin deleetioita tai duplikaatioita, syviä intronivariaatioita, jotka aiheuttavat poikkeavia splays-kohtia, tai somaattista mosaiikkisuutta – jossa APC-mutaatio esiintyy vain osassa soluista. Tutkimuksissa on havaittu, että 7–10 %:lla klassisista FAP-potilaista, joilla ei ole tunnistettuja APC-koodausvariantteja, on syviä intronivariaatioita tai rakenteellisia uudelleenjärjestelyjä, jotka ovat havaittavissa vain kattavalla genomin analyysillä. Lisäksi osalla potilaista on somaattisia mosaiikkisia APC-mutaatioita, joissa 10–20 %:n varianttialleeliosuudet voivat jäädä huomaamatta tavallisten sekvensointipaneelien sekvensointisyvyyksillä. Koko genomin sekvensointi 30-kertaisella kattavuudella ja kopioiden lukumäärän variaatioanalyysillä ratkaisee kaikki nämä ongelmat.
APC-muunnoksen sijainti määrää leikkausstrategian ja seurannan tiheyden
FAP:n kolorektaalinen kirurginen hoito ei ole kaikille samaa. Potilaat, joilla on kodonien 1250–1464 variantteja ja tiheä polypoosi, tarvitsevat tyypillisesti korjaavan proktokolektomian ja ileaalipussin ja peräaukon välisen anastomoosin. AFAP-potilaita tai potilaita, joilla on harva polypoosi, voidaan hoitaa segmentaalisella kolektomialla ja ileorektaalisella anastomoosilla sekä endoskooppisella seurannalla. Desmoidien riskiluokitus – joka on kriittinen tekijä leikkaussuunnittelussa potilailla, joilla on riski vatsaontelon desmoidikasvaimille – riippuu APC-variantin sijainnista kodoneissa 1310–1580. Mikään näistä genotyyppi-fenotyyppiluokituksista ei ole mahdollinen ilman täydellistä APC-genotyyppiä, mikä edellyttää koko geenin sekvensointia, mukaan lukien säätely- ja intronialueet.
Koko DNA:si (ei vain osa siitä)
Perinteisissä geenitesteissä tutkitaan vain rajattuja geenijoukkoja, jolloin suurin osa genomistasi jää huomioimatta. Me sekvensoimme koko genomisi – jokaisen geenin ja jokaisen geenien välisen alueen.
Kattavat analyysit ja erikoistuneet raportit
Helppolukuinen ja sisältää vastauksia, joiden pohjalta sinä ja lääkärisi voitte toimia. Ei tulkittavaa asiakirjaa – yli 200 kliinistä raporttia, luokiteltuina aihepiireittäin.
Testisi arvo kasvaa vuosi vuodelta
DNA:si ei muutu, mutta genomiikan kehitys etenee vauhdilla. Joka kuukausi löydetään uusia yhteyksiä muunnosten ja sairauksien välillä. Vahvistamme nämä havainnot ja päivitämme raporttisi automaattisesti. Testisi arvo kasvaa vuosi vuodelta.
Tulokset, joita lääkärit saavuttavat vaikeimmissakin tapauksissaan.
Neljäkymmentä vuotta epävarmuutta. Yksi testi.
Potilas oli viettänyt vuosikymmeniä Ison-Britannian terveydenhuoltojärjestelmässä ilman diagnoosia. Glasgow’n Queen Elizabeth University Hospitalin NHS-hoitotiimit hyväksyivät Dante-tietokannan avulla Noonanin oireyhtymän ja RUNX1-geenin leukemiaan liittyvän muunnoksen, jota ei ollut aiemmin havaittu. 40 vuoden jälkeen he saivat vihdoin vastauksen.
Koko tekstin lukeminen antaa kattavan kuvan.
Potilas hakeutui Danten vastaanotolle selvittämään jaksottaista halvausoireilua. Koko genomin sekvensointi paljasti samanaikaisen perinnöllisen sydänsairauden – Brugadan oireyhtymän –, jonka potilaan oma lääkäri vahvisti EKG-tutkimuksella. Tulos selitti myös erään perheenjäsenen aiemmin selittämättömän sydäntaustan. Yksi testi. Kaikki vastaukset siinä.
Sekvensoitu vuonna 2019. Tiedot käsiteltiin vuonna 2021.
Jennifer sekvensoitti genominsa Danten avulla kaksi vuotta ennen rintasyövän diagnoosia. Kun hoito alkoi, Danten farmakogenomiikkatiedot osoittivat, että hänelle määrätty kemoterapia aiheuttaisi vakavia haittavaikutuksia. Hänen lääkärinsä valitsi vaihtoehtoisen hoidon – ja hän sai tehokasta hoitoa heti alusta alkaen.
Jokaiseen geneettiseen kysymykseen ansaitsee saada kattavan vastauksen.
Etsitpä sitten vastauksia tänään tai huolehditpa terveydestäsi tulevaisuutta varten, koko genomin kattava sekvensointi on ainoa oikea lähtökohta.
Se kulkee suvussasi. Nyt voit selvittää, kulkeeko se geeneissäsi.
Genomissasi on perinnöllisiä muunnoksia, jotka liittyvät esimerkiksi sydän-, syöpä- ja neurologisiin sairauksiin. Analysoimme ne kaikki – ja annamme tuloksille merkityksen kliinisen asiantuntemuksemme avulla.
Lisätietoja →Kun perinteiset laboratoriotestit osoittavat, että olet kunnossa. Mutta tiedät, että et ole.
Tavanomaisissa diagnostisissa testeissä etsitään ennalta määriteltyjä vastauksia. Me sekvensoimme koko DNA:si — myös ne osat, joita mikään testi ei ole suunniteltu tutkimaan. Jos vastaus löytyy genomistasi, autamme sinua löytämään sen.
Lisätietoja →Diagnoosisi saattaa olla oikea. Hoitosuunnitelmasi saattaa olla puutteellinen.
Geenisi määräävät, mitkä hoidot todennäköisesti tehoavat – ja mitkä eivät. Annamme lääkärillesi työkalut ja tiedot, joiden avulla hän voi laatia sinulle sopivan hoitosuunnitelman.
Lisätietoja →Haluat tietää sen, ennen kuin jokin pakottaa sinut ottamaan asian esille.
Jotkut eivät odota diagnoosia tai sukututkimuksen tuloksia ryhtyäkseen toimeen. Koko genomin sekvensointi antaa sinulle täydellisen kuvan perimästäsi jo nyt – joten sinä ja lääkärisi voitte tehdä tietoon perustuvia päätöksiä ennen kuin tilanne muuttuu kiireelliseksi.
Lisätietoja →Olet jo tehnyt DNA-testin. Tässä on asioita, joita se ei pystynyt kertomaan sinulle.
Useimmat kuluttajille tarkoitetut DNA-testit analysoivat alle 0,1 % genomistasi. Me analysoimme sen kokonaan.
Lisätietoja →Kliinisen tason tulokset. Yksityishenkilöiden suosima, lääkäreiden luottama ratkaisu vaikeimpiin tapauksiin.
Dante Genome Test auttoi erään brittiläisen kansallisen akuuttihoidon sairaalan asiantuntijoita tunnistamaan Noonanin oireyhtymän sekä harvinaisen, leukemiaan liittyvän geneettisen muunnoksen, jota ei ollut aiemmin havaittu. Tämä tulos muutti potilaan hoitoa.
Hyväksytty ja julkaistu
Usein kysyttyjä kysymyksiä koko genomin sekvensoinnista.
Mitä eroa on koko genomin sekvensoinnilla ja kohdennetulla geenitestillä?
Kohdennetut geenitestit – mukaan lukien tavanomaiset perinnöllisen syövän testipaneelit – tutkivat ennalta määriteltyä luetteloa tunnettuja variaatioita tietyssä geenijoukossa. Ne on suunniteltu löytämään juuri ne muutokset, joita niiden tiedetään etsivän. Koko genomin sekvensointi kartoittaa koko genomin: kaikki 6 miljardia emäsparia, jokaisen geenin ja jokaisen geenien välisen alueen. JAMA Oncology -lehdessä julkaistu Mayo Clinicin tutkimus osoitti, että tavanomaisissa testausohjeissa jäi huomaamatta yli puolet potilaista, joilla oli perinnöllisiä syöpämutaatioita. Genome Testillä ei ole kiinteää luetteloa.
Mitä saan, kun tulokset ovat valmiit?
Dante Genome -palvelu tarjoaa yli 200 lääkärikäyttöön soveltuvaa raporttia, jotka on ryhmitelty kliinisten luokkien mukaan – perinnöllinen syöpä, sydänsairaudet, harvinaissairaudet, farmakogenomiikka, kantajastatus ja paljon muuta. Raportit toimitetaan suojattuun Genome Manager -palveluun, ja ne on muotoiltu suoraan kliiniseen käyttöön. Genomitietosi säilytetään pysyvästi ja analysoidaan uudelleen automaattisesti tieteen kehittyessä.
Mitä tapahtuu, jos löydetään kliinisesti merkittävä muunnos?
Jos havaitaan patogeeninen tai todennäköisesti patogeeninen variantti, se merkitään selvästi lääkärille tarkoitetussa raportissa, jossa esitetään kliininen tausta, julkaistu tutkimustieto sekä suositellut jatkotoimenpiteet. Suosittelemme, että kerrot kaikista kliinisesti merkittävistä löydöksistä lääkärillesi tai geenineuvojalle, joka voi opastaa sinua seurantaa, riskien vähentämistä tai perheenjäsenten peräkkäistestausta koskevissa päätöksissä.
Miten tämä eroaa kuluttajille suunnatuista DNA-testeistä, kuten 23andMe tai AncestryDNA?
Kuluttajille suunnatuissa DNA-testeissä käytetään genotyyppauspiirejä, jotka lukevat alle 0,1 % genominne sisällöstä – eli vain pienen, etukäteen valitun joukon yleisiä variantteja. Ne on optimoitu sukututkimukseen ja väestötason ominaisuuksien määrittämiseen, eivät kliinisiin geneettisiin löydöksiin. Dante-genomitesti sekvensoivat 100 % genomistasi 30-kertaisella peitolla, mikä on sama standardi kuin kliinisissä diagnostisissa ympäristöissä. Näitä kahta testiä ei voi verrata toisiinsa laajuuden, menetelmien tai kliinisen hyödyn suhteen.
Kuinka kauan tulosten saaminen kestää, ja miten ne toimitetaan?
Näytteenottosarja lähetetään 48 tunnin kuluessa tilauksesta. Kun näyte saapuu CLIA-sertifioituun laboratorioomme, sekvensointi ja analysointi kestävät 6–8 viikkoa. Tulokset toimitetaan turvallisesti Genome Manager -palveluun, jossa voit tarkastella raportteja, jakaa ne lääkärillesi ja saada automaattisia päivityksiä, kun uusia havaintoja vahvistetaan genomin perusteella.
Teemme yhteistyötä potilasjärjestöjen kanssa ympäri maailmaa.
Dante Labs tekee yhteistyötä kaiken kokoisien potilasjärjestöjen kanssa – perinnöllisen adenomatoottisen polypoosin sekä muiden sairauksien, niin harvinaisten kuin yleistenkin, osalta. Tuemme järjestöjä kaikissa maissa, mukaan lukien virtuaaliset potilasjärjestöt.
Voimme tarjota räätälöityjä raportteja, ryhmäalennuksia ja juuri jäsenillenne sovitettuja paketteja. Ottakaa yhteyttä lomakkeen kautta, niin otamme teihin yhteyttä kahden työpäivän kuluessa.
- Jäsenillesi räätälöidyt genomi-raportit
- Ryhmäalennukset ja räätälöidyt paketit
- Mikä tahansa maa – mukaan lukien virtuaaliset ryhmät
- Käsiteltävät harvinaiset ja yleiset sairaudet
Viesti vastaanotettu.
Otamme sinuun yhteyttä kahden työpäivän kuluessa. Jos haluat ottaa suoraan yhteyttä: hello@dantelabs.com
Yksi testi.
Vastauksia koko elämän ajaksi.
Yksi paketti, joka toimitetaan kotiisi. Koko genomisi sekvensoidaan diagnostisissa päätöksissä käytetyn kliinisen standardin mukaisesti. Yli 200 lääkärille tarkoitettua raporttia toimitetaan Genome Manager -palveluun 6–8 viikon kuluessa – ne ovat pysyviä ja päivitetään tieteen kehittyessä.
Lähetetään 48 tunnin kuluessa · Tulokset 6–8 viikon kuluttua
