BAP1-kasvainalttiusoireyhtymä — äskettäin kuvattu perinnöllinen syöpäoireyhtymä, jolla on korkea penetraatioaste ja jossa yksi geenimuunnos altistaa samanaikaisesti neljälle eri syöpätyypille, joista monet ovat erittäin harvinaisia väestössä yleensä.
Koko genomin sekvensointi tunnistaa BAP1-geenin patogeeniset variantit – jotka on määritelty ACMG SF v3.2 -luettelossa – oireyhtymässä, jossa yksittäinen geenitutkimustulos johtaa uveaalisen melanooman, mesoteliooman, ihomelanooman ja munuaissolusyövän seurantaan.
BAP1-kasvaimen alttius-oireyhtymä
BAP1-kasvaimenalttiusoireyhtymä (BAP1-TPDS) on autosomaalisesti dominantti perinnöllinen syöpäoireyhtymä, jonka aiheuttavat BAP1-geenin (BRCA1-associated protein 1) sukusolujen patogeeniset variantit kromosomissa 3p21.1. BAP1 on deubikvitylaasi, jolla on rooli kromatiinin uudelleenmuodostuksessa, DNA-vaurion vasteessa ja solusyklin säätelyssä. BAP1-geenin sukusolujen patogeeniset variantit on karakterisoitu systemaattisesti vasta vuodesta 2011 lähtien – oireyhtymä on kuvattu suhteellisen äskettäin, mikä tarkoittaa, että monissa sairastuneissa suvuissa on kertynyt useita epätavallisia syöpiä sukupolvien ajan ilman perinnöllistä selitystä. BAP1-TPDS tunnustetaan nykyään korkean penetraation monisyöpäalttiusoireyhtymäksi.
BAP1-TPDS-muunnoksessa esiintyvien kasvainten kirjo on erityislaatuinen – kantajilla on huomattavasti kohonnut riski sairastua: uveaaliseen melanoomaan (silmän melanooma, joka vaikuttaa verkkokalvoon, iirisiin ja sädekehään; >50-kertainen riski verrattuna väestöön), pahanlaatuinen keuhkopussin mesoteliooma (harvinainen syöpä, joka liittyy vahvasti asbestialtistukseen, mutta jonka on nyt todettu esiintyvän myös BAP1-kantajilla, joilla on vain vähäinen tai ei lainkaan asbestialtistusta), ihomelanooma (useita primaarisia melanoomia, usein tyypillisten melanosyyttisten BAP1-mutatoituneiden epätyypillisten intradermaalisten kasvainten kanssa — 'BAPoma'-leesioita) ja munuaissolusyöpä (erityisesti kirkassoluiset ja kromofobiset alatyypit). Kukin näistä syövistä on erikseen harvinainen; niiden samanaikainen esiintyminen samassa suvussa on se epidemiologinen merkki, joka johti BAP1-TPDS:n tunnistamiseen.
BAP1-geenimuutoksen molekyylidiagnoosilla on välittömiä ja monialaisia kliinisiä vaikutuksia. Diagnoosin yhteydessä aloitetaan vuosittainen silmätutkimus, johon sisältyy silmänpohjan tutkimus (uveaalisen melanooman seuranta), vuosittainen ihotutkimus dermoskopialla (ihomelanooman ja BAP-kasvaimen seuranta), munuaisten kuvantaminen 30–40-vuotiaana (RCC-seuranta), vuotuisen rintakehän kuvantamisen harkitseminen (mesoteliooman seuranta altistuneilla kantajilla) sekä kaikkien ensimmäisen asteen sukulaisten kaskaditestaus. On tärkeää huomata, että BAP1-geeniin liittyvä mesoteliooma tunnistetaan erilliseksi kliiniseksi kokonaisuudeksi asbestin aiheuttamasta mesotelioomasta – BAP1-mesotelioomapotilaat ovat yleensä nuorempia, heidän elinajanodotteensa diagnoosin jälkeen on pidempi ja heillä voi olla erilaiset kemoterapian vasteprofiilit.
BAP1 tunnistettiin perinnölliseksi syöpägeeniksi vasta vuoden 2011 jälkeen, eikä sitä ole sisällytetty moniin vanhempiin perinnöllisen syövän geenitestipaketteihin. Perheissä, joissa esiintyy uveaalista melanoomaa, mesotelioomaa tai epätavallista syövän keskittymistä, voi olla BAP1-TPDS-mutaatio, mutta heitä ei ole koskaan tutkittu asianmukaisesti.
BAP1-geeni puuttuu vanhemmista perinnöllisen syövän testipaneeleista – perheitä, joilla on epätavallinen syöpähistoria, ei ole koskaan testattu
BAP1-TPDS-geenin järjestelmällinen karakterisointi alkoi vasta vuonna 2011. Monet BAP1-patogeenisten varianttien kantajat saivat edellisen vuosikymmenen aikana perinnöllisen syövän paneelitestejä, joihin BAP1 ei sisältynyt. Henkilöt, joiden suvussa on esiintynyt uveaalista melanoomaa, mesotelioomaa tai epätavallista melanooman ja munuaissyövän keskittymistä – BAP1-geenin tyypillistä kasvainspektriä – ovat saattaneet saada negatiivisia tuloksia ennen vuotta 2011 tehdyistä testeistä tai paneeleista, joiden geeniluetteloon BAP1:tä ei ole koskaan lisätty. Koko genomin sekvensointi arvioi koko genomin ja tunnistaa BAP1-patogeeniset variantit riippumatta siitä, milloin sekvensointi suoritettiin, ilman ennalta määritellyn geeniluettelon rajoituksia.
Vahvistettu BAP1-tulos käynnistää neljä samanaikaista syövän seurantaprotokollaa
Toisin kuin perinnöllisissä syöpäoireyhtymissä, joissa yksi geeni altistaa pääasiassa yhdelle syöpätyypille, BAP1-TPDS edellyttää neljän eri syöpätyypin seurannan koordinointia: silmän melanooma (silmätaudit), ihomelanooma (ihotautien), munuaissolusyöpä (urologia/radiologia) ja mesoteliooma (keuhkosairaudet/onkologia). Tämä monialainen koordinointi alkaa ensimmäisestä molekyylidiagnoosista ja jatkuu vuosittain eliniän ajan. Jokainen seurantamenetelmä kohdistuu syöpään, jota tavanomainen väestöseulonta ei kata – mikään olemassa oleva yleinen syöpäseulontaohjelma ei kata uveaalista melanoomaa, eikä mesoteliooman seulonta ole vakiokäytäntö diagnosoimattomilla BAP1-kantajilla. Molekyylidiagnoosi on edellytys tämän monielin-seurantaverkoston aktivoimiselle.
Koko DNA:si (ei vain osa siitä)
Perinteisissä geenitesteissä tutkitaan vain rajattuja geenijoukkoja, jolloin suurin osa genomistasi jää huomioimatta. Me sekvensoimme koko genomisi – jokaisen geenin ja jokaisen geenien välisen alueen.
Kattavat analyysit ja erikoistuneet raportit
Helppolukuinen ja sisältää vastauksia, joiden pohjalta sinä ja lääkärisi voitte toimia. Ei tulkittavaa asiakirjaa – yli 200 kliinistä raporttia, luokiteltuina aihepiireittäin.
Testisi arvo kasvaa vuosi vuodelta
DNA:si ei muutu, mutta genomiikan kehitys etenee vauhdilla. Joka kuukausi löydetään uusia yhteyksiä muunnosten ja sairauksien välillä. Vahvistamme nämä havainnot ja päivitämme raporttisi automaattisesti. Testisi arvo kasvaa vuosi vuodelta.
Tulokset, joita lääkärit saavuttavat vaikeimmissakin tapauksissaan.
Neljäkymmentä vuotta epävarmuutta. Yksi testi.
Potilas oli viettänyt vuosikymmeniä Ison-Britannian terveydenhuoltojärjestelmässä ilman diagnoosia. Glasgow’n Queen Elizabeth University Hospitalin NHS-hoitotiimit hyväksyivät Dante-tietokannan avulla Noonanin oireyhtymän ja RUNX1-geenin leukemiaan liittyvän muunnoksen, jota ei ollut aiemmin havaittu. 40 vuoden jälkeen he saivat vihdoin vastauksen.
Koko tekstin lukeminen antaa kattavan kuvan.
Potilas hakeutui Danten vastaanotolle selvittämään jaksottaista halvausoireilua. Koko genomin sekvensointi paljasti samanaikaisen perinnöllisen sydänsairauden – Brugadan oireyhtymän –, jonka potilaan oma lääkäri vahvisti EKG-tutkimuksella. Tulos selitti myös erään perheenjäsenen aiemmin selittämättömän sydäntaustan. Yksi testi. Kaikki vastaukset siinä.
Sekvensoitu vuonna 2019. Tiedot käsiteltiin vuonna 2021.
Jennifer sekvensoitti genominsa Danten avulla kaksi vuotta ennen rintasyövän diagnoosia. Kun hoito alkoi, Danten farmakogenomiikkatiedot osoittivat, että hänelle määrätty kemoterapia aiheuttaisi vakavia haittavaikutuksia. Hänen lääkärinsä valitsi vaihtoehtoisen hoidon – ja hän sai tehokasta hoitoa heti alusta alkaen.
Jokaiseen geneettiseen kysymykseen ansaitsee saada kattavan vastauksen.
Etsitpä sitten vastauksia tänään tai huolehditpa terveydestäsi tulevaisuutta varten, koko genomin kattava sekvensointi on ainoa oikea lähtökohta.
Se kulkee suvussasi. Nyt voit selvittää, kulkeeko se geeneissäsi.
Genomissasi on perinnöllisiä muunnoksia, jotka liittyvät esimerkiksi sydän-, syöpä- ja neurologisiin sairauksiin. Analysoimme ne kaikki – ja annamme tuloksille merkityksen kliinisen asiantuntemuksemme avulla.
Lisätietoja →Kun perinteiset laboratoriotestit osoittavat, että olet kunnossa. Mutta tiedät, että et ole.
Tavanomaisissa diagnostisissa testeissä etsitään ennalta määriteltyjä vastauksia. Me sekvensoimme koko DNA:si — myös ne osat, joita mikään testi ei ole suunniteltu tutkimaan. Jos vastaus löytyy genomistasi, autamme sinua löytämään sen.
Lisätietoja →Diagnoosisi saattaa olla oikea. Hoitosuunnitelmasi saattaa olla puutteellinen.
Geenisi määräävät, mitkä hoidot todennäköisesti tehoavat – ja mitkä eivät. Annamme lääkärillesi työkalut ja tiedot, joiden avulla hän voi laatia sinulle sopivan hoitosuunnitelman.
Lisätietoja →Haluat tietää sen, ennen kuin jokin pakottaa sinut ottamaan asian esille.
Jotkut eivät odota diagnoosia tai sukututkimuksen tuloksia ryhtyäkseen toimeen. Koko genomin sekvensointi antaa sinulle täydellisen kuvan perimästäsi jo nyt – joten sinä ja lääkärisi voitte tehdä tietoon perustuvia päätöksiä ennen kuin tilanne muuttuu kiireelliseksi.
Lisätietoja →Olet jo tehnyt DNA-testin. Tässä on asioita, joita se ei pystynyt kertomaan sinulle.
Useimmat kuluttajille tarkoitetut DNA-testit analysoivat alle 0,1 % genomistasi. Me analysoimme sen kokonaan.
Lisätietoja →Kliinisen tason tulokset. Yksityishenkilöiden suosima, lääkäreiden luottama ratkaisu vaikeimpiin tapauksiin.
Dante Genome Test auttoi erään brittiläisen kansallisen akuuttihoidon sairaalan asiantuntijoita tunnistamaan Noonanin oireyhtymän sekä harvinaisen, leukemiaan liittyvän geneettisen muunnoksen, jota ei ollut aiemmin havaittu. Tämä tulos muutti potilaan hoitoa.
Hyväksytty ja julkaistu
Usein kysyttyjä kysymyksiä koko genomin sekvensoinnista.
Mitä eroa on koko genomin sekvensoinnilla ja kohdennetulla geenitestillä?
Kohdennetut geenitestit – mukaan lukien tavanomaiset perinnöllisen syövän testipaneelit – tutkivat ennalta määriteltyä luetteloa tunnettuja variaatioita tietyssä geenijoukossa. Ne on suunniteltu löytämään juuri ne muutokset, joita niiden tiedetään etsivän. Koko genomin sekvensointi kartoittaa koko genomin: kaikki 6 miljardia emäsparia, jokaisen geenin ja jokaisen geenien välisen alueen. JAMA Oncology -lehdessä julkaistu Mayo Clinicin tutkimus osoitti, että tavanomaisissa testausohjeissa jäi huomaamatta yli puolet potilaista, joilla oli perinnöllisiä syöpämutaatioita. Genome Testillä ei ole kiinteää luetteloa.
Mitä saan, kun tulokset ovat valmiit?
Dante Genome -palvelu tarjoaa yli 200 lääkärikäyttöön soveltuvaa raporttia, jotka on ryhmitelty kliinisten luokkien mukaan – perinnöllinen syöpä, sydänsairaudet, harvinaissairaudet, farmakogenomiikka, kantajastatus ja paljon muuta. Raportit toimitetaan suojattuun Genome Manager -palveluun, ja ne on muotoiltu suoraan kliiniseen käyttöön. Genomitietosi säilytetään pysyvästi ja analysoidaan uudelleen automaattisesti tieteen kehittyessä.
Mitä tapahtuu, jos löydetään kliinisesti merkittävä muunnos?
Jos havaitaan patogeeninen tai todennäköisesti patogeeninen variantti, se merkitään selvästi lääkärille tarkoitetussa raportissa, jossa esitetään kliininen tausta, julkaistu tutkimustieto sekä suositellut jatkotoimenpiteet. Suosittelemme, että kerrot kaikista kliinisesti merkittävistä löydöksistä lääkärillesi tai geenineuvojalle, joka voi opastaa sinua seurantaa, riskien vähentämistä tai perheenjäsenten peräkkäistestausta koskevissa päätöksissä.
Miten tämä eroaa kuluttajille suunnatuista DNA-testeistä, kuten 23andMe tai AncestryDNA?
Kuluttajille suunnatuissa DNA-testeissä käytetään genotyyppauspiirejä, jotka lukevat alle 0,1 % genominne sisällöstä – eli vain pienen, etukäteen valitun joukon yleisiä variantteja. Ne on optimoitu sukututkimukseen ja väestötason ominaisuuksien määrittämiseen, eivät kliinisiin geneettisiin löydöksiin. Dante-genomitesti sekvensoivat 100 % genomistasi 30-kertaisella peitolla, mikä on sama standardi kuin kliinisissä diagnostisissa ympäristöissä. Näitä kahta testiä ei voi verrata toisiinsa laajuuden, menetelmien tai kliinisen hyödyn suhteen.
Kuinka kauan tulosten saaminen kestää, ja miten ne toimitetaan?
Näytteenottosarja lähetetään 48 tunnin kuluessa tilauksesta. Kun näyte saapuu CLIA-sertifioituun laboratorioomme, sekvensointi ja analysointi kestävät 6–8 viikkoa. Tulokset toimitetaan turvallisesti Genome Manager -palveluun, jossa voit tarkastella raportteja, jakaa ne lääkärillesi ja saada automaattisia päivityksiä, kun uusia havaintoja vahvistetaan genomin perusteella.
Teemme yhteistyötä potilasjärjestöjen kanssa ympäri maailmaa.
Dante Labs tekee yhteistyötä kaiken kokoisien potilasjärjestöjen kanssa – BAP1-kasvainalttiusoireyhtymän sekä muiden sairauksien, niin harvinaisten kuin yleistenkin, osalta. Tuemme järjestöjä kaikissa maissa, mukaan lukien virtuaaliset potilasjärjestöt.
Voimme tarjota räätälöityjä raportteja, ryhmäalennuksia ja juuri jäsenillenne sovitettuja paketteja. Ottakaa yhteyttä lomakkeen kautta, niin otamme teihin yhteyttä kahden työpäivän kuluessa.
- Jäsenillesi räätälöidyt genomi-raportit
- Ryhmäalennukset ja räätälöidyt paketit
- Mikä tahansa maa – mukaan lukien virtuaaliset ryhmät
- Käsiteltävät harvinaiset ja yleiset sairaudet
Viesti vastaanotettu.
Otamme sinuun yhteyttä kahden työpäivän kuluessa. Jos haluat ottaa suoraan yhteyttä: hello@dantelabs.com
Yksi testi.
Vastauksia koko elämän ajaksi.
Yksi paketti, joka toimitetaan kotiisi. Koko genomisi sekvensoidaan diagnostisissa päätöksissä käytetyn kliinisen standardin mukaisesti. Yli 200 lääkärille tarkoitettua raporttia toimitetaan Genome Manager -palveluun 6–8 viikon kuluessa – ne ovat pysyviä ja päivitetään tieteen kehittyessä.
Lähetetään 48 tunnin kuluessa · Tulokset 6–8 viikon kuluttua
