Kun teet verikokeen, tulos on tilannekuva – tarkka sillä hetkellä, mutta merkityksetön vuotta myöhemmin. Kun koko genomin sekvensointi tehdään, tulos on pysyvä. DNA-sekvenssisi ei muutu. Sen tulkitsemiseen käytetty tiede kuitenkin muuttuu – ja juuri tämä tekee koko genomin sekvensoinnista perustavanlaatuisesti erilaisen kuin mikään muu terveystesti.
Tietosi ovat muuttumattomia. Tiede ei ole.
Joka kuukausi tutkijat ympäri maailmaa julkaisevat uusia havaintoja, jotka liittävät geneettisiä variaatioita sairauksiin, lääkevasteisiin ja terveydentilaan. ClinVar-tietokanta – tärkein julkinen arkisto, joka sisältää variaatioiden ja sairauksien välisiä yhteyksiä – kasvaa vuosittain tuhansilla uusilla merkinnöillä. Kehitys kiihtyy, kun yhä laajempia genomitietokantoja tulee saataville väestötason analyysejä varten.
Tämä tarkoittaa, että genomiisi löytyvä variantti, joka luokitellaan tällä hetkellä ”merkitykseltään epäselväksi variantiksi” (VUS), saatetaan luokitella uudelleen patogeeniseksi ensi vuonna – kun kliinisistä tutkimuksista on kertynyt riittävästi näyttöä. Toisaalta variantti, joka on alun perin vaikuttanut huolestuttavalta, saatetaan luokitella vähemmän merkittäviksi, kun väestötutkimuksista saadaan lisää tietoa.
Keskeinen kysymys on: analysoiko testipalveluntarjoajasi tietojasi uudelleen, kun nämä päivitykset tehdään?
Miksi useimmat testit ovat jääneet ajassa paikoilleen
Kuluttajille suunnatut genotyyppitestit – kuten 23andMe:n, AncestryDNA:n ja vastaavien palvelujen tarjoamat – lukevat sirulta ennalta valitun joukon geneettisiä paikkoja. Saamasi raportti heijastaa sitä, mitä näistä tietyistä paikoista tiedettiin sinä päivänä, kun siru suunniteltiin. Jos tiede löytää jotain uutta variantista, jota ei ollut sirulla, tai luokittelee uudelleen variantin, joka oli sirulla, tuloksiasi ei päivitetä — koska taustalla olevat tiedot ovat puutteellisia.
Jopa joillakin kliinisillä testeillä on tämä rajoitus. Kohdennetut geenipaneelit tutkivat vain niitä geenejä, jotka sisältyvät kyseiseen paneeliin. Jos tulevassa tutkimuksessa löydetään kliinisesti merkittävä variantti geenistä, joka ei sisältynyt paneeliisi, tarvitset uuden testin sen havaitsemiseksi.
Koko genomin uudelleenanalysoinnin toimintaperiaate
Koko genomin sekvensointi kattaa jokaisen kohdan genomissasi – noin 6,4 miljardia emäsparia. Tämä tarkoittaa, että datatiedostosi on täydellinen heti alusta alkaen. Mitään ei ole jätetty pois. Mitään ei tarvitse kerätä uudelleen.
Kun uusia varianttien ja sairauksien välisiä yhteyksiä julkaistaan ja ne on vahvistettu kliinisesti, alkuperäisen sekvensoinnin raakadataa voidaan analysoida uudelleen päivitettyjen tietokantojen perusteella. Näin voidaan havaita uusia kliinisesti merkittäviä löydöksiä, joita ei ollut tiedossa alkuperäisen testin ajankohtana – ilman, että tarvitaan verinäytettä, uutta testipakkausta tai uutta testiä.
Dante Labsissa tämä uudelleenanalysointi tapahtuu automaattisesti Genome Manager -alustan kautta. Kun vahvistamme uudet variantti-sairaus-yhteydet kliinisen tarkastusprosessimme kautta, raporttisi päivitetään vastaamaan uusinta tieteellistä tietoa. Saat ilmoituksen kaikista kliinisesti merkittävistä muutoksista.
Miltä tämä näyttää käytännössä
Otetaan esimerkki todellisesta tilanteesta: sen jälkeen, kun ClinVar aloitti varianttien luokittelun seurannan, noin 7 % kaikista luokitelluista varianteista on luokiteltu uudelleen vähintään kerran uuden näytön tultua esiin. Jotkut VUS-variantit on luokiteltu patogeenisiksi. Jotkut todennäköisesti patogeeniset variantit on luokiteltu vähemmän patogeenisiksi. Näillä uudelleenluokituksilla on suoria kliinisiä seurauksia — ne vaikuttavat siihen, suositellaanko seulontaa, mitkä lääkkeet ovat sopivia ja mitkä perheenjäsenet tulisi testata.
Kun genomin sekvenssidata on täydellinen, nämä luokituksen muutokset otetaan automaattisesti huomioon raporteissasi. Jos data on puutteellista – eli jos kyseessä ei ole koko genomin sekvensointi – näin ei välttämättä ole, joko siksi, että kyseistä varianttia ei ole testattu, tai siksi, että palveluntarjoaja ei tarjoa uudelleenanalysointia.
Sekvensointikustannukset
On myös käytännön syy. Koko genomin sekvensointi maksaa vain murto-osan siitä, mitä se maksoi viisi vuotta sitten – ja hinta laskee edelleen. Laskelmissa ei kuitenkaan oteta huomioon pelkästään nykyistä hintaa, vaan geenitiedon kokonaiskustannuksia koko elinkaaren ajalta.
Jos teet tänään tietyn geenipaneelitestin ja ensi vuonna toisenlaisen paneelitestin – joko siksi, että kliininen kysymyksesi on muuttunut tai siksi, että paneeliin on lisätty uusia geenejä – maksat kahdesti samasta genomista saatavista puutteellisista tiedoista. Koko genomin sekvensointi tallentaa kaiken kerralla. Kaikkiin tuleviin kysymyksiin vastataan saman aineiston perusteella.
Yhteenvetona
Genomisi on ainoa terveystesti, jonka arvo kasvaa sen suorittamisen jälkeen. Ei siksi, että DNA:si muuttuisi – se ei muutu. Vaan siksi, että sen tulkitsemiseen käytettävä tiede kehittyy jatkuvasti. Ainoa vaatimus on, että alkuperäisessä testissä on saatu kaikki tiedot talteen. Juuri tämän koko genomin sekvensointi mahdollistaa.
Lue lisää Dante Labsin geenitestistä →
Tilaa Dante Labsin uudet julkaisut
Genomiikan uutisia, tuotepäivityksiä ja kliinisiä näkökulmia – suoraan sähköpostiisi.
