Dante Omics AI on yhdessä Rockefellerin yliopiston, Giunta Labin ja maailmanlaajuisen kumppaniverkoston kanssa koonnut kattavimman ja tarkimman diploidisen vertailugenomin RPE-1-solulinjalle – joka on yksi yleisimmin käytetyistä standardeista monimutkaisissa solutekniikkakokeissa.
Tämä läpimurto tarjoaa todellisen ”lähdekoodin” tutkijoille ympäri maailmaa ja avaa uusia näkymiä rakenteelliseen monimutkaisuuteen, genomin vakauteen ja CRISPR-tekniikkaan.
Miksi tämä on tärkeää
RPE-1-kanta on maailmanlaajuinen vertailukohde solubiologiassa, syöpätutkimuksessa ja genomin muokkauksessa. Tähän asti sen genomi on kuitenkin ollut puutteellinen, minkä vuoksi keskeiset alueet ovat olleet epäselviä tai puuttuneet kokonaan.
Uusi kokoonpanomme muuttaa tämän:
► Diploidinen kattavuus – sekä äidin että isän haplotyypit on määritetty kromosomien laajuisesti.► Erittäin korkea tarkkuus – > 99,9999 % useilla kromosomeilla.► Monimutkaisten alueiden täysi kattavuus – sentromeerit, toistojaksoja ja rakenteellisesti haastava DNA on nyt kartoitettu.► Monialustainen integrointi – dataa Illuminan lyhyiltä lukemilta, PacBio HiFi:ltä, Oxford Nanoporen pitkiltä lukemilta sekä täydentävistä lähteistä.► Avoin pääsy – kokoonpano RPE1v1.1 on nyt saatavilla NCBI:n ja UCSC Genome Browserin kautta.
Yhteistyön tulos
Tämä hanke oli mahdollinen vain maailmanlaajuisen konsortion yhteisten asiantuntemusten ansiosta. Konsortioon kuuluivat muun muassa:
Rockefellerin yliopistoGiunta LabRooman Sapienza-yliopistoTennesseen yliopistoTriesten tiedepuistoL’Aquilan yliopistoDante Omics AI
Kuten Dante Omics AI:n toimitusjohtaja Andrea Riposati selitti: ”Kuvittele, että joudut korjaamaan ohjelmistovirheitä ilman osaa lähdekoodista. Tämän kokoonpanon ansiosta tutkijoilla on vihdoin käytössään täydellinen ja tarkka ’lähdekoodi’ RPE-1-soluille – aina aiemmin näkymättöminä olleisiin monimutkaisimpiin alueisiin asti.”
Vaikutukset tieteeseen ja lääketieteeseen
Uusi standardi solutekniikalle: CRISPR ja muut geenimuokkaustekniikat voivat nyt tukeutua entistä luotettavampaan vertailukohteeseen.DNA:n monimutkaisuuden syvällisempi tutkiminen: aiemmin saavuttamattomissa olleet sentromeerit ja toistojaksot ovat nyt tutkittavissa.Laajempi vaikutus eri tutkimusaloilla: syöpätutkimuksesta synteettiseen biologiaan – tämä genomi parantaa kokeiden tarkkuutta maailmanlaajuisesti.Malli tuleville kokoonpanoille: lähestymistapaa voidaan laajentaa muihin solulinjoihin ja lajeihin.
Johtopäätös
”Hämärästä 4K-tarkkuuteen” on enemmän kuin pelkkä otsikko – se merkitsee käännekohtaa genomitutkimuksessa. Yhdistämällä tekoälyllä tehostetun multiomian ja huipputeknologian sekvensointimenetelmät Dante Omics AI ja sen yhteistyökumppanit ovat tuottaneet tähän mennessä selkeimmän genomisuunnitelman yhdelle biologian tärkeimmistä solumalleista.
➡ Lue lehdistötiedote BusinessWire-palvelussa
Tilaa Dante Labsin uudet julkaisut
Genomiikan uutisia, tuotepäivityksiä ja kliinisiä näkökulmia – suoraan sähköpostiisi.
