Dante Omics AI hat gemeinsam mit der Rockefeller University, dem Giunta Lab und einem Netzwerk globaler Partner das vollständigste und genaueste diploide Referenzgenom für die RPE-1-Zelllinie zusammengestellt – einen der am häufigsten verwendeten Standards für komplexe Experimente im Bereich der Zelltechnik.
Dieser Meilenstein stellt Forschenden weltweit einen echten „Quellcode“ zur Verfügung und ermöglicht tiefere Einblicke in die strukturelle Komplexität, die genomische Stabilität und das CRISPR-basierte Engineering.
Warum das wichtig ist
Die RPE-1-Zelllinie gilt weltweit als Referenz in der Zellbiologie, Krebsforschung und Genomeditierung. Doch bislang war ihr Genom unvollständig, sodass wichtige Regionen nur unscharf erfasst wurden oder ganz fehlten.
Unsere neue Assemblierung ändert das:
► Diploide Vollständigkeit – sowohl mütterliche als auch väterliche Haplotypen sind über die Chromosomen hinweg aufgelöst.► Extrem hohe Genauigkeit – > 99.9999% auf mehreren Chromosomen.► Vollständige Abdeckung komplexer Regionen – Zentromere, Wiederholungssequenzen und strukturell anspruchsvolle DNA sind nun kartiert.► Plattformübergreifende Integration – Daten aus Illumina-Kurzreads, PacBio HiFi, Oxford Nanopore-Langreads und ergänzenden Ressourcen.► Offener Zugang – die Assemblierung RPE1v1.1 ist jetzt über NCBI und den UCSC Genome Browser verfügbar.
Eine gemeinschaftliche Leistung
Dieses Projekt war nur dank der gebündelten Expertise eines globalen Konsortiums möglich, dem unter anderem folgende Partner angehörten:
Rockefeller UniversityGiunta LabSapienza University of RomeUniversity of TennesseeTrieste Area Science ParkUniversity of L’AquilaDante Omics AI
Andrea Riposati, CEO von Dante Omics AI, erklärte: „Stellen Sie sich vor, Sie müssten Software debuggen, ohne über Teile des Quellcodes zu verfügen. Mit dieser Assemblierung steht Forschenden nun endlich ein vollständiger, präziser ‚Quellcode‘ für RPE-1-Zellen zur Verfügung – bis hin zu den komplexesten Regionen, die zuvor unsichtbar waren.“
Bedeutung für Wissenschaft und Medizin
Ein neuer Standard für die Zelltechnik: CRISPR und andere Editierverfahren können sich nun auf eine verlässlichere Referenz stützen. Tiefere Erforschung der Komplexität der DNA: Zentromere und repetitive Sequenzen, die bislang unzugänglich waren, können nun untersucht werden. Breitere Auswirkungen auf verschiedene Forschungsgebiete: Von der Onkologie bis zur synthetischen Biologie erhöht dieses Genom weltweit die Präzision von Experimenten. Ein Modell für künftige Assemblierungen: Der Ansatz lässt sich auf andere Zelllinien und Spezies übertragen.
Fazit
From Blurry to 4K DNA ist mehr als nur eine Schlagzeile – es markiert einen Wendepunkt in der Genomforschung. Durch die Kombination von KI-beschleunigter Multiomik mit modernsten Sequenzierungstechnologien haben Dante Omics AI und seine Partner den bislang klarsten genomischen Bauplan für eines der wichtigsten Zellmodelle der Biologie erstellt.
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