Gen
ATM
ATM serine/threonine kinase
- HGNC 795↗(åbnes i en ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000149311↗(åbnes i en ny fane)
- NCBI Gene 472↗(åbnes i en ny fane)
Oversigt
- Cytogenetisk placering
- 11q22.3
- Koordinater
- Kromosom 11: 108.223.067–108.369.102 (GRCh38)
- Exoner
- 63 exoner fordelt over 146 kb
- Protein
- 3.056 aminosyrer, 350,7 kDa
- Også kendt som
- TEL1, TELO1
- Tidligere symboler
- ATA, ATDC, ATC, ATD
- MANE Select-transkript
- ENST00000675843.1NM_000051.4
- Lokustype
- Proteinkodende
Share this page
Denne side som data
Tilføj .json til sidens adresse, eller bed om application/json, for at læse den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/atm.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLæs ATM og resten af dit genom med én test.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger
Bestil min Genome TestKurerede rapporter relevant for dette gen
Ataxi-telangiectasi
- Autosomal recessiv
Progressiv cerebellar ataxi, telangiectasi, immundefekt og kræftdisposition forårsaget af bialleliske ATM-ændringer.
- ClinGen vurderer forbindelsen som definitiv
- 8 GenCC-indsendere vurderer den som definitiv eller stærk
▶Handlingsrelevans
Diagnosen vejleder forebyggelse af infektioner og substitutionsbehandling med immunglobuliner, minimering af eksponering for ioniserende stråling, kræft- og lungeovervågning samt bæreranalyse hos pårørende.
Infertilitet hos kvinder
Nedsat eller manglende evne hos en kvinde til at opnå graviditet.
- ClinGen vurderer forbindelsen som definitiv
- 8 GenCC-indsendere vurderer den som definitiv eller stærk
Brystkræft- og æggestokkræftgener ud over BRCA1/2
- ATM-relateret kræftdispositionAutosomal dominant
En enkelt variant i ATM øger moderat risikoen for brystkræft og er forbundet med bugspytkirtelkræft og prostatakræft.
- ClinGen vurderer forbindelsen som definitiv
- 1 GenCC-indsender vurderer den som definitiv eller stærk
▶Handlingsrelevans
Forstærket brystscreening anbefales generelt; bærere, hvis partner også bærer en ATM-variant, kan ønske at kende risikoen for ataxia-telangiectasia hos deres børn.
- Arvelig brystkræftAutosomal dominant
Arvelig disposition for brystkræft forårsaget af varianter i et af flere gener.
- 2 GenCC-indsendere vurderer den som definitiv eller stærk
▶Handlingsrelevans
Tidligere og mere intensiv brystscreening, herunder MR-scanning, kan anbefales afhængigt af genet.
Bredere grupperinger
Andre medfødte immunsvigt
- Immunsvigtsygdom
Et af 170 gener, der er knyttet til det
Sygdom, hvor der er mangel på eller defekt i immunforsvarets mekanismer, enten cellulære eller humorale.
- ClinGen vurderer forbindelsen som definitiv
- 8 GenCC-indsendere vurderer den som definitiv eller stærk
▶Handlingsrelevans
HSCT ved SCID og alvorlige PID'er; immunglobulinbehandling (IVIG/SCIG) ved antistofmangel; leniolisib (Joenja, FDA 2023) ved APDS; genterapi ved ADA-SCID; abatacept ved CTLA4-/LRBA-mangel; profylaktiske antibiotika; G-CSF ved CGD
Arvelige neurodegenerative sygdomme
- KIF5A-relateret neurodegenerativ sygdomAutosomal dominant
Et af 372 gener, der er knyttet til det
Forårsaget af ændringer i den ene kopi af KIF5A, som koder for et motorprotein med en hale, der binder last. Forskellige typer ændringer fører til forskellige sygdomme: hereditær spastisk paraplegi type 10, en aksonal form for Charcot-Marie-Tooths sygdom og amyotrofisk lateral sklerose (ALS).
- ClinGen vurderer forbindelsen som definitiv
- 8 GenCC-indsendere vurderer den som definitiv eller stærk
▶Handlingsrelevans
Behandlingen er symptomatisk og afhænger af sygdomsbilledet og omfatter fysioterapi, medicin mod spasticitet og tværfaglig ALS-behandling. Hvert barn af en berørt person har 1 ud af 2 chance for at arve ændringen; genetisk rådgivning hjælper familier med at forstå dette.
Sådan er ATM opbygget
- Kodende sekvens
- Utranslateret region
- Intron
- Transkriptionsretning
- Kendte sygdomsfremkaldende steder
- Regioner, som korte læsninger har svært ved
- Varianter med en side
Eksoner i genets MANE Select-transkript (udgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referencegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSC's GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheden fra Ensembl-udgivelse 116, på GRCh38.
Eksoner udgør 12,9 kb af genets 146 kb; 9.171 af disse baser koder for proteinet.
Sekventering af ATM
2Let
Hvor svær ATM er at sekventere med korte reads, ud af 100
0 · Let100 · Svær
Næsten alle eksonerne i ATM ligger, hvor korte reads kan kortlægges uden problemer.
Det der forstærker det: andelen af ATMs eksoner i hver type svært område
- MappabilityStrækninger, hvor 100 eller 250 bp reads ikke kan placeres entydigt, så et kald der hører til her, kan mangle eller være forkert. Alene ville et gen, der helt ligger i denne type region, få en score på 100.0,5 %
- HomologiSegmentale duplikationer: kopier andre steder i genomet, fx paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mere. Alene ville et gen, der helt ligger i denne type region, få en score på 60.0 %
- Delt med chrYDe pseudoautosomale regioner og den X-transponerede region, hvor chrX og chrY har den samme eller næsten samme sekvens, så et read fra den ene kan blive placeret på den anden. Alene ville et gen, der helt ligger i denne type region, få en score på 60.0 %
- ReferencedækningHuller i referenceassemblyet i nærheden, hvor der ikke findes nogen sekvens, reads kan justeres til. Alene ville et gen, der helt ligger i denne type region, få en score på 50.0 %
- GentagelserTandemgentagelser og løb af én base, som reads glider på og måske ikke spænder over. Alene ville et gen, der helt ligger i denne type region, få en score på 30.2,1 %
- GC-indholdVinduer under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksforberedelsen dækker tyndt. Alene ville et gen, der helt ligger i denne type region, få en score på 20.5,4 %
En Dante Labs-score baseret på vores egen forskning, bygget på NIST's Genome in a Bottle-kort over svært sekventerbare regioner.Sådan scores detHver søjle er andelen af ATMs eksonbaser i den type svære region. En enkelt type kan alene gøre et gen svært, og hver ekstra type tilføjer mindre: 0, når ingen base er i nogen, 100, når alle baser ligger, hvor reads ikke kan placeres entydigt.
2.935
positioner i ATM, hvor ClinVar klassificerer en ændring som patogen eller sandsynligvis patogen
11 af dem (0,4 %) ligger i områder, som korte reads har svært ved.
- Low mappabilityRegions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely. (11 steder)
En helgenomanalyse dækker alle 146 kb af ATM, inklusive introner, og ikke kun de 12,9 kb eksoner.
Varianter med en side (811)
Her vises de ATM-varianter med en side, med de flest anmeldelsesstjerner først. Hver side beskriver ClinVars offentlige registrering af varianten, aldrig et resultat.
| Variant | HGVS c. | Exon eller intron | Position (GRCh38) | ClinVar-klassifikation | Gennemgangsstatus |
|---|---|---|---|---|---|
| A911Rfs*19 | c.2730_2731insAG | Exon 18 | 108.268.501 | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| c.2T>C | Exon 2 | 108.227.626 | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel | |
| c.332-1G>A | Intron 4 | 108.235.669 | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel | |
| c.496+5G>A | Intron 5 | 108.235.839 | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel | |
| c.1122_1123del | Exon 9 | 108.248.987 | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel | |
| c.1607+1G>T | Intron 10 | 108.251.073 | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel | |
| c.2251-2A>T | Intron 14 | 108.257.479 | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel | |
| c.2251-4A>G | Intron 14 | 108.257.477 | Sandsynligvis patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel | |
| c.2466+5G>C | Intron 16 | 108.259.080 | Sandsynligvis patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel | |
| c.2639-23_2639-21del | Intron 17 | 108.268.386 | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
Patogene ClinVar-varianter (3.833)
De ATM-varianter, som ClinVar klassificerer som patogene eller sandsynligvis patogene for en eller anden tilstand, og som er gennemgået af mindst én indsender med kriterier, samt de mest gennemgåede af dem. Det er ClinVars offentlige register over genet, aldrig et resultat.
- Patogen 2.826
- Patogen/sandsynligvis patogen 278
- Sandsynligvis patogen 729
| Variant | Tilstande | ClinVar-klassifikation | Gennemgangsstatus |
|---|---|---|---|
| NM_000051.4(ATM):c.2T>C (p.Met1Thr) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.67C>T (p.Arg23Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.217_218del (p.Glu73fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.332-1G>A | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.387del (p.Asp130fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.467G>A (p.Trp156Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.480_484del (p.Gln161fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.496+5G>A | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.748C>T (p.Arg250Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.790del (p.Tyr264fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.824del (p.Ser274_Leu275insTer) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1122_1123del (p.Glu376fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1158del (p.Lys387fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1355del (p.Thr452fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1396C>T (p.Gln466Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1402_1403del (p.Lys468fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1442T>G (p.Leu481Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1564_1565del (p.Glu522fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1607+1G>T | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.1782del (p.Val595fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.2152dup (p.Cys718fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.2251-2A>T | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.2284_2285del (p.Leu762fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.2413C>T (p.Arg805Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
| NM_000051.4(ATM):c.2508dup (p.Ser837fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogen | ★★★★3 stjerner ud af 4 Gennemgået af ekspertpanel |
Se alle 3.833 sammen med alle andre ATM-varianter i ClinVar → (åbnes i en ny fane)
Gener knyttet til de samme sygdomme
- FMR1fragile X messenger ribonucleoprotein 1Deler 2 sygdomme
- TWNKtwinkle mtDNA helicaseDeler 2 sygdomme
- AARS1alanyl-tRNA synthetase 1Deler 1 sygdom
- AARS2alanyl-tRNA synthetase 2, mitochondrialDeler 1 sygdom
- ABCB7ATP binding cassette subfamily B member 7Deler 1 sygdom
- ABCD1ATP binding cassette subfamily D member 1Deler 1 sygdom
- ABHD16Aabhydrolase domain containing 16A, phospholipaseDeler 1 sygdom
- ACER3alkaline ceramidase 3Deler 1 sygdom
- ACO2aconitase 2Deler 1 sygdom
- ADAadenosine deaminaseDeler 1 sygdom
- ADARadenosine deaminase RNA specificDeler 1 sygdom
- ADPRSADP-ribosylserine hydrolaseDeler 1 sygdom
Træk knyttet til ATM
Human Phenotype Ontology angiver disse som kendetegn ved de sjældne tilstande, ATM kan forårsage. Hvert træks side viser de andre gener, der er knyttet til det.
Abnormality of the nervous system
- Ataxia
- Difficulty articulating speech
- Progressive cerebellar ataxia
- Abnormal gait
- Abnormal speech pattern
- Abnormality of movement
- Choreoathetosis
- Glioblastoma multiforme
Vis 29 træk mere
- Tremor
- Anxiety
- Attention deficit
- Behavioral abnormality
- Delayed speech and language development
- Depression
- Difficulty performing quick and alternating movements
- Epilepsy
- Inability to walk
- Intention tremor
- Irritability
- Migraine
- Rise in pressure inside skull
- Slurred speech
- Abnormal pyramidal sign
- Benign neoplasm of the central nervous system
- Cancer of early nerve cells
- Cognitive impairment
- Disorder of involuntary muscle movements
- Disturbed sensory perception
- Dysgraphia
- Hallucinations
- Loss of developmental milestones
- Memory impairment
- Paralysis or weakness of one side of body
- Pins and needles feeling
- Diminished deep tendon reflex
- Dystonia
- Jerking
Abnormality of blood and blood-forming tissues
- B-cell lymphoma
- Decreased blood lymphocyte number
- Acute lymphoblastic leukemia
- Bone marrow disease
- Gastrointestinal bleeding
- Blood cancer
- Cancer of lymphatic system
- Decreased total CD4+ T cell proportion
Vis 3 træk mere
Abnormality of the genitourinary system
- Abnormal fallopian tube morphology
- Ovarian cancer
- Polycystic ovaries
- Abnormality of the testis
- Prostate cancer
- Urinary tract neoplasm
- Uterine cancer
- Abnormal sperm development
Vis 1 træk mere
Eksterne links
Genposter
Transkript
Protein
Hvor det kommer fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og placering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, dets exoner og kodende sekvens.
- GenCC og ClinGen, udgivet 2026-10-21: hvilke tilstande genet er forbundet med, og hvor stærkt.
- ACMG-listen over sekundære fund, SF v3.2.
- ClinVar og GIAB-stratifikationerne: kendte sygdomsfremkaldende steder og de regioner, som korte læsninger har svært ved.
- Genome in a Bottle-genomstratifikationerne fra NIST: sekvenseringsvanskelighedsscoren.
- Human Phenotype Ontology, version 2026-09-01: de træk, der er knyttet til genet. Læs mere på hpo.jax.org.
- Dataudgivelse 2026.10.21-c791e85a.
Citér denne side
Dante Labs. (u.d.). ATM-genet: ATM serine/threonine kinase. Hentet 23. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/da/genes/atm
Dante Labs. ATM-genet: ATM serine/threonine kinase [Internet]. [citeret 23. oktober 2026]. Tilgængelig fra: https://dantelabs.com/da/genes/atm
Én test. Svar for hele livet.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger