Gen
CDX4
caudal type homeobox 4
- HGNC 1808↗(otevře se na nové kartě)
- Gen v Ensembl ENSG00000131264↗(otevře se na nové kartě)
- NCBI Gene 1046↗(otevře se na nové kartě)
Shrnutí
- Cytogenetická poloha
- Xq13.2
- Souřadnice
- Chromozom X: 73 447 053–73 455 171 (GRCh38)
- Exony
- 3 exonů na 8,1 kb
- Protein
- 284 aminokyselin
- Transkript MANE Select
- ENST00000373514.3NM_005193.2
- Typ lokusu
- Kódující proteiny
- Velmi vysoká
- Jistá
- Nízká
- Velmi nízká
Tato stránka jako data
Chcete-li ji číst jako JSON, připojte k adrese stránky .json nebo požádejte o application/json.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/cdx4.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$namePřečtěte si CDX4 i zbytek svého genomu jediným testem.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů
Objednejte si Genome TestKurátorované reporty související s tímto genem
Zatím žádná zpráva Genome Test nečte gen CDX4. Test sekvenuje celý váš genom, takže jsou vaše data přesto obsahují.
Jak je CDX4 uspořádán
- Kódující sekvence
- Netranslatovaná oblast
- Intron
- Směr transkripce
Exony transkriptu MANE Select genu (verze v1.5) z databází NCBI a EMBL-EBI, na referenčním genomu GRCh38.
Pásy chromozomů z ideogramu UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Okolní geny z Ensembl, verze 116, na GRCh38.
Exony tvoří 1,6 kb z 8,1 kb genu; 855 těchto bází kódují protein.
Sekvenování CDX4
1Snadné
Jak obtížné je sekvenovat CDX4 krátkými čteními, ze 100
0 · Easy100 · Hard
Almost all of CDX4's exons sit where short reads map cleanly.
What adds to it: the share of CDX4's exons in each kind of hard region
- MapovatelnostÚseky, kde nelze čtení o délce 100 nebo 250 bp jednoznačně umístit, takže volání tam může chybět nebo být chybné. Váha 35 %.0 %
- HomologieSegmentální duplikace: kopie jinde v genomu, například paralogy a pseudogeny, s identitou 90 % nebo vyšší. Váha 30 %.0 %
- RepeticeTandemové repetice a úseky jedné báze, na kterých čtení sklouzávají a které nemusí přečíst celé. Váha 15 %.1 %
- Obsah GCOkna s méně než 25 % nebo více než 65 % G a C, které příprava knihovny pokrývá řídce. Váha 10 %.12 %
- Pokrytí referenční sekvenceMezery v referenční sestavě v okolí, kde není sekvence, na kterou by se čtení mohla navázat. Váha 10 %.0 %
A Dante Labs score from our own research, built on NIST's Genome in a Bottle maps of hard-to-sequence regions.How it's scoredKaždý pruh udává podíl exonových bazí CDX4 v tomto typu obtížné oblasti. Skóre je váží podle toho, jak moc každá zvyšuje náklady na volání krátkými čteními: 0, pokud žádná báze není v žádné oblasti, 100, pokud je každá báze ve všech.
Externí odkazy
Záznamy o genu
Transkript
Protein
Odkud to pochází
- HGNC: symbol genu, jeho název, další symboly a umístění.
- MANE Select v1.5 od NCBI a EMBL-EBI: transkript, jeho exony a kódující sekvence.
- Stratifikace genomu Genome in a Bottle od NIST: skóre obtížnosti sekvenování.
Citovat tuto stránku
Dante Labs. (b.d.). Gen CDX4: caudal type homeobox 4. Staženo 18. října 2026, z https://dantelabs.com/cs/genes/cdx4
Dante Labs. Gen CDX4: caudal type homeobox 4 [Internet]. [citováno 18. října 2026]. Dostupné z: https://dantelabs.com/cs/genes/cdx4
Jeden test. Odpovědi na celý život.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů