Gen
TMEM200B
transmembrane protein 200B
- HGNC 33785↗(öppnas i en ny flik)
- Ensembl-gen ENSG00000253304↗(öppnas i en ny flik)
- NCBI Gene 399474↗(öppnas i en ny flik)
Sammanfattning
- Cytogenetisk position
- 1p35.3
- Koordinater
- Kromosom 1: 29 119 429–29 123 903 (GRCh38)
- Exoner
- 2 exoner på 4,5 kb
- Protein
- 307 aminosyror
- Även känd som
- TTMB
- MANE Select-transkript
- ENST00000521452.2NM_001003682.4
- Lokustyp
- Proteinkodande
- Mycket hög
- Säker
- Låg
- Mycket låg
Den här sidan som data
Lägg till .json i sidans adress, eller begär application/json, för att läsa den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/tmem200b.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLäs TMEM200B, och resten av ditt genom, med ett test.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor
Beställ mitt Genome TestKuraterade rapporter som är relevanta för denna gen
Ingen Genome Test-rapport läser TMEM200B ännu. Testet sekvenserar hela ditt genom, så dina data innehåller den ändå.
Så är TMEM200B uppbyggd
- Kodande sekvens
- Otranslaterad region
- Intron
- Transkriptionsriktning
Exoner i genens MANE Select-transkript (version v1.5), från NCBI och EMBL-EBI, på referensgenomet GRCh38.
Kromosombanden från UCSC:s GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Närliggande gener från Ensembl-version 116, på GRCh38.
Exoner utgör 2,5 kb av genens 4,5 kb, och 924 av dessa baser kodar för proteinet.
Sekvensering av TMEM200B
9Lätt
Hur svår TMEM200B är att sekvensera med korta läsningar, av 100
0 · Lätt100 · Svår
Nästan alla exoner i TMEM200B ligger där korta läsningar kartläggs tydligt.
Det som adderar: andelen av TMEM200B:s exoner i varje typ av svårt område
- MappbarhetSträckor där 100 eller 250 bp långa läsningar inte kan placeras entydigt, så ett anrop där kan saknas eller vara fel. Vikt 100 %.0 %
- HomologiSegmentella duplikationer: kopior på andra ställen i genomet, till exempel paraloger och pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vikt 60 %.0 %
- Shared with chrYThe pseudoautosomal regions and the X-transposed region, where chrX and chrY carry the same or nearly the same sequence, so reads from either may land on the other. Vikt 60 %.0 %
- ReferenstäckningLuckor i referensassemblyn i närheten, där det inte finns någon sekvens för läsningar att anpassas mot. Vikt 50 %.0 %
- RepetitionerTandemrepetitioner och serier av en och samma bas, som läsningar glider på och som kanske inte spänner över. Vikt 30 %.6,7 %
- GC-innehållFönster med under 25 % eller över 65 % G och C, som biblioteksberedningen täcker tunnt. Vikt 20 %.34 %
En poäng från Dante Labs egen forskning, byggd på NIST:s Genome in a Bottle-kartor över svårsekvenserade områden.Så beräknas poängenVarje stapel är andelen av TMEM200B:s exonbaser i just den typen av svårt område. Varje typ kan i sig göra en gen svår, och varje ytterligare typ adderar mindre: 0 när ingen bas ligger i någon, 100 när varje bas ligger där läsningar inte kan placeras entydigt.
Externa länkar
Genposter
Transkript
Protein
Varifrån detta kommer
- HGNC: genens symbol, namn, andra symboler och position.
- MANE Select v1.5, från NCBI och EMBL-EBI: transkriptet, dess exoner och kodande sekvens.
- Genome in a Bottle-stratifieringarna från NIST: poängen för sekvenseringssvårighet.
Citera den här sidan
Dante Labs. (u.å.). TMEM200B-genen: transmembrane protein 200B. Hämtad 19 oktober 2026, från https://dantelabs.com/sv/genes/tmem200b
Dante Labs. TMEM200B-genen: transmembrane protein 200B [Internet]. [citerad 19 oktober 2026]. Tillgänglig på: https://dantelabs.com/sv/genes/tmem200b
Ett test. Ett helt liv av svar.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor