Gen
CHL1
cell adhesion molecule L1 like
- HGNC 1939↗(öppnas i en ny flik)
- Ensembl-gen ENSG00000134121↗(öppnas i en ny flik)
- NCBI Gene 10752↗(öppnas i en ny flik)
Sammanfattning
- Cytogenetisk position
- 3p26.3
- Koordinater
- Kromosom 3: 196 763–409 417 (GRCh38)
- Exoner
- 28 exoner på 212,7 kb
- Protein
- 1 224 aminosyror
- Även känd som
- CALL, L1CAM2, FLJ44930, MGC132578
- MANE Select-transkript
- ENST00000256509.7NM_006614.4
- Lokustyp
- Proteinkodande
- Mycket hög
- Säker
- Låg
- Mycket låg
Den här sidan som data
Lägg till .json i sidans adress, eller begär application/json, för att läsa den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/chl1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLäs CHL1, och resten av ditt genom, med ett test.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor
Beställ mitt Genome TestKuraterade rapporter som är relevanta för denna gen
Ingen Genome Test-rapport läser CHL1 ännu. Testet sekvenserar hela ditt genom, så dina data innehåller den ändå.
Så är CHL1 uppbyggd
- Kodande sekvens
- Otranslaterad region
- Intron
- Transkriptionsriktning
- Sträckor som korta läsningar har svårt för
Exoner i genens MANE Select-transkript (version v1.5), från NCBI och EMBL-EBI, på referensgenomet GRCh38.
Kromosombanden från UCSC:s GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Närliggande gener från Ensembl-version 116, på GRCh38.
Exoner utgör 7,9 kb av genens 212,7 kb, och 3 675 av dessa baser kodar för proteinet.
Sekvensering av CHL1
1Lätt
Hur svår CHL1 är att sekvensera med korta läsningar, av 100
0 · Lätt100 · Svår
Nästan alla exoner i CHL1 ligger där korta läsningar kan kartläggas tydligt.
Det som tillkommer: andelen av CHL1s exoner i varje typ av svårsekvenserad region
- KartläggbarhetSträckor där 100 eller 250 bp långa läsningar inte kan placeras entydigt, så att ett anrop där kan saknas eller vara fel. Vikt 35 %.0 %
- HomologiSegmentella duplikationer: kopior på andra ställen i genomet, till exempel paraloger och pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vikt 30 %.0 %
- UpprepningarTandemupprepningar och serier av en och samma bas, som läsningar glider på och kanske inte täcker. Vikt 15 %.2,1 %
- GC-innehållFönster med under 25 % eller över 65 % G och C, som biblioteksberedningen täcker tunt. Vikt 10 %.7 %
- ReferenstäckningLuckor i den närliggande referensmonteringen, där det inte finns någon sekvens som läsningarna kan anpassas mot. Vikt 10 %.0 %
En poäng från Dante Labs egen forskning, baserad på NIST:s Genome in a Bottle-kartor över svårsekvenserade regioner.Så poängsätts detVarje stapel är andelen av CHL1s exonbaser i den typen av svår region. Poängen väger dem efter hur mycket var och en kostar ett anrop med korta läsningar: 0 när ingen bas ligger i någon av dem, 100 när varje bas ligger i alla.
Externa länkar
Genposter
Transkript
Protein
Varifrån detta kommer
- HGNC: genens symbol, namn, andra symboler och position.
- MANE Select v1.5, från NCBI och EMBL-EBI: transkriptet, dess exoner och kodande sekvens.
- Genome in a Bottle-stratifieringarna från NIST: poängen för sekvenseringssvårighet.
Citera den här sidan
Dante Labs. (u.å.). CHL1-genen: cell adhesion molecule L1 like. Hämtad 18 oktober 2026, från https://dantelabs.com/sv/genes/chl1
Dante Labs. CHL1-genen: cell adhesion molecule L1 like [Internet]. [citerad 18 oktober 2026]. Tillgänglig på: https://dantelabs.com/sv/genes/chl1
Ett test. Ett helt liv av svar.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor