Dante Omics AI har, i samarbete med Rockefeller University, Giunta Lab och ett nätverk av globala partner, sammanställt det mest fullständiga och exakta diploida referensgenomet för cellinjen RPE-1 – en av de mest använda standarderna för komplexa celltekniska experiment.
Denna milstolpe utgör en verklig ”källkod” för forskare världen över och öppnar upp för djupare insikter i strukturell komplexitet, genomisk stabilitet och CRISPR-baserad genteknik.
Varför detta är viktigt
RPE-1-linjen är en global referens inom cellbiologi, cancerforskning och genredigering. Hittills har dess genom dock varit ofullständigt, vilket inneburit att viktiga områden varit otydliga eller saknats.
Vår nya konstruktion ändrar på detta:
► Diploid fullständighet – både maternella och paternella haplotyper har kartlagts över kromosomerna.► Extremt hög noggrannhet – > 99,9999 % på flera kromosomer.► Fullständig täckning av komplexa regioner – centromerer, repetitiva sekvenser och strukturellt svårhanterligt DNA är nu kartlagda.► Integration över flera plattformar – data från Illumina-kortläsningar, PacBio HiFi, Oxford Nanopore-långläsningar och kompletterande källor.► Öppen tillgång – sammansättningen RPE1v1.1 är nu tillgänglig via NCBI och UCSC Genome Browser.
Ett gemensamt resultat
Detta projekt har endast kunnat genomföras tack vare den samlade kompetensen hos ett globalt konsortium, bestående av:
Rockefeller UniversityGiunta LabSapienza-universitetet i RomUniversity of TennesseeTrieste Area Science ParkUniversitetet i L’AquilaDante Omics AI
Som Andrea Riposati, vd för Dante Omics AI, förklarade: ”Tänk dig att felsöka programvara utan delar av källkoden. Med denna sammanställning har forskarna äntligen en fullständig och korrekt ’källkod’ för RPE-1-celler – ända ner till de mest komplexa områdena som tidigare var osynliga.”
Konsekvenser för vetenskap och medicin
En ny standard för cellteknik: CRISPR och andra redigeringstekniker kan nu stödja sig på en mer tillförlitlig referens.Fördjupad utforskning av DNA:s komplexitet: centromerer och repetitiva sekvenser, som tidigare var otillgängliga, kan nu studeras.Större genomslag inom olika forskningsområden: från onkologi till syntetisk biologi – detta genom ökar precisionen i experiment världen över.En modell för framtida sammansättningar: metoden kan utvidgas till andra cellinjer och arter.
Slutsats
Från suddig bild till 4K: DNA är mer än bara en rubrik – det markerar en vändpunkt för genomforskningen. Genom att kombinera AI-accelererad multiomik med banbrytande sekvenseringsteknik har Dante Omics AI och dess samarbetspartner tagit fram den hittills tydligaste genomiska kartan över en av biologins viktigaste cellmodeller.
➡ Läs pressmeddelandet på BusinessWire
Få nya inlägg från Dante Labs
Insikter inom genomik, produktnyheter och kliniska perspektiv – direkt till din inkorg.
