Gen
SPOPL
speckle type BTB/POZ protein like
- HGNC 27934↗(åpnes i ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000144228↗(åpnes i ny fane)
- NCBI Gene 339745↗(åpnes i ny fane)
Sammendrag
- Cytogenetisk plassering
- 2q22.1
- Koordinater
- Kromosom 2: 138 501 770–138 573 547 (GRCh38)
- Eksoner
- 11 eksoner over 71,8 kb
- Protein
- 392 aminosyrer
- Også kjent som
- BTBD33
- MANE Select-transkripsjon
- ENST00000280098.9NM_001001664.3
- Lokustype
- Proteinkodende
- Svært høy
- Sikker
- Lav
- Svært lav
Denne siden som data
Legg til .json etter adressen til siden, eller be om application/json, for å lese den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/spopl.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLes SPOPL og resten av genomet ditt med én test.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker
Få mitt Genome TestKuraterte rapporter som er relevante for dette genet
Ingen Genome Test-rapport leser SPOPL ennå. Testen sekvenserer hele genomet ditt, så dataene dine inkluderer det likevel.
Slik er SPOPL bygget opp
- Kodende sekvens
- Utranslatert region
- Intron
- Transkripsjonsretning
- Områder som korte avlesninger sliter med
Eksoner i genets MANE Select-transkripsjon (utgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referansegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSCs GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheten fra Ensembl-utgave 116, på GRCh38.
Eksonene utgjør 6,1 kb av genets 71,8 kb, og 1 179 av disse basene koder for proteinet.
Sekvensering av SPOPL
9Lav
Hvor vanskelig SPOPL er å sekvensere med korte leser, av 100Hver stolpe er andelen av SPOPLs eksonbaser i den typen vanskelige regioner. Poengsummen vekter dem etter hvor mye hver enkelt koster for et kortlest-kall: 0 når ingen base er i noen, 100 når hver base er i alle.
- KartleggbarhetStrekninger der 100 eller 250 bp lange leser ikke kan plasseres entydig, så et kall der kan mangle eller være feil. Vekt 35 %.0 %
- HomologiSegmentelle duplikasjoner: kopier andre steder i genomet, som paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vekt 30 %.24 %
- RepetisjonerTandemrepetisjoner og serier av én base, som leser glir på og kanskje ikke spenner over. Vekt 15 %.5,9 %
- GC-innholdVinduer under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksforberedelsen dekker tynt. Vekt 10 %.11 %
- ReferansedekningHull i referansesammenstillingen i nærheten, der det ikke finnes noen sekvens som leser kan justeres mot. Vekt 10 %.0 %
Eksterne lenker
Genposter
Transkripsjon
Protein
Klinisk
Her kommer dette fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og plassering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, eksonene og den kodende sekvensen.
- Genome in a Bottle-stratifiseringene for genom, fra NIST: poengsummen for sekvenseringsvanskelighet.
Siter denne siden
Dante Labs. (u.d.). SPOPL-genet: speckle type BTB/POZ protein like. Hentet 17. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/no/genes/spopl
Dante Labs. SPOPL-genet: speckle type BTB/POZ protein like [Internett]. [sitert 17. oktober 2026]. Tilgjengelig fra: https://dantelabs.com/no/genes/spopl
Én test. En livstid med svar.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker