PMS2-gen — Het door PMS2 veroorzaakte Lynch-syndroom heeft een lagere penetrantie voor kanker dan MLH1 of MSH2, maar het pseudogen PMS2CL maakt standaard genetisch onderzoek onbetrouwbaar, en WGS biedt een nauwkeurigere beoordeling.
Bij volledige genoomsequencing wordt PMS2 met een grotere nauwkeurigheid beoordeeld dan bij panelonderzoek, doordat het complexe PMS2/PMS2CL-pseudogengebied volledig wordt doorlopen — waardoor echte pathogene varianten van pseudogensequenties worden onderscheiden.
PMS2-gen — Lynch-syndroom
PMS2 (chromosoom 7p22.1) codeert voor een eiwit dat betrokken is bij het herstel van DNA-mismatches. Pathogene PMS2-varianten veroorzaken het Lynch-syndroom met een lagere penetrantie dan MLH1/MSH2 — ongeveer 15-20% levenslang risico op colorectale kanker en 15% risico op endometriumkanker (tegenover 50-80% voor colorectale kanker bij MLH1/MSH2). Ondanks de lagere penetrantie brengt PMS2-Lynch nog steeds een klinisch significant kankerrisico met zich mee dat verscherpt toezicht vereist.
PMS2 vormt een unieke uitdaging bij het testen: het pseudogen PMS2CL vertoont een sequentie-identiteit van meer dan 98% met de exonen 1-5 van PMS2, wat leidt tot een verkeerde toewijzing van varianten in standaard next-generation sequencing-panels. Varianten in het pseudogen kunnen ten onrechte worden aangemerkt als pathogene PMS2-varianten (vals-positieve resultaten), of echte PMS2-varianten kunnen ten onrechte worden afgedaan als artefacten van het pseudogen (vals-negatieve resultaten). Long-range PCR, genspecifieke amplificatie of benaderingen op basis van het volledige genoom verbeteren de nauwkeurigheid.
De behandeling van PMS2-Lynch omvat een colonoscopie om de 1 à 2 jaar vanaf de leeftijd van 25-30 jaar (later dan bij MLH1/MSH2 vanwege de lagere penetrantie), screening op endometriumkanker bij vrouwelijke dragers en het overwegen van chemopreventie met aspirine. Immunotherapie voor PMS2-deficiënte kankers is zeer effectief — MSI-high/dMMR-tumoren reageren uitstekend op pembrolizumab, ongeacht welk MMR-gen deficiënt is.
Het PMS2-pseudogen PMS2CL leidt tot verwarring bij standaard genetische tests. Varianten worden vaak verkeerd geclassificeerd. Als u bij panelonderzoek PMS2-resultaten met de aanduiding ‘VUS’ of ‘pathogeen’ hebt gekregen, wordt bevestiging via WGS aanbevolen.
PMS2 is het Lynch-gen dat het moeilijkst nauwkeurig te testen is vanwege het pseudogen. WGS biedt een superieure analyse door de volledige genomische context te analyseren, waardoor het aantal valse positieven en negatieven als gevolg van interferentie door het pseudogen wordt verminderd.
Interferentie door pseudogenen leidt tot valse positieven en negatieven bij PMS2 — WGS lost deze onduidelijkheid op
Bij standaard NGS-panels worden varianten tussen PMS2 en PMS2CL vaak verkeerd toegewezen. Een patiënt bij wie een pathogene PMS2-variant is vastgesteld, kan in werkelijkheid een goedaardige pseudogeenvariant hebben (vals-positief → onnodige follow-up). Omgekeerd kan een echte PMS2-variant worden weggefilterd als pseudogeenruis (vals-negatief → gemiste Lynch-diagnose). WGS leest de volledige genomische context, waardoor de nauwkeurigheid van de varianttoewijzing wordt verbeterd.
Kankers van het PMS2-Lynch-type reageren op immuuntherapie — een dMMR-status maakt het gebruik van pembrolizumab mogelijk, ongeacht het specifieke MMR-gen
Tumoren met een PMS2-deficiëntie vertonen een hoge MSI-status en reageren op immuuncheckpointremmers. Pembrolizumab is door de FDA goedgekeurd voor alle kankers met een hoge MSI-status en deficiëntie in het DNA-reparatiemechanisme (dMMR), ongeacht het oorspronkelijke weefsel. Door de PMS2-kiembanestatus te bevestigen, wordt het moleculaire mechanisme achter de hoge MSI-status vastgesteld en wordt een reeks familietests in gang gezet.
Je volledige DNA (niet slechts een deel ervan)
Bij traditionele genetische tests wordt alleen naar beperkte sets genen gekeken, waardoor het grootste deel van je genoom buiten beschouwing blijft. Wij sequencen je volledige genoom — elk gen en elk gebied tussen de genen.
Uitgebreide inzichten en gespecialiseerde rapporten
Overzichtelijk en met antwoorden waarop u en uw arts direct kunnen reageren. Geen dossier dat u moet ontcijferen — meer dan 200 klinische rapporten, ingedeeld per categorie.
Uw test wordt elk jaar waardevoller
Uw DNA verandert niet, maar de genoomwetenschap maakt een snelle ontwikkeling door. Elke maand worden er nieuwe verbanden tussen varianten en ziekten ontdekt. Wij controleren deze bevindingen en werken uw rapporten automatisch bij. Uw test wordt elk jaar waardevoller.
De resultaten die artsen boeken bij hun moeilijkste gevallen.
Veertig jaar onzekerheid. Eén test.
Een patiënt had tientallen jaren in het Britse gezondheidszorgsysteem doorgebracht zonder dat er een diagnose was gesteld. Dante-gegevens, die door de klinische teams van de NHS in het Queen Elizabeth University Hospital in Glasgow werden geaccepteerd, brachten het Noonan-syndroom en een met leukemie geassocieerde RUNX1-variant aan het licht die tot dan toe onopgemerkt waren gebleven. Na 40 jaar hadden ze eindelijk een antwoord.
Als je het helemaal leest, krijg je een volledig beeld.
Een patiënt kwam naar Dante voor onderzoek naar periodieke verlamming. Uit de analyse van het volledige genoom bleek dat er sprake was van een gelijktijdige erfelijke hartaandoening — het Brugadasyndroom — die door de behandelend arts met een ECG werd bevestigd. Het resultaat gaf ook een verklaring voor de onopgehelderde hartproblemen bij een familielid. Eén test. Alle antwoorden in één.
Gesequenced in 2019. De gegevens zijn in 2021 verwerkt.
Jennifer liet haar genoom door Dante in kaart brengen, twee jaar voordat bij haar borstkanker werd vastgesteld. Toen de behandeling van start ging, bleek uit de farmacogenomische gegevens van Dante dat de voorgeschreven chemotherapie ernstige bijwerkingen zou veroorzaken. Haar arts koos voor een alternatief — en zo kon ze vanaf de eerste dag met een effectieve behandeling beginnen.
Elke vraag over genetica verdient een volledig antwoord.
Of je nu vandaag op zoek bent naar antwoorden of je gezondheid voor de toekomst wilt beschermen, een volledige analyse van je volledige genoom is het enige uitgangspunt.
Het zit in je familie. Nu kun je ontdekken of het in je genen zit.
Uw genoom bevat erfelijke varianten die in verband worden gebracht met aandoeningen zoals hartaandoeningen, kanker en neurologische aandoeningen. Wij analyseren ze allemaal — met de nodige klinische diepgang om de resultaten betekenis te geven.
Meer informatie →Als uit de gebruikelijke laboratoriumtests blijkt dat er niets aan de hand is. En je weet dat dat niet zo is.
Bij standaarddiagnostische tests wordt gezocht naar een vooraf vastgestelde reeks antwoorden. Wij brengen uw volledige DNA in kaart — inclusief delen waarvoor geen enkele test is ontwikkeld. Als het antwoord in uw genoom zit, helpen wij u het te vinden.
Meer informatie →Uw diagnose is wellicht juist. Uw behandelplan is wellicht onvolledig.
Uw genen bepalen welke behandelingen de meeste kans van slagen hebben — en welke niet. Wij bieden uw arts de middelen en inzichten om uw behandelplan op maat samen te stellen.
Meer informatie →Je wilt het weten voordat de situatie je daartoe dwingt.
Sommige mensen wachten niet op een diagnose of een familiegeschiedenis om actie te ondernemen. Met een volledige genoomsequencing krijg je nu al een volledig genetisch beeld — zodat jij en je arts weloverwogen beslissingen kunnen nemen voordat de situatie urgent wordt.
Meer informatie →Je hebt al een DNA-test gedaan. Dit is wat die test je niet kon vertellen.
De meeste DNA-tests voor consumenten analyseren minder dan 0,1% van je genoom. Wij analyseren het volledige genoom.
Meer informatie →Resultaten van klinische kwaliteit. Gekozen door particulieren, vertrouwd door artsen voor hun meest complexe gevallen.
De Dante Genome Test hielp specialisten in een nationaal ziekenhuis voor acute zorg in het Verenigd Koninkrijk bij het vaststellen van het syndroom van Noonan en een zeldzame genetische variant die verband houdt met leukemie en die tot dan toe onopgemerkt was gebleven. Dat resultaat heeft de medische behandeling van de patiënt veranderd.
Erkend door & gepubliceerd in
Veelgestelde vragen over volledige genoomsequencing.
Wat is het verschil tussen volledige genoomsequencing en een gerichte genetische test?
Gerichte genetische tests — waaronder standaardpanels voor erfelijke kanker — scannen een vooraf vastgestelde lijst van bekende varianten in een specifieke reeks genen. Ze zijn ontworpen om te vinden wat ze al weten te zoeken . Bij volledige genoomsequencing wordt uw volledige genoom gescand: alle 6 miljard basenparen, elk gen, elk gebied tussen genen. Een studie van de Mayo Clinic, gepubliceerd in JAMA Oncology, toonde aan dat standaardtestrichtlijnen meer dan de helft van de patiënten met erfelijke kankermutaties over het hoofd zagen. Genome Test heeft geen vaste lijst.
Wat krijg ik als mijn uitslag bekend is?
Uw Dante Genome biedt meer dan 200 rapporten die direct door artsen kunnen worden gebruikt, ingedeeld naar klinische categorie: erfelijke kanker, hartaandoeningen, zeldzame ziekten, farmacogenomica, dragerschap en meer. De rapporten worden geleverd in uw beveiligde Genome Manager en zijn opgemaakt voor direct klinisch gebruik. Uw genoomgegevens worden permanent bewaard en automatisch opnieuw geanalyseerd naarmate de wetenschap vordert.
Wat gebeurt er als er een klinisch relevante variant wordt gevonden?
Als er een pathogene of mogelijk pathogene variant wordt vastgesteld, wordt deze duidelijk aangegeven in uw voor artsen bestemd rapport, samen met de klinische context, gepubliceerde wetenschappelijke gegevens en aanbevolen vervolgstappen. Wij raden u aan om elke klinisch relevante bevinding te delen met uw arts of een genetisch consulent, die u kan begeleiden bij beslissingen over follow-up, risicobeperking of cascade-testen voor familieleden.
Waarin verschilt dit van een DNA-test voor consumenten, zoals 23andMe of AncestryDNA?
Bij DNA-tests voor consumenten wordt gebruikgemaakt van genotyperingschips die minder dan 0,1% van uw genoom aflezen — een zeer kleine, vooraf geselecteerde reeks veelvoorkomende varianten. Deze tests zijn geoptimaliseerd voor afkomst en populatiekenmerken, niet voor klinische genetische bevindingen. De Dante Genome Test sequentieert 100% van uw genoom met een 30-voudige dekking, de zelfde standaard die wordt gebruikt in klinische diagnostische omgevingen. De twee tests zijn niet vergelijkbaar wat betreft omvang, methodologie of klinisch nut.
Hoe lang duurt het voordat er resultaten zichtbaar zijn, en hoe worden die resultaten gepresenteerd?
Uw afnamekit wordt binnen 48 uur na bestelling verzonden. Zodra uw monster is aangekomen in ons CLIA-gecertificeerde laboratorium, duurt het 6 tot 8 weken voordat de sequentiebepaling en analyse zijn voltooid. De resultaten worden veilig naar uw Genome Manager geüpload, waar u uw rapporten kunt inzien, deze met uw arts kunt delen en automatische updates ontvangt zodra nieuwe bevindingen aan de hand van uw genoom zijn gevalideerd.
We werken samen met patiëntenbelangenorganisaties over de hele wereld.
Dante Labs werkt samen met patiëntenbelangenorganisaties van elke omvang — voor het PMS2-gen — het Lynch-syndroom en andere aandoeningen, zowel zeldzame als veelvoorkomende. Wij ondersteunen organisaties in elk land, inclusief virtuele patiëntenbelangenorganisaties.
Wij bieden rapporten op maat, groepskortingen en pakketten die speciaal zijn afgestemd op uw leden. Neem contact met ons op via het formulier; wij nemen binnen twee werkdagen contact met u op.
- Genomische rapporten op maat voor uw leden
- Groepskortingen en pakketten op maat
- Elk land — inclusief virtuele groepen
- Zeldzame en veelvoorkomende aandoeningen die worden behandeld
Bericht ontvangen.
We nemen binnen twee werkdagen contact met u op. Wilt u direct contact opnemen? hello@dantelabs.com
Eén test.
Een leven lang antwoorden.
Eén kit, bij u thuis bezorgd. Uw volledige genoom gesequenced volgens de klinische standaard die wordt gehanteerd voor diagnostische beslissingen. Meer dan 200 rapporten die direct door artsen kunnen worden gebruikt, binnen 6 tot 8 weken geleverd in uw Genome Manager — permanent beschikbaar en bijgewerkt naarmate de wetenschap vordert.
Wordt binnen 48 uur verzonden · Resultaten binnen 6–8 weken
