Gene
CHEK2
checkpoint kinase 2
- HGNC 16627↗(si apre in una nuova scheda)
- Gene Ensembl ENSG00000183765↗(si apre in una nuova scheda)
- NCBI Gene 11200↗(si apre in una nuova scheda)
Sintesi
- Localizzazione citogenetica
- 22q12.1
- Coordinate
- Cromosoma 22: 28.687.743–28.741.820 (GRCh38)
- Esoni
- 15 esoni su 54,1 kb
- Proteina
- 543 amminoacidi, 60,9 kDa
- Noto anche come
- CDS1, CHK2, HuCds1, PP1425, bA444G7
- Simboli precedenti
- RAD53
- Trascritto MANE Select
- ENST00000404276.6NM_007194.4
- Tipo di locus
- Codificanti per proteine
- Molto alta
- Buona
- Bassa
- Molto bassa
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Ottieni il mio Genome TestReport curato rilevante per questo gene
Geni del seno e dell'ovaio oltre BRCA1/2
- Predisposizione al tumore correlata a CHEK2Autosomica dominante
Varianti in CHEK2 che aumentano moderatamente il rischio di tumore del seno e, forse, di alcuni altri tumori.
- ClinGen definitivoClinGen valuta il collegamento come definitivo
- GenCC 22 submitter GenCC valutano come definitiva o forte
▶Azionabilità
Generalmente si raccomanda uno screening mammario potenziato, spesso con risonanza magnetica annuale.
- Tumore del seno ereditarioAutosomica dominante
Suscettibilità ereditaria al tumore del seno causata da varianti in uno di diversi geni.
- GenCC 11 submitter GenCC valuta come definitiva o forte
▶Azionabilità
A seconda del gene, può essere consigliato uno screening mammario anticipato e più intensivo, inclusa la risonanza magnetica.
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Ottieni il mio Genome TestStruttura di CHEK2
- Sequenza codificante
- Regione non tradotta
- Introne
- Direzione della trascrizione
- Siti noti causativi di malattia
- Regioni che le letture brevi faticano a leggere
- Varianti con una pagina
Esoni del trascritto MANE Select del gene (versione v1.5), da NCBI ed EMBL-EBI, sul genoma di riferimento GRCh38.
Bande cromosomiche dall'ideogramma GRCh38 di UCSC (2022-10-29).
Geni vicini dalla release 116 di Ensembl, su GRCh38.
Gli esoni costituiscono 1,8 kb dei 54,1 kb del gene; 1632 di queste basi codificano la proteina.
Sequenziamento di CHEK2
51Difficile
Quanto è difficile sequenziare CHEK2 con letture corte, su 100
0 · Facile100 · Difficile
Gran parte di CHEK2 si trova in punti in cui le letture corte possono non rilevare o collocare in modo errato una variante.
A questo si aggiunge la quota degli esoni di CHEK2 in ciascun tipo di regione difficile
- MappabilitàTratti in cui letture da 100 o 250 bp non possono essere collocate in modo univoco, quindi una chiamata in quel punto potrebbe mancare o essere errata. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 100.35%
- OmologiaDuplicazioni segmentali: copie altrove nel genoma, come paraloghi e pseudogeni, con identità del 90% o superiore. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 60.37%
- Condiviso con chrYLe regioni pseudoautosomiche e la regione X-trasposta, dove chrX e chrY portano la stessa sequenza o una quasi identica, per cui una lettura proveniente da uno dei due può essere collocata sull'altro. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 60.0%
- Copertura del riferimentoLacune nell'assemblaggio di riferimento nelle vicinanze, dove non c'è sequenza a cui le letture possano allinearsi. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 50.0%
- RipetizioniRipetizioni in tandem e tratti di una sola base, su cui le letture scivolano e che potrebbero non coprire per intero. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 30.3,5%
- Contenuto di GCFinestre con meno del 25% o più del 65% di G e C, che la preparazione della libreria copre in modo scarso. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 20.5,6%
Un punteggio di Dante Labs basato su nostre ricerche, costruito sulle mappe Genome in a Bottle del NIST delle regioni difficili da sequenziare.Come viene calcolato il punteggioOgni barra indica la quota delle basi esoniche di CHEK2 in quel tipo di regione difficile. Ciascun tipo può da solo rendere difficile un gene, e ogni tipo aggiuntivo incide sempre meno: 0 quando nessuna base ricade in alcuna regione, 100 quando ogni base si trova in un punto in cui le letture non possono essere collocate in modo univoco.
731
posizioni in CHEK2 in cui ClinVar classifica una variante come patogena o probabilmente patogena
212 di esse (29%) rientrano in regioni che le letture corte faticano a sequenziare.
- Low mappabilityRegions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely. (187 siti)
- Segmental duplicationsCopies of at least 1 kb sharing at least 90% identity with another part of the genome (paralogues, pseudogenes); reads may align to the wrong copy. (212 siti)
Un genoma intero copre tutti i 54,1 kb di CHEK2, introni inclusi, e non solo i 1,8 kb di esoni.
Varianti con una pagina (323)
Le varianti CHEK2 con una pagina qui, prima quelle con più stelle di revisione. Ogni pagina descrive il registro pubblico di ClinVar sulla variante, mai un risultato.
| Variante | HGVS c. | Esone o introne | Posizione (GRCh38) | Classificazione ClinVar | Stato di revisione |
|---|---|---|---|---|---|
| A91Cfs*17 | c.269dup | Esone 2 | 28.734.452 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| A98Pfs*12 | c.292del | Esone 2 | 28.734.429 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| c.98C>G | Esone 2 | 28.734.624 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto | |
| c.276del | Esone 2 | 28.734.445 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto | |
| c.278G>A | Esone 2 | 28.734.444 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto | |
| c.319+1G>A | Introne 2 | 28.734.402 | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto | |
| c.319+1G>C | Introne 2 | 28.734.402 | Probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto | |
| c.319+1G>T | Introne 2 | 28.734.402 | Probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto | |
| c.319+2T>A | Introne 2 | 28.734.401 | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto | |
| c.320-1G>T | Introne 2 | 28.725.368 | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
Varianti patogeniche ClinVar (1043)
Le varianti CHEK2 che ClinVar classifica come patogene o probabilmente patogene per qualsiasi condizione, esaminate da almeno un soggetto che le ha inviate con criteri, e le più esaminate tra queste. È il registro pubblico di ClinVar sul gene, non un risultato.
- Patogena 741
- Patogena/probabilmente patogena 63
- Probabilmente patogena 239
| Variante | Condizioni | Classificazione ClinVar | Stato di revisione |
|---|---|---|---|
| NM_007194.4(CHEK2):c.1502_1503dup (p.Glu502fs) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1486C>T (p.Gln496Ter) | hereditary breast carcinoma e altre 2 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1465G>T (p.Glu489Ter) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1459C>T (p.Gln487Ter) | CHEK2-related cancer predisposition e altre 2 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1455dup (p.Leu486fs) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1454G>A (p.Trp485Ter) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1451del (p.Pro484fs) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1442T>G (p.Leu481Ter) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1434del (p.Glu479fs) | breast cancer e altre 2 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1435G>T (p.Glu479Ter) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1432G>T (p.Glu478Ter) | hereditary breast carcinoma | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1415del (p.Lys472fs) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1400del (p.Leu467fs) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1400T>A (p.Leu467Ter) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1393A>T (p.Lys465Ter) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1371_1372del (p.Lys458fs) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1368dup (p.Glu457fs) | CHEK2-related cancer predisposition e altre 4 | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1369G>T (p.Glu457Ter) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1367C>G (p.Ser456Ter) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1356G>A (p.Trp452Ter) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1355G>A (p.Trp452Ter) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1348G>T (p.Glu450Ter) | hereditary breast carcinoma | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1344del (p.Pro449fs) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1341del (p.Phe447fs) | hereditary breast carcinoma | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1337del (p.Asn446fs) | hereditary breast carcinoma e un'altra | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
Vedi tutte le 1043 con ogni altra variante CHEK2 in ClinVar → (si apre in una nuova scheda)
Geni associati alle stesse condizioni
- ATMATM serine/threonine kinaseCondivide 1 condizione
- BARD1BRCA1 associated RING domain 1Condivide 1 condizione
- BRIP1BRCA1 interacting DNA helicase 1Condivide 1 condizione
- CDH1cadherin 1Condivide 1 condizione
- CTNNA1catenin alpha 1Condivide 1 condizione
- PALB2partner and localizer of BRCA2Condivide 1 condizione
Tratti collegati a CHEK2
L'Human Phenotype Ontology elenca questi come caratteristiche delle rare condizioni che CHEK2 può causare. La pagina di ciascun tratto elenca gli altri geni ad esso collegati.
Abnormality of the nervous system
- Glioblastoma multiforme
- Anxiety
- Attention deficit
- Behavioral abnormality
- Depression
- Epilepsy
- Irritability
- Migraine
Mostra altri 22 tratti
- Rise in pressure inside skull
- Abnormal gait
- Abnormal pyramidal sign
- Abnormal speech pattern
- Astrocytoma
- Benign neoplasm of the central nervous system
- Cancer of early nerve cells
- Choroid plexus carcinoma
- Difficulty articulating speech
- Disorder of involuntary muscle movements
- Disturbed sensory perception
- Dysgraphia
- Ependymoma
- Hallucinations
- Loss of developmental milestones
- Memory impairment
- Paralysis or weakness of one side of body
- Pins and needles feeling
- Tumors of the central nervous system
- Medulloblastoma
- Glioma
- Noncancerous growth of membranes covering brain
Link esterni
Schede genetiche
Trascritto
Proteina
Da dove provengono questi dati
- HGNC: il simbolo del gene, il nome, gli altri simboli e la localizzazione.
- MANE Select v1.5, da NCBI ed EMBL-EBI: il trascritto, i suoi esoni e la sequenza codificante.
- GenCC e ClinGen, pubblicati il 2026-10-23: a quali condizioni il gene è associato e con quale grado di evidenza.
- L'elenco ACMG dei reperti secondari, SF v3.2.
- ClinVar e le stratificazioni GIAB: siti noti associati a malattie e le regioni che le letture corte faticano a sequenziare.
- Le stratificazioni genomiche di Genome in a Bottle, dal NIST: il punteggio di difficoltà di sequenziamento.
- The Human Phenotype Ontology, versione 2026-09-01: i tratti collegati al gene. Scopri di più su hpo.jax.org.
- Modello AlphaFold DB AF-O96017-F1, versione 6, di Google DeepMind ed EMBL-EBI (CC BY 4.0): la struttura della proteina come prevista da AlphaFold, non come misurata, e il relativo livello di confidenza in ciascuna parte.
- Rilascio dei dati 2026.10.23-dc0c0517.
Cita questa pagina
Dante Labs. (s.d.). Gene CHEK2: checkpoint kinase 2. Consultato il 23 ottobre 2026, da https://dantelabs.com/it/genes/chek2
Dante Labs. Gene CHEK2: checkpoint kinase 2 [Internet]. [citato il 23 ottobre 2026]. Disponibile da: https://dantelabs.com/it/genes/chek2
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