Gén
NUF2
NUF2 component of NDC80 kinetochore complex
- HGNC 14621↗(új lapon nyílik meg)
- Ensembl gén ENSG00000143228↗(új lapon nyílik meg)
- NCBI Gene 83540↗(új lapon nyílik meg)
Összefoglalás
- Citogenetikai elhelyezkedés
- 1q23.3
- Koordináták
- 1. kromoszóma: 163 321 954–163 355 759 (GRCh38)
- Exonok
- 14 exon, összesen 33,8 kb
- Fehérje
- 464 aminosav
- Más néven ismert
- NUF2R, CT106
- Korábbi jelölések
- CDCA1
- MANE Select transzkriptum
- ENST00000271452.8NM_145697.3
- Lokusz típusa
- Fehérjét kódoló
- Nagyon magas
- Megbízható
- Alacsony
- Nagyon alacsony
Ez az oldal adatként
Adja hozzá a .json végződést az oldal címéhez, vagy kérjen application/json típust, hogy JSON-ként olvassa be.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/nuf2.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameOlvassa el a NUF2-t és genomja többi részét egyetlen teszttel.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt
Kérem a Genome TestemetEhhez a génhez kapcsolódó, kurált jelentések
A Genome Test egyik jelentése sem olvassa a(z) NUF2 gént. A teszt az egész genomot szekvenálja, így az Ön adatai ennek ellenére tartalmazzák.
A NUF2 felépítése
- Kódoló szekvencia
- Transzlálatlan régió
- Intron
- A transzkripció iránya
- Olyan szakaszok, amelyeket a rövid olvasatok nehezen értelmeznek
A gén MANE Select átiratának exonjai (kiadás: v1.5), az NCBI és az EMBL-EBI adatai alapján, a GRCh38 referencia-genomon.
Kromoszómasávok az UCSC GRCh38 ideogramjából (2022-10-29).
Közeli gének az Ensembl 116 kiadásából, GRCh38 szerint.
Az exonok a gén 33,8 kb-jából 2 kb-ot tesznek ki; ezek közül 1395 bázis kódolja a fehérjét.
NUF2 szekvenálása
2Könnyű
Mennyire nehéz a NUF2 szekvenálása rövid olvasatokkal, 100-as skálán
0 · Könnyű100 · Nehéz
A NUF2 exonjainak szinte mindegyike olyan helyen található, ahol a rövid olvasatok tisztán illeszthetők.
Ehhez hozzájárul: a NUF2 exonjainak aránya az egyes nehéz régiótípusokban
- LeképezhetőségOlyan szakaszok, ahol a 100 vagy 250 bp-os olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen, így az ott tett hívás hiányos vagy hibás lehet. Súly: 35%.0%
- HomológiaSzegmentális duplikációk: a genom más helyein található másolatok, például paralógok és pszeudogének, legalább 90%-os azonossággal. Súly: 30%.0%
- IsmétlődésekTandem ismétlődések és egyetlen bázis ismétlődő szakaszai, amelyeken az olvasatok megcsúszhatnak, és amelyeket esetleg nem fednek át. Súly: 15%.1,3%
- GC-tartalom25% alatti vagy 65% feletti G+C tartalmú ablakok, amelyeket a könyvtárkészítés gyengén fed le. Súly: 10%.16%
- Referencia-lefedettségA közelben lévő hiányok a referencia-összeállításban, ahol nincs olyan szekvencia, amelyhez az olvasatok illeszthetők lennének. Súly: 10%.0%
A Dante Labs saját kutatásán alapuló pontszám, amely a NIST Genome in a Bottle nehezen szekvenálható régiókat bemutató térképeire épül.Hogyan számítjuk kiMinden oszlop a NUF2 exonbázisainak azon arányát mutatja, amely az adott típusú nehéz régióban található. A pontszám ezeket aszerint súlyozza, hogy mennyibe kerül mindegyik a rövid olvasatokon alapuló hívás számára: 0, ha egyetlen bázis sem esik egyik régióba sem, 100, ha minden bázis mindegyikben benne van.
Külső hivatkozások
Génadatok
Átirat
Fehérje
Az adatok forrásai
- HGNC: a gén jelölése, neve, egyéb jelölései és elhelyezkedése.
- MANE Select v1.5, az NCBI és az EMBL-EBI adatai: a transzkriptum, exonjai és kódoló szekvenciája.
- A Genome in a Bottle genomstratifikációi a NIST-től: a szekvenálási nehézségi pontszám.
Az oldal idézése
Dante Labs. (n.d.). NUF2 gén: NUF2 component of NDC80 kinetochore complex. Lekérve: 2026. október 18., forrás: https://dantelabs.com/hu/genes/nuf2
Dante Labs. NUF2 gén: NUF2 component of NDC80 kinetochore complex [Internet]. [idézve: 2026. október 18.]. Elérhető: https://dantelabs.com/hu/genes/nuf2
Egy teszt. Egy életen át tartó válaszok.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt