Gén
HULC
hepatocellular carcinoma up-regulated long non-coding RNA
- HGNC 34232↗(új lapon nyílik meg)
- Ensembl gén ENSG00000285219↗(új lapon nyílik meg)
- NCBI Gene 728655↗(új lapon nyílik meg)
Összefoglalás
- Citogenetikai elhelyezkedés
- 6p24.3
- Koordináták
- 6. kromoszóma: 8 652 269–8 653 856 (GRCh38)
- Exonok
- 2 exon, összesen 1,6 kb
- Más néven ismert
- NCRNA00078, LINC00078, HCCAT1
- MANE Select transzkriptum
- ENST00000503668.3NR_004855.3
- Lokusz típusa
- Hosszú nem kódoló RNS (lncRNS)
Ez az oldal adatként
Adja hozzá a .json végződést az oldal címéhez, vagy kérjen application/json típust, hogy JSON-ként olvassa be.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/hulc.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameOlvassa el a HULC-t és genomja többi részét egyetlen teszttel.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt
Kérem a Genome TestemetEhhez a génhez kapcsolódó, kurált jelentések
A Genome Test egyik jelentése sem olvassa a(z) HULC gént. A teszt az egész genomot szekvenálja, így az Ön adatai ennek ellenére tartalmazzák.
A HULC felépítése
- Transzlálatlan régió
- Intron
- A transzkripció iránya
A gén MANE Select átiratának exonjai (kiadás: v1.5), az NCBI és az EMBL-EBI adatai alapján, a GRCh38 referencia-genomon.
Kromoszómasávok az UCSC GRCh38 ideogramjából (2022-10-29).
Közeli gének az Ensembl 116 kiadásából, GRCh38 szerint.
Az exonok a gén 1,6 kb-jából 0,4 kb-ot tesznek ki.
HULC szekvenálása
3Könnyű
Mennyire nehéz a HULC szekvenálása rövid olvasatokkal, 100-ból
0 · Könnyű100 · Nehéz
A HULC exonjainak szinte mindegyike olyan helyen van, ahol a rövid olvasatok tisztán leképezhetők.
Ami tovább nehezíti: a HULC exonjainak aránya az egyes típusú nehéz régiókban
- LeképezhetőségOlyan szakaszok, ahol a 100 vagy 250 bp-os olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen, így a hívás ott hiányozhat vagy hibás lehet. Súly: 35%.0%
- HomológiaSzegmentális duplikációk: a genom más helyein lévő másolatok, például paralógok és pszeudogének, legalább 90%-os azonossággal. Súly: 30%.0%
- IsmétlődésekTandem ismétlődések és egyetlen bázisból álló ismétlések, amelyeken az olvasatok megcsúsznak, és amelyeket esetleg nem fognak át. Súly: 15%.20%
- GC-tartalomOlyan szakaszok, ahol a G és C bázisok aránya 25% alatti vagy 65% feletti, és amelyeket a könyvtárkészítés gyengén fed le. Súly: 10%.0%
- Referencia-lefedettségA közeli referencia-összeszerelés hiányai, ahol nincs olyan szekvencia, amelyhez az olvasatok igazodhatnának. Súly: 10%.0%
A Dante Labs saját kutatásán alapuló pontszám, amely a NIST Genome in a Bottle térképein nyugszik, a nehezen szekvenálható régiókat mutatja be.Így számítjuk kiMinden oszlop a HULC exonbázisainak azon arányát mutatja, amely az adott típusú nehéz régióban van. Bármelyik típus önmagában is nehézzé teheti a gént, a további típusok azonban egyre kevesebbet adnak hozzá: 0, ha egy bázis sem esik egyik típusba sem, 100, ha minden bázis olyan helyen van, ahol az olvasatok nem helyezhetők el egyértelműen.
Külső hivatkozások
Génadatok
Átirat
Az adatok forrásai
- HGNC: a gén jelölése, neve, egyéb jelölései és elhelyezkedése.
- MANE Select v1.5, az NCBI és az EMBL-EBI adatai: a transzkriptum, exonjai és kódoló szekvenciája.
- A Genome in a Bottle genomstratifikációi a NIST-től: a szekvenálási nehézségi pontszám.
Az oldal idézése
Dante Labs. (n.d.). HULC gén: hepatocellular carcinoma up-regulated long non-coding RNA. Lekérve: 2026. október 18., forrás: https://dantelabs.com/hu/genes/hulc
Dante Labs. HULC gén: hepatocellular carcinoma up-regulated long non-coding RNA [Internet]. [idézve: 2026. október 18.]. Elérhető: https://dantelabs.com/hu/genes/hulc
Egy teszt. Egy életen át tartó válaszok.
449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt