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Gène

SLC18B1

solute carrier family 18 member B1

Résumé

Localisation cytogénétique
6q23.2
Coordonnées
Chromosome 6 : 132 769 370–132 798 637 (GRCh38)
Exons
14 exons sur 29,3 kb
Protéine
456 acides aminés
Aussi appelé
dJ55C23.6
Symboles précédents
C6orf192
Transcrit MANE Select
ENST00000275227.9NM_052831.3
Type de locus
Codant pour une protéine
  • Très élevé
  • Fiable
  • Faible
  • Très faible

Rapport d'expertise pertinent pour ce gène

Aucun rapport Genome Test ne lit encore SLC18B1. Le test séquence l'intégralité de votre génome, donc vos données l'incluent tout de même.

Structure de SLC18B1

  • Séquence codante
  • Région non traduite
  • Intron
  • Sens de la transcription
  • Régions que les lectures courtes peinent à analyser
Chromosome 6, avec un crochet à l'emplacement de SLC18B1. SLC18B1 et 12 gènes à proximité sur le chromosome 6, de 132 284 004 à 133 284 003.Chromosome 66q23.2p25.3p25.2p25.1p24.3p24.2p24.1p23p22.3p22.2p22.1p21.33p21.32p21.31p21.2p21.1p12.3p12.2p12.1p11.2p11.1q11.1q11.2q12q13q14.1q14.2q14.3q15q16.1q16.2q16.3q21q22.1q22.2q22.31q22.32q22.33q23.1q23.2q23.3q24.1q24.2q24.3q25.1q25.2q25.3q26q27132,4 Mb132,6 Mb132,8 Mb133 Mb133,2 MbMOXD1 : 132 295 882–132 401 556, brin inverseMOXD1STX7 : 132 409 374–132 513 999, brin inverseSTX7TAAR9 : 132 538 277–132 539 336, brin directTAAR9TAAR8 : 132 552 672–132 553 756, brin directTAAR8TAAR6 : 132 570 322–132 571 359, brin directTAAR6TAAR5 : 132 588 592–132 589 741, brin inverseTAAR5TAAR2 : 132 617 022–132 624 275, brin inverseTAAR2TAAR1 : 132 643 312–132 659 207, brin inverseTAAR1VNN1 : 132 680 849–132 719 962, brin inverseVNN1VNN2 : 132 743 870–132 763 466, brin inverseVNN2SLC18B1 : 132 769 370–132 798 637, brin inverseSLC18B1RPS12 : 132 814 542–132 825 144, brin directRPS12EYA4 : 133 240 514–133 533 912, brin directEYA4Schéma de SLC18B1 : 14 exons sur le brin inverse du chromosome 6Exon 14 : 132 769 370–132 770 336, 967 basesExon 13 : 132 770 890–132 770 939, 50 basesExon 12 : 132 771 036–132 771 129, 94 basesExon 11 : 132 772 132–132 772 206, 75 basesExon 10 : 132 772 993–132 773 088, 96 basesExon 9 : 132 774 222–132 774 313, 92 basesExon 8 : 132 776 328–132 776 429, 102 basesExon 7 : 132 779 268–132 779 404, 137 basesExon 6 : 132 783 933–132 784 089, 157 basesExon 5 : 132 787 434–132 787 581, 148 basesExon 4 : 132 789 764–132 789 837, 74 basesExon 3 : 132 790 177–132 790 272, 96 basesExon 2 : 132 796 982–132 797 121, 140 basesExon 1 : 132 798 414–132 798 637, 224 bases141210864215′3′

Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.

Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).

Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.

Les exons représentent 2,5 kb sur les 29,3 kb du gène ; 1 371 de ces bases codent pour la protéine.

Séquençage de SLC18B1

4Facile

Difficulté de séquençage de SLC18B1 avec des lectures courtes, sur 100

Presque tous les exons de SLC18B1 se trouvent dans des zones où les lectures courtes s'alignent correctement.

Ce qui s'y ajoute : la part des exons de SLC18B1 dans chaque type de zone difficile

  • Mappabilité0,5 %
  • Homologie0 %
  • Shared with chrY0 %
  • Couverture de référence0 %
  • Répétitions3,4 %
  • Teneur en GC13 %

Un score Dante Labs issu de nos propres recherches, fondé sur les cartes de régions difficiles à séquencer du projet Genome in a Bottle du NIST.Mode de calcul du score

Liens externes

D'où proviennent ces données

  • HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
  • MANE Select v1.5, issu de NCBI et d'EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
  • Les stratifications du génome Genome in a Bottle, publiées par le NIST : le score de difficulté de séquençage.

Citer cette page

APA

Dante Labs. (s.d.). Gène SLC18B1 : solute carrier family 18 member B1. Consulté le 19 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/slc18b1

Vancouver

Dante Labs. Gène SLC18B1 : solute carrier family 18 member B1 [Internet]. [consulté le 19 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/slc18b1

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