Risque génétique de BPCO — Le déficit en alpha-1-antitrypsine est responsable de 1 à 3 % des cas de BPCO et peut être traité par une thérapie d'appoint ; pourtant, le délai moyen avant le diagnostic est de 7 ans et la plupart des patients atteints de déficit en alpha-1-antitrypsine ne reçoivent jamais de diagnostic correct.
Le séquençage du génome complet permet d'analyser les gènes SERPINA1 (allèles Z et S de l'alpha-1-antitrypsine), HHIP, FAM13A, CHRNA3/5, ainsi que d'autres gènes associés à la prédisposition à la BPCO, ce qui permet d'identifier les 1 à 3 % des cas de BPCO ayant une cause génétique pouvant faire l'objet d'un traitement.
BPCO — Risque génétique et alpha-1
La BPCO touche environ 16 millions d'Américains et présente un taux d'hérédité d'environ 40 à 50 %. Le déficit en alpha-1-antitrypsine (AATD, variants pathogènes du gène SERPINA1) est la cause génétique la mieux établie, représentant 1 à 3 % des cas de BPCO. L'allèle Z (Glu342Lys) sous forme homozygote (PiZZ) provoque un DAA-1 sévère avec un emphysème précoce (entre 30 et 40 ans). Le délai moyen de diagnostic du DAA-1 est de 7 ans, et la plupart des patients atteints de DAA-1 consultent au moins trois médecins avant d'obtenir un diagnostic.
Le traitement de l'AATD comprend une thérapie d'appoint approuvée par la FDA (perfusions intraveineuses d'inhibiteur de la protéinase alpha-1 — Prolastin, Aralast, Zemaira) qui ralentit le déclin de la fonction pulmonaire. En l'absence de diagnostic d'AATD, les patients reçoivent un traitement standard de la BPCO sans thérapie d'appoint, ce qui les prive d'un traitement capable de modifier l'évolution de la maladie. De plus, l'AATD entraîne une atteinte hépatique (10 à 15 % des adultes atteints de PiZZ développent une cirrhose), nécessitant une surveillance hépatologique.
Au-delà de l'AATD, les études GWAS ont permis d'identifier plusieurs loci de susceptibilité à la BPCO : HHIP (protéine interagissant avec Hedgehog), FAM13A, CHRNA3/CHRNA5 (récepteur nicotinique de l'acétylcholine — qui intervient également dans la dépendance à la nicotine) et MMP12. Ces variants courants contribuent au risque polygénique de BPCO, même chez les non-fumeurs.
Les patients atteints d'AATD attendent en moyenne 7 ANS avant d'obtenir un diagnostic correct. Ils consultent au moins trois médecins. La plupart ne reçoivent jamais de diagnostic. Si vous souffrez d'un emphysème précoce ou d'une BPCO sans être un gros fumeur, faites-vous dépister pour le gène SERPINA1.
1 à 3 % des cas de BPCO ont une cause génétique traitable (déficit en alpha-1-antitrypsine) grâce à un traitement d'appoint approuvé par la FDA. La plupart des patients atteints de déficit en alpha-1-antitrypsine ne sont jamais diagnostiqués. Le séquençage du génome entier (WGS) permet d'identifier le déficit en alpha-1-antitrypsine ainsi que toutes les variantes génétiques associées à un risque accru de BPCO.
Le traitement d'appoint ralentit le déclin de la fonction pulmonaire chez les patients atteints d'AATD — mais uniquement si le diagnostic génétique a été posé
Les perfusions intraveineuses d'inhibiteurs de la protéinase alpha-1, approuvées par la FDA, ralentissent la progression de l'emphysème chez les patients atteints de PiZZ AATD. En l'absence de diagnostic moléculaire du gène SERPINA1, les patients ne reçoivent que des inhalateurs standard pour la BPCO, tandis que leur fonction pulmonaire se détériore à un rythme accéléré. Le séquençage du génome entier (WGS) permet d'identifier de manière définitive les allèles Z et S.
L'AATD entraîne une cirrhose du foie chez 10 à 15 % des adultes atteints de la maladie de PiZZ — une surveillance hépatologique est nécessaire en plus des soins pulmonaires
La maladie hépatique liée à l'AATD est due à une accumulation de protéines Z-AAT mal repliées dans les hépatocytes, indépendamment du mécanisme à l'origine de la maladie pulmonaire. En l'absence de diagnostic d'AATD, aucune surveillance hépatique n'est jamais mise en place. Le séquençage du génome entier (WGS) permet de déterminer le génotype du gène SERPINA1, ce qui déclenche à la fois une surveillance pulmonaire et hépatique.
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Questions fréquentes sur le séquençage du génome entier.
Quelle est la différence entre le séquençage du génome entier et un test génétique ciblé ?
Les tests génétiques ciblés — y compris les panels standard de dépistage du cancer héréditaire — analysent une liste prédéfinie de variants connus au sein d'un ensemble spécifique de gènes. Ils sont conçus pour détecter ce qu'ils savent déjà rechercher. Le séquençage du génome entier analyse l'intégralité de votre génome : les 6 milliards de paires de bases, chaque gène, chaque région entre les gènes. Une étude de la Mayo Clinic publiée dans JAMA Oncology a révélé que les directives de dépistage standard ne détectaient pas plus de la moitié des patients présentant des mutations cancéreuses héréditaires. Le test génomique ne dispose pas d’une liste fixe.
Que vais-je recevoir lorsque mes résultats seront prêts ?
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Que se passe-t-il si une variante cliniquement significative est détectée ?
Si un variant pathogène ou potentiellement pathogène est identifié, il sera clairement signalé dans votre rapport destiné au médecin, accompagné du contexte clinique, des données scientifiques publiées et des mesures recommandées. Nous vous recommandons de faire part de tout résultat cliniquement significatif à votre médecin ou à un conseiller en génétique, qui pourra vous aider à prendre des décisions concernant la surveillance, la réduction des risques ou le dépistage en cascade des membres de votre famille.
En quoi cela diffère-t-il d'un test ADN grand public comme 23andMe ou AncestryDNA ?
Les tests ADN grand public utilisent des puces de génotypage qui analysent moins de 0,1 % de votre génome — un minuscule ensemble présélectionné de variants courants. Ils sont optimisés pour l'ascendance et les caractéristiques au niveau de la population, et non pour les résultats génétiques cliniques. Le test génomique Dante séquence 100 % de votre génome avec une couverture de 30X, soit la même norme que celle utilisée en diagnostic clinique. Ces deux tests ne sont pas comparables en termes de portée, de méthodologie ou d'utilité clinique.
Combien de temps faut-il pour obtenir des résultats, et comment sont-ils communiqués ?
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