Gen
CTAGE4
CTAGE family member 4
- HGNC 24772↗(öffnet sich in einem neuen Tab)
- Ensembl-Gen ENSG00000288784↗(öffnet sich in einem neuen Tab)
- NCBI Gene 100128553↗(öffnet sich in einem neuen Tab)
Zusammenfassung
- Zytogenetische Lage
- 7q35
- Koordinaten
- Chromosom 7: 144.183.466–144.186.080 (GRCh38)
- Exons
- 1 Exon über 2,6 kb
- Protein
- 777 Aminosäuren
- Auch bekannt als
- FLJ43692, cTAGE-4
- MANE-Select-Transkript
- ENST00000486333.2NM_198495.3
- Locus-Typ
- Proteinkodierend
- Sehr hoch
- Zuversichtlich
- Niedrig
- Sehr niedrig
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Aufbau von CTAGE4
- Kodierende Sequenz
- Nicht translatierte Region
- Intron
- Transkriptionsrichtung
- Abschnitte, die Short Reads schwer erfassen
Exons des MANE-Select-Transkripts des Gens (Version v1.5) von NCBI und EMBL-EBI, bezogen auf das Referenzgenom GRCh38.
Chromosomenbanden aus dem UCSC-Ideogramm GRCh38 (2022-10-29).
Benachbarte Gene aus Ensembl-Version 116 auf GRCh38.
Exons machen 2,6 kb der 2,6 kb des Gens aus; 2.334 dieser Basen kodieren für das Protein.
Sequenzierung von CTAGE4
65Schwer
Wie schwer sich CTAGE4 mit Short Reads sequenzieren lässt, auf einer Skala von 100
0 · Leicht100 · Schwer
Ein großer Teil von CTAGE4 liegt in Bereichen, in denen Short Reads eine Veränderung übersehen oder falsch zuordnen können.
Dazu kommt der Anteil der Exons von CTAGE4 in jeder Art schwieriger Region
- MappabilityBereiche, in denen sich 100- oder 250-bp-Reads nicht eindeutig zuordnen lassen, sodass ein Befund dort fehlen oder falsch sein kann. Gewichtung 35 %.100 %
- HomologieSegmentale Duplikationen: Kopien an anderer Stelle im Genom, etwa Paraloge und Pseudogene, mit mindestens 90 % Identität. Gewichtung 30 %.100 %
- WiederholungenTandemwiederholungen und Läufe aus einer einzelnen Base, bei denen Reads abrutschen und die sie möglicherweise nicht überspannen. Gewichtung 15 %.0,7 %
- GC-GehaltFenster mit weniger als 25 % oder mehr als 65 % G und C, die bei der Bibliotheksvorbereitung nur dünn abgedeckt werden. Gewichtung 10 %.0 %
- ReferenzabdeckungLücken in der nahen Referenzassemblierung, an denen keine Sequenz vorhanden ist, an die sich Reads anlagern könnten. Gewichtung 10 %.0 %
Ein Dante-Labs-Score aus unserer eigenen Forschung, basierend auf den Karten schwer sequenzierbarer Regionen aus Genome in a Bottle des NIST.So wird bewertetJeder Balken zeigt den Anteil der Exonbasen von CTAGE4 in dieser Art schwieriger Region. Jede einzelne Art kann ein Gen für sich allein schwer machen, und jede weitere Art fügt weniger hinzu: 0 bedeutet, dass keine Base in einer solchen Region liegt, 100 bedeutet, dass jede Base in einem Bereich liegt, in dem Reads nicht eindeutig zugeordnet werden können.
Externe Links
Gendatensätze
Transkript
Protein
Herkunft der Daten
- HGNC: das Gensymbol, der Name, weitere Symbole und die Lage des Gens.
- MANE Select v1.5 von NCBI und EMBL-EBI: das Transkript, seine Exons und die kodierende Sequenz.
- Die Genome-in-a-Bottle-Genomstratifizierungen des NIST: der Schwierigkeitswert der Sequenzierung.
Diese Seite zitieren
Dante Labs. (o. J.). CTAGE4-Gen: CTAGE family member 4. Abgerufen am 18. Oktober 2026, von https://dantelabs.com/de/genes/ctage4
Dante Labs. CTAGE4-Gen: CTAGE family member 4 [Internet]. [zitiert am 18. Oktober 2026]. Verfügbar unter: https://dantelabs.com/de/genes/ctage4
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